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軟骨細胞分化の連続性を制御する階層的遺伝子発現ネットワークの解明

阐明控制软骨细胞分化连续性的分层基因表达网络

基本信息

批准号：
22H03254
负责人：
波多賢二
金额：
$ 10.9万
依托单位：
Osaka University
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Scientific Research (B)
财政年份：
2022
资助国家：
日本
起止时间：
2022-04-01 至 2026-03-31
项目状态：
未结题

来源：
https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-22H03254/
关键词：
軟骨細胞エピジェネティクス

项目摘要

2022年度はシングルセルRNA-seqの解析と、シングルセルATAC-seqのデータ抽出を行った。まず、Col11-Enh-CreマウスとROSA26-CAG-LSL-ZsGreenマウスを交配し、軟骨細胞がZsGreenで標識されたCol11-Enh-ZsGreenマウスを作製した。全ての分化段階の成長板軟骨細胞が出現する胎生期15日目のCol11-Enh-ZsGreenマウスの四肢をコラゲナーゼ処理により1細胞レベルまで分離した後、セルソーターを用いてZsGreen陽性細胞、すなわち成長板軟骨細胞のみを回収し、10xChromiumシステムを用いてscRNA-seqを行った。次世代シークエンサーにより得られたデータを解析し、成長板軟骨細胞の全ての細胞のクラスタリングとその特異的遺伝子を抽出した結果、成長板軟骨細胞を従来の４段階ではなく、分化移行期を含む８つの細胞集団に分類し、それぞれのマーカー遺伝子を同定することに成功した。次に、同様のアプローチで胎生期15日目のCol11-Enh-ZsGreenマウスの四肢をコラゲナーゼ処理からセルソーターによる細胞回収を行ったのち、ジギトニン処理を４分間行うことで細胞核の抽出を行った。すべての細胞核をバルクでトランスポーズ処理した後、Chromium Controllerで10xバーコードがついたゲルビーズを加えてトランスポーズ処理したDNA断片を10xバーコードでラベルした。最終的に、次世代シークエンサーで解析を行いシングルセルATAC-seqデータとして抽出した。

In 2022, we will analyze and extract the data of ATAC-seq. Col-11-Enh-Cre Growth plate chondrocytes at all stages of differentiation appeared on day 15 of gestation. Col11-Enh-ZsGreen cells were isolated from the four limbs after treatment. ZsGreen positive cells were used to isolate growth plate chondrocytes. scRNA-seq was used to isolate growth plate chondrocytes at 10xChromium. The next generation of chondrocytes was analyzed. The results showed that the specific genes of all chondrocytes in the growth plate were extracted. The four stages of chondrocytes in the growth plate were successfully identified. The differentiation and transition period included the classification of cell populations. Col11-Enh-Zs Green treatment of the four limbs of the fetus Chromium Controller 10x x Finally, the next generation of ATAC-seq is extracted.