大腸菌ゲノムデータベースの構築とその運用

大肠杆菌基因组数据库的构建及其运行

• 批准号: 05254205
• 负责人: 森 浩禎
• 金额: $ 2.05万
• 依托单位: Nara Institute of Science and Technology
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
• 财政年份: 1993
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 1993 至 无数据
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-05254205/
• 关键词: 大腸菌; データベース; ゲノム

GenBank Release78のgbbct.seqより大腸菌由来の登録データを取り出し、K12株の染色体由来のものの選別を行った。大腸菌K12株のデータは2169エントリーであり、その総塩基数は4044484塩基対にのぼる。これらのデータから相同性検索プログラム、blastにより重複部分の検索を行い、全てのデータから重複を除いた1本化したcontigの作製を行った。このcontigをK.Ruddらにより開発されたMapsrchにより染色体上の位置を調べる。このようにして全てのcontigについて整理を行ったところ、位置が決定できたもので2162547塩基対、位置が決定できていないものでは440365塩基対になっている。整理した全てのcontig配列より終止コドンから終止コドンという方法で75アミノ酸以上のものを取ると位置決定済みのものから8342個のorfが取れる。このorfデータをpirデータベースに対しblastを用いて相同性検索を行う、有為なホモロジーの見られるorfの整理を行った。その結果、特にゲノムプロジェクトから出される機能未知の領域からは窒素固定に機能する遺伝子と相同性を示すものや脂肪酸代謝系の遺伝子に相同なものなど興味深いものが見られる。本研究において大腸菌において染色体配列上の決定された領域と決定されていない領域が明らかになった。この情報はゲノムプロジェクトの推進には欠かせない情報である。未決定領域の位置、その長さ、及びそれと接するcontigの端60ベースを調べた結果全体で357個の未決定領域が存在し、そのギャップの長さが5kb以下のものが200余りになる。大腸菌の場合、長い配列を決定するのと同時に、このギャップを埋める方法を平行して進行させることにより効率良くその全体像が明らかになると考えられる。

GenBank Release78 of gbbct.seq. GenBank Release 78 of gbbct. E. coli K12 strain has a base number of 404484. This is the first time I've ever seen a person who's been in a relationship with someone who's been in a relationship with someone else. The position of this gene on the chromosome is regulated by K.Rudd. This is the first time that we've had a chance to make a decision on the position of the target. The arrangement of all the components is arranged according to the method of selecting the components above the acid level, and the position of the components is determined according to the method of selecting the components above the acid level. For example, if you want to use the same method, you can use the same method. The results show that the fatty acid metabolism system has the same functional identity as the fatty acid metabolism system, and the functional identity of the fatty acid metabolism system is unknown. In this study, E. coli chromosome alignment was determined in the field. This information is required to be forwarded to the user. The location, length, and connection of undetermined fields were adjusted to include 357 undetermined fields, and the length of undetermined fields was less than 5kb and more than 200 fields. Coliform conditions, long distribution, and methods are determined simultaneously and in parallel.