Elucidation of 3D genome architecture of human placental and endometrial cells

１．ヒト胎盤由来細胞・子宮内膜細胞におけるエンハンサー・プロモーター相互作用の網羅的解明のためのmicroC解析法確立：　マウス9.5日胚をモデル材料としてmicroCライブラリ作製プロトコールを確立した。マイクロコッカルヌクレアーゼによるクロマチン消化工程においてはDNAサイズ分布を指標に至適条件を決定した。Dovetail社が提供しているデータ解析ツールmicroCをLinuxワークステーションにインストールし、一連のデータ解析が実施できる体制を整備した。本研究で解析対象としているヒト胎盤由来細胞・子宮内膜細胞７種類の細胞のうち５種類についてmicroCライブラリ作製条件検討ならびにライブラリ作製に十分な細胞数の凍結ペレットをストックした。R5年度にこれらの細胞についてmicroC解析を実施する。２．スーパーエンハンサーカタログ作出とマスター制御因子群同定：　子宮内膜間質細胞と子宮内膜上皮細胞のH3K27ac修飾ChIPseqデータをモデルとして解析ツールROSEによるスーパーエンハンサー群同定とそれらを対象とした転写因子モチーフ解析を解析ツールHOMERなどで実施し、マスター転写因子(TF) 候補群を同定した。３．運命決定パイオニア転写因子 (PF) 探索に向けての技術確立：　抗5hmC抗体免疫沈降による5hmC濃縮ライブラリ作製条件を決定した。培養細胞ならびにマウス初期胚をモデル材料としてATAC-seqデータ取得・解析法を構築した。R5年度にヒト胎盤由来細胞・子宮内膜細胞を用いて、ATAC-seqデータならびhMeDIPデータを取得する。

１．ヒト胎盤由来細胞・子宮内膜細胞におけるエンハンサー・プロモーター相互作用の網羅的解明のためのmicroC解析法確立：　マウス9.5日胚をモデル材料としてmicroCライブラリ作製プロトコールを確立した。マイクロコッカルヌクレアーゼによるクロマチン消化工程においてはDNAサイズ分布を指標に至適条件を決定した。Dovetail社が提供しているデータ解析ツールmicroCをLinuxワークステーションにインストールし、一連のデータ解析が実施できる体制を整備した。本研究で解析対象としているヒト胎盤由来細胞・子宮内膜細胞７種類の細胞のうち５種類についてmicroCライブラリ作製条件検討ならびにライブラリ作製に十分な細胞数の凍結ペレットをストックした。R5年度にこれらの細胞についてmicroC解析を実施する。２．スーパーエンハンサーカタログ作出とマスター制御因子群同定：　子宮内膜間質細胞と子宮内膜上皮細胞のH3K27ac修飾ChIPseqデータをモデルとして解析ツールROSEによるスーパーエンハンサー群同定とそれらを対象とした転写因子モチーフ解析を解析ツールHOMERなどで実施し、マスター転写因子(TF) 候補群を同定した。３．運命決定パイオニア転写因子 (PF) 探索に向けての技術確立：　抗5hmC抗体免疫沈降による5hmC濃縮ライブラリ作製条件を決定した。培養細胞ならびにマウス初期胚をモデル材料としてATAC-seqデータ取得・解析法を構築した。R5年度にヒト胎盤由来細胞・子宮内膜細胞を用いて、ATAC-seqデータならびhMeDIPデータを取得する。