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網羅的な植物マイコプラズマ遺伝子推定によるゲノム機能ネットワークの解析

通过综合植物支原体基因估计分析基因组功能网络

基本信息

批准号：
14014211
负责人：
宮田伸一
金额：
$ 3.39万
依托单位：
The University of Tokyo
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
财政年份：
2002
资助国家：
日本
起止时间：
2002 至无数据
项目状态：
已结题

项目摘要

本研究では、重大な病害を引き起こす植物病原体である植物マイコプラズマのゲノム構造の全容を世界に先駆けて網羅的に解明し、その病理の分子機構に関する基盤的知見を得ることを目的としている。細胞内寄生性の植物病原細菌として初のゲノム解析となり、ゲノムの機能ネットワークを解明する端緒となることが期待される。平成14年度は、まず、植物マイコプラズマゲノムの全体像の把握を目指し、一次構造の解明に着手した。16SrRNA塩基配列による系統解析より、最大のグループに属するonion yellowsファイトプラズマ(OY-W)をゲノム決定のためのモデル系統とした。また、植物の篩部組織に特異的に生育することから、宿主植物として維管束系の発達しているシュンギクを用いることとした。これらの材料よりゲノムDNAの精製、ファージライブラリーの構築、ライブラリーの検証を進めるという流れのなかでゲノムの主要な構造を明らかにするための端緒とする計画である。まず、遠心分離によって単離される植物マイコプラズマ濃縮画分より抽出した全DNAを用いてファージライブラリーを作製した。その後、一部クローンを選抜、ライブラリーの評価を行った。その結果、これまでの16SrDNAのようなPCR増幅産物ではない、ゲノム断片のランダムクローニングに成功し、膜輸送系のsecA遺伝子やelongation factor G/Th遺伝子によるstr operonを含む断片等が得られた。これらの塩基配列からは、植物マイコプラズマが必ずしも動物マイコプラズマと最も近縁ではないという結果が予備的に得られている。さらに、植物マイコプラズマ画分をプロテアーゼ処理することで、パルスフィールドゲル電気泳動(PFGE)により約1Mbpの高度精製ゲノムDNA画分の分離に成功した。現在、大量の高度精製ゲノムDNAの抽出を試みている。

This study aims to gain insights into the molecular mechanisms of plant pathogens and pathologies involved in the development of a global network of novel plant pathogens. Analysis of intracellular parasitic phytopathogenic bacteria and their functions In the 14th year of Heisei, we started to understand the whole picture of plants and plants. 16SrRNA base alignment system analysis, maximum number of members, onion yellows (OY-W) to determine the number of members The development of vascular system in host plants is very important. This material is required for DNA purification, construction, identification and development. The plant was isolated from the plant by centrifugation and then extracted from the plant. After the game, a part of the game is selected, and the game is evaluated. The results showed that the amplification products of 16S rDNA were successfully amplified, the fragments were successfully amplified, the secA gene and the elongation factor G/Th gene of membrane transport system were successfully amplified. In the case of animals, the most important thing is to prepare for the future. The isolation of highly purified DNA fragments from plants and plants by PFGE was successful at about 1Mbp. Now, a lot of highly refined DNA is extracted and tested.

项目成果

期刊论文数量（10）

专著数量（0）

科研奖励数量（0）

会议论文数量（0）

专利数量（0）

Nishigawa H, Oshima K, Kakizawa S, Jung H-Y, Kuboyama T, Miyata S, Ugaki M, Namba S: "Evidence of intermolecular recombination between extrachromosomal DNAs in phytoplasma : a trigger for the biological diversity of phytoplasma?"Microbiology. 148. 1389-13

Nishikawa H、Oshima K、Kakizawa S、Jung H-Y、Kuboyama T、Miyata S、Ugaki M、Namba S：“植原体中染色体外 DNA 之间分子间重组的证据：植原体生物多样性的触发因素？”微生物学。

DOI：
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0
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Miyata S, Furuki K, Oshima K, Sawayanagi T, Nishigawa H, Kakizawa S, Jung H-Y, Ugaki M, Namba S: "Complete nucleotide sequence of the S10-spc operon of phytoplasma : gene organization and genetic code resemble those of Bacillus subtilis"DNA and Cell Biol.

Miyata S、Furuki K、Oshima K、Sawayanagi T、Nishikawa H、Kakizawa S、Jung H-Y、Ugaki M、Namba S：“植原体 S10-spc 操纵子的完整核苷酸序列：基因组织和遗传密码类似于枯草芽孢杆菌的基因组织和遗传密码

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Oshima K, Miyata S, Sawayanagi T, Kakizawa S, Nishigawa H, Jung H-Y, Furuki K, Yanazaki M, Suzuki S, Wei W, Kuboyama T, Ugaki M, Namba S(the 1st and 2nd authors contributed equally): "Minimal set of metabolic pathways suggested from the genome of onion ye

Oshima K, Miyata S, Sawayanagi T, Kakizawa S, Nishikawa H, Jung H-Y, Furuki K, Yanazaki M, Suzuki S, Wei W, Kuboyama T, Ugaki M, Namba S（第一和第二作者贡献相同）：“Minimal

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0
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Jung H-Y, Sawayanagi T, Kakizawa S, Nishigawa H, Miyata S, Oshima K, Ugaki M, Joon-Tak L, Namba S: "'Candiadatus Phytoplasma castaneae',a novel phytoplasma taxon associated with chestnut witches' broom disease"Int.J.Syst.Evol.Microbiol.. 298. 195-201 (200

Jung H-Y、Sawayanagi T、Kakizawa S、Nishikawa H、Miyata S、Oshima K、Ugaki M、Joon-Tak L、Namba S：“‘Candiadatus Phytoplasma castaneae’，一种与栗巫扫帚病相关的新型植原体分类单元”Int。