SHH型髄芽腫における異常RNAプロセシングの解明

SHH 型髓母细胞瘤中异常 RNA 加工的阐明

• 批准号: 22H03190
• 负责人: 鈴木 啓道
• 金额: $ 11.15万
• 依托单位: National Cancer Center Japan
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research (B)
• 财政年份: 2022
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2022-04-01 至 2025-03-31
• 项目状态: 未结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-22H03190/
• 关键词: 髄芽腫; RNA; U1 snRNA; スプライシング

本研究課題ではRNAプロセスの異常をU1 snRNAの機能に基づき、それぞれに特化した解析を行うことで、変異により引き起こされる細胞内RNAプロセスの異常を解明し、髄芽腫の病態を明らかにすることを目的とし研究を進めている。初年度は主に試料の収集と解析手法の確立を行った。U1 snRNA変異発現細胞株を２つの既存細胞株を用いて確立した。ヒト髄芽腫検体を協力機関より収集した。臨床検体に対して、RNAシークエンスとU1 snRNA変異の評価を行った。RNAシークエンスのデータを用いてスプライシング異常解析を行うと、これまでの結果と同様に約1,000遺伝子にスプライシング異常が同定されていることが確認できた。しかし、約７割のスプライシング異常は一部の症例でしか認められないため、共通して発現量の高い異常イベントを今後探索していく。スプライシング異常のさらなる解析のため、一分子ロングリードシークエンスを用いたスプライシング異常解析を進めている。テストランとしてデータを取得しており、このデータを用いて今後解析手法を整えていく。合わせて、シークエンス精度の評価を行いサンプル調整法やシークエンス条件を調整し、今後症例数を増やしていく予定である。RNA局在異常解析のためにsubRNA-seq手法の確立を行った。シークエンスを行い良好に分画が行われていることが確認できた。解析数を増やしていくとともに解析も進めていく予定である。次年度以降、データの集積を進めていき、腫瘍の発生もしくは維持に必要な異常なイベントを探索していく。

This research topic で は RNA プ ロ セ ス の abnormal を U1 snRNA の function に base づ き, そ れ ぞ れ に specialized し た parsing line を う こ と で, - different に よ り lead き up こ さ れ る intracellular RNA プ ロ セ ス の abnormal を interpret し, marrow buds swell の pathological を Ming ら か に す る こ と を purpose と を し research into め て い る. In the first year, the <s:1> main に sample sample collection と analysis method collection を line った is established. The mutant cell lines of U1 snRNA are を, 2 を, and the existing cell lines are を, which are established by て て. The ヒト myelomatous 検 body を cooperative organ よ ヒト collection 検 た. Clinically, 検 bodies に evaluate <s:1> て, RNAシ 検 <s:1> エ エ エ スと スとU1 snRNA variations 価を and った. RNA シ ー ク エ ン ス の デ ー タ を with い て ス プ ラ イ シ ン グ exceptions resolution を line う と, こ れ ま で と の results with others in about 1000 legacy に 伝 son に ス プ ラ イ シ ン グ abnormal が be さ れ て い る こ と が confirm で き た. し か し, about 7 cut の ス プ ラ イ シ ン グ abnormal cases は a の で し か recognize め ら れ な い た め, common し て 発 abnormal high amount is の い イ ベ ン ト を exploring し て い く. Abnormal ス プ ラ イ シ ン グ の さ ら な る parsing の た め, a molecular ロ ン グ リ ー ド シ ー ク エ ン ス を with い た ス プ ラ イ シ ン グ exceptions resolution を into め て い る. テ ス ト ラ ン と し て デ ー タ を obtain し て お り, こ の デ ー タ を with い て analytical technique in the future を whole え て い く. Close わ せ て, シ ー ク エ ン の ス precision evaluation 価 を line い サ ン プ ル combat-weary や シ ー ク エ ン を adjust し ス conditions, future disease cases を raised や し て い く designated で あ る. The RNA bureau in abnormal analysis of the <s:1> ためにsubRNA-seq technique <s:1> establishes を rows った. シ ー ク エ ン ス lines を い に points good painting が わ れ て い る こ と が confirm で き た. The number of parses を increases や て て くとと に に に parses に into めて く く given である. Second year onwards, デ ー タ の set product を into め て い き, swollen sores の 発 raw も し く は maintain に necessary な abnormal な イ ベ ン ト を explore し て い く.

项目成果

髄芽腫における新規遺伝子変異と起源細胞の同定

髓母细胞瘤新基因突变和细胞起源的鉴定

• 发表时间: 2022
• 作者: Yusuke Funakoshi;Takuma Nakashima;Shohei Nambu;Atsuhito Uneda;Kotoe Katayama;Seiya Imoto;Ryosuke Hanaya;Shota Tanaka,Ryuta Saito;Koji Yoshimoto;Yoshitaka Narita;Hiromichi Suzuki;Hiromichi Suzuki;Hiromichi Suzuki;Hiromichi Suzuki
• 通讯作者: Hiromichi Suzuki

脳腫瘍診断に対する遺伝子検査

脑肿瘤诊断的基因检测

• 发表时间: 2022
• 作者: Yusuke Funakoshi;Takuma Nakashima;Shohei Nambu;Atsuhito Uneda;Kotoe Katayama;Seiya Imoto;Ryosuke Hanaya;Shota Tanaka,Ryuta Saito;Koji Yoshimoto;Yoshitaka Narita;Hiromichi Suzuki;Hiromichi Suzuki;Hiromichi Suzuki;Hiromichi Suzuki;Hiromichi Suzuki
• 通讯作者: Hiromichi Suzuki

全ゲノムシークエンスを用いた脳腫瘍の病態解明と患者還元

利用全基因组测序阐明脑肿瘤的病理学并为患者带来益处

• 发表时间: 2022
• 作者: 鈴木 啓道;中島 拓真;舟越 勇介;畝田 篤仁;杉原 由利子;南部 翔平;金森 政之;隈部 俊宏;鈴木 智成;木下 学;園田 順彦;荒川 芳輝;永根 基雄;田中 將太;石田 穣治;齋藤 竜太;花谷 亮典;吉本 幸司;成田 善孝
• 通讯作者: 成田 善孝

がんゲノム解析におけるバルクシークエンスとシングルセルシークエンスの融合髄芽腫における起源細胞の同定から腫瘍発生のメカニズムを探る

结合批量测序和单细胞测序进行癌症基因组分析 通过鉴定髓母细胞瘤的起源细胞探索肿瘤发生的机制

• 发表时间: 2022
• 作者: Hiromichi Suzuki;Takuma Nakashima;Yusuke Funakoshi;Atsuhito Uneda;Shota Tanaka;Joji Ishida;Ryuta Saito;Ryosuke Hanaya;Koji Yoshimoto;Yoshitaka Narita;Hiromichi Suzuki;Hiromichi Suzuki;Hiromichi Suzuki;Hiromichi Suzuki;Hiromichi Suzuki
• 通讯作者: Hiromichi Suzuki

CBFA複合体異常が細胞分化を阻害しGroup 4髄芽腫を引き起こす Failure of differentiation induced by genetic alterations in CBFA complex constitutes Group 4 medulloblastoma

CBFA 复合体基因改变诱导的分化失败构成第 4 组髓母细胞瘤

• 发表时间: 2022
• 作者: 鈴木 啓道;Liam D. Hendrikse;中島 拓真;舟越 勇介;隈部 俊宏;Michael D. Taylor
• 通讯作者: Michael D. Taylor