一酸化窒素還元酵素の反応中間体の高分解能結晶構造解析
一酸化窒素還元酵素の反応中間体の高分解能結晶構造解析
批准号:
13033043
负责人:
城 宜嗣
金额:
$1.22万
依托单位国家:
日本
项目类别:
Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
财政年份:
2001
资助国家:
日本
项目状态:
已结题
起止时间:
2001 至 2002
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英文摘要
脱窒カビの一酸化窒素還元酵素は、酵素分子一分子あたり一分子のヘム(鉄-ポルフィリン錯体)を含むヘム酵素である。ヘム鉄が反応中心であり、この部位で一酸化窒素(NO)を亜酸化窒素(N_2O)に還元する。我々は、X線結晶構造解析により、本酵素の休止状態(Fe^<3+>)、一酸化窒素結合状態(Fe^<3+>NO)などの構造を明らかにし、一方、各種分子分光法による時分割測定や反応速度解析より短寿命(半減期:数十秒)反応中間体を存在を見い出し、その結果を基に反応の分子機構を提案してきた。この反応中間体の電子構造は、Fe^<3+>NOの二電子還元型(Fe^<3+>NO)^<2->と考えているが、そのような電子状態は従来全く知られておらず、ましてやそのような電子状態を持っヘム酵素の構造は全く報告がない。本研究では、X線によるクライオ還元の方法を用いて、この反応中間体の構造解析を目指した。その第一段階として、窒素気流(クライオ条件)下で結晶の可視光吸収スペクトルを測定する、分光装置を作成した。それを用いて、Fe^<3+>NO型結晶の吸収スペクトルを測定した。その結果、この結晶はX線照射によりFe^<3+>NO型から数分で新しい電子状態へ変換されることを明らかにした。この新しい状態のESRスペクトルは鉄二価NO結合型(Fe^<2+>NO)の特徴を示したが、溶液状態とは異なる構造と推定された。構造解析の結果、Fe-N-Oの角度が数度傾き、NOの近傍の水分子が一分子消失していることが分かった。還元のための照射X線の波長や、母液のpH等を変えてみたが、上記反応中間体に対応するものは得られなかった。また、脱窒カビ一酸化窒素還元酵素と同じファミリーに属するいくつかのチトクロムP450についても同様の実験を行い、Fe^<3+>NO型の結晶のクライオ還元によりFe^<2+>NO型様の電子構造に変換することが確かめられ、ヘム鉄-チオレート錯体を活性中心にもつ酵素の一般的な性質であると結論した。
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Hiroshi Nakajima: "Redox Properties and Coordination Structure of the Heme in the CO-sensing Transcriptional Activator CooA"The Journal of Biological Chemistry. 276・10. 7055-7061 (2001)
中岛宏:“CO感应转录激活剂CooA中血红素的氧化还原性质和配位结构”生物化学杂志276・10(2001)。
DOI:
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发表时间:
期刊:
影响因子:
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作者:
[]
通讯作者:
Y.Shiro, Y.Isogai, H.Nakamura, T.Iizuka: "Molecular Anatomy of Cellular System"編者(I.Endo, T.Kudo, H.Osada, T.Shibata and I.Yamaguchi) Elsevier Science B.V.. 231 (2002)
Y.Shiro、Y.Isogai、H.Nakamura、T.Iizuka:“细胞系统的分子解剖学”编辑(I.Endo、T.Kudo、H.Osada、T.Shibata 和 I.Yamaguchi)Elsevier Science B.V.. 231 (2002)
DOI:
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发表时间:
期刊:
影响因子:
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作者:
[]
通讯作者:
中村寛夫: "生物物理"シグナル変換2成分系タンパク質. 4 (2001)
Hiroo Nakamura:“生物物理学”信号转导双组分系统蛋白 4 (2001)。
DOI:
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发表时间:
期刊:
影响因子:
--
作者:
[]
通讯作者:
D.-S.Lee, A.Yamada, H.Sugimoto, I.Matsunaga, H.Ogura, K.Ichihara, S.Adachi, S.-Y.Park, Y.Shiro: "Substrate Recognition and Molecular Mechanism of Fatty Acid Hydroxylation by Cytchrome P450 from Bacillus subtilis : Crystallographic, Spectroscopic and Mutat
D.-S.Lee、A.Yamada、H.Sugimoto、I.Matsunaga、H.Ogura、K.Ichihara、S.Adachi、S.-Y.Park、Y.Shiro:“脂肪的底物识别和分子机制
DOI:
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发表时间:
期刊:
影响因子:
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作者:
[]
通讯作者:
I.Matsunaga, A.Yamada, D.-S.Lee, E.Obayashi, N.Fujiwara, K.Kobayashi, H.Ogura, Y.Shiro: "Enzymatic Reaction of Hydrogen Peroxide-Dependent Peroxygenase Cytochrome P450s : Kinetic Deuterium Isotope Effects and Analyses by Resonance Raman Spectroscopy"Bioch
I.Matsunaga、A.Yamada、D.-S.Lee、E.Obayashi、N.Fujiwara、K.Kobayashi、H.Ogura、Y.Shiro:“过氧化氢依赖性过氧合酶细胞色素 P450 的酶反应:动力学氘同位素
DOI:
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发表时间:
期刊:
影响因子:
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作者:
[]
通讯作者:
共 14 条
一酸化窒素還元酵素の構造ダイナミクスを基軸とする生命・環境科学への展開
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批准号:26248042
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项目类别:Grant-in-Aid for Scientific Research (A)
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资助金额:$7.65万
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财政年份:2014
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负责人:城 宜嗣
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依托单位:
時間分割共鳴ラマン分光法による二原子酸素添加酵素の構造ダイナミクス
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批准号:20050033
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项目类别:Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
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资助金额:$2.18万
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财政年份:2008
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负责人:城 宜嗣
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依托单位:
ヘムタンパク質の機能変換とその構造解析
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批准号:01780316
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项目类别:Grant-in-Aid for Encouragement of Young Scientists (A)
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资助金额:$0.7万
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财政年份:1989
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负责人:城 宜嗣
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依托单位:
酸化環元酵素の不安定反応中間体とそのモデル化合物の電子構造と反応性
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批准号:63780340
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项目类别:Grant-in-Aid for Encouragement of Young Scientists (A)
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资助金额:$0.64万
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财政年份:1988
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负责人:城 宜嗣
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依托单位:
海外基金