多体分子置換法とその評価法の開発

多体分子替代方法及其评价方法的发展

• 批准号: 08214203
• 负责人: 竹中 章郎
• 金额: $ 0.96万
• 依托单位: Tokyo Institute of Technology
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
• 财政年份: 1996
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 1996 至 无数据
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-08214203/
• 关键词: 分子置換法; Romitプロファイル; X線解析

分子置換法は同形置換法と並んで現在では有効な解析方法の一つとなっている.しかし,この方法では解析の初期の段階で解の妥当性に不安が伴う.また,全体的に3次構造が一致していても部分的に異なっているためにモデルの構築/修正の段階で苦労することが多い.本研究では,解の判定と部分構造の情報を得るために,Romitプロファイル法を開発した.この方法では,構造の一部を削除した参照分子から計算したR値(Romit)を用いて,構造の部分的一致度Rp(Partial Residual)を次式で定義する.Rp=100(Romit-Rall)/Rall,ここで,Rallは分子全体のR値を表す.Rpが負ならば不一致(削除した部分に異なり)を,正ならば一致を意味する.また,規格化のために参照分子はポリアラニンとする.N末端からC末端までアミノ酸残基を数個ずつ順次削除してRomitを計算し,アミノ酸配列を横軸にしてプロットしたのがRomitプロファイルである.既に分子置換法で解き,精密化が完了したある酵素の結果を用いて,この方法の有効性を検証した.参照分子は種が異なる相同性50%の類縁酵素である.プログラムXPLORを使用してRomitを計算して,Romitプロファイルを作成した.擬解ではRpが正負ランダムに分布するが,正解ではほとんど正に分布する.また,正解において,Rpが負の部分は一次構造上のアミノ酸の挿入箇所や2次構造上のループ部分に相当する.これらは実際の構造と較べて主鎖のコンフォメーションが異なる部分であった.また,アミノ酸がグリシンの部分は負になっている.これらの特徴からRpは置換モデルの正さを反映していることが判明した.この指標は,部分的な構造の一致を提示するので,分子置換の正解を確認するだけでなく,構造ドメインの検出やモデルの構築作業の軽減など,さまざまな面で利用が期待される.

Molecular substitution method is the same as isomorphism substitution method. This method is not suitable for the initial stage of analysis. All three structures are identical. Some of them are different. In this study, we developed a new method to determine the structure of the solution. This method is used to calculate the R value (Romit) of the reference molecule by deleting a part of the structure. Rp(Partial Residual) is defined by the sub-formula.Rp=100(Romit-Rall)/Rall. N-terminal, C-terminal, N-terminal. The molecular replacement method is used to analyze and refine the enzyme results, and the effectiveness of the method is verified. 50% of the reference molecules are similar to each other. Programmer XPLOR is used to calculate Romit, and Romit Programmer is created. The solution is negative, the solution is positive. The negative part of the positive solution corresponds to the negative part of the primary structure and the negative part of the secondary structure. The structure of the main lock is different from that of the main lock. Some of them are negative. The characteristics of the Rp are as follows: The index indicates the consistency of partial structure, confirms the correct solution of molecular substitution, detects the structure, reduces the construction work, and expects the utilization of the surface.

项目成果

D.Tsuchiya,O.Matsumoto,T.Gorai,T.Sekiguchi,Y.Nosoh & A.Takenaka: "Crystalligation and preliminary X-ray crnalysis of 3-iseprgylmalate deluyelsogenaee from the mclerate fuceeltutive tleuocphile,Bocillus coagulons" Acta Cryst.D52. 1030-1032 (1996)

D.土屋、O.松本、T.Gorai、T.Sekiguchi、Y.Nosoh

T.Toyoda,T.Sekiguchi & A.Takenaka: "Crptelligation of Eukaryotic E3,Lipcamide Dchyclesgencse from Yeast,for Exhibiting X-Ray Dittrastion beyond 2.5A Regolution,and Prelminay Strusture Analysis" J.Biochem.121. 1-4 (1997)

丰田章男、关口T

D.Tsuchiya & A.Takenaka: "Rouit Profile analysis for moleculon replacements" Acta Cryst.D53(印刷中). (1997)

D.Tsuchiya 和 A.Takenaka：“分子替代品的 Rouit Profile 分析”Acta Cryst.D53（出版中）。