ハイブリッドペトリネットによる多細胞動物形態形成の遺伝子発現制御ネットワーク表現

使用混合 Petri 网表达多细胞动物形态发生的基因表达控制网络

• 批准号: 14015225
• 负责人: 松野 浩嗣
• 金额: $ 2.24万
• 依托单位: Yamaguchi University
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
• 财政年份: 2002
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2002 至 无数据
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-14015225/
• 关键词: ハイブリッドペトリネット; ショウジョウバエの形態形成; バイオシミュレーション; XML; 遺伝子制御ネットワーク

1.Delta-Notchシグナルシステムは、さまざまな多細胞動物の形態形成に大きな役割を果たしている。今回我々は、ショウジョウバエの後腸での境界セル形成におけるNotchの働きを実験的にDelta発現量を操作して調べ、さらに生命シミュレーションツールGenomic Object Netによるモデル化とシミュレーションも行った。Deltaの操作によって、境界セル形成が無秩序になる現象を何通りか観察し、同様な現象をシミュレーションによっても生成した。さらに、パラメータを変更してシミュレーションを行い、Delta-Notchシグナルシステムによる別の良く知られた現象である側方抑制も実現できた。このシミュレーションによって、2つの異なる形態形成の現象が、同一も遺伝子制御ネットワークによって作り出されることが説明できた。2.分裂酵母の細胞周期のハイブリッド関数ペトリネットモデルを作成し、GON ver.1.0(試用版)を用いてシミュレーションを行った。分裂酵母では、DNAの障害を検出するためのチェックポイント機構を持っているが、この機構が有効に働いていることをシミュレーションによって検証した。3.GONのHFPNモデルはXML形式で定義されている。一方、生命システムをXML形式で記述する言語してよく知られているものにSystems Biology Mark-up Language(SBML)が知られているが、GONのHFPNモデルをSBMLに変換するプログラムを作成した。この逆の変換プログラムを作成すれば、SBMLとGONのパスウエイファイルの相互乗り入れが可能になる。

1.Delta-Notch classification system is the most important method for multicellular animal morphogenesis. This time, we will adjust the Delta detection quantity of the output of the output Delta operation, boundary formation, disorder, phenomenon, phenomenon In addition to the above, there are also some other well-known phenomena such as side inhibition, Delta-Notch inhibition, etc. 2. The phenomenon of morphological formation, the phenomenon of morphological formation and the phenomenon of morphological formation of morphological formation. 2. The cell cycle of yeast is divided into three parts: GON ver.1.0 (trial version), GON ver.1.0(trial version) and GON ver.1.0. The yeast is divided into two parts: one part is divided into two parts: the other part is divided into two parts: the first part is divided into three parts: the first part is divided into three parts: the second part is divided into three parts: the first part is divided into three parts: the second part is divided into four parts: the first part is divided into three parts: the first part is divided into three parts: the first part is divided into four parts: the second part is divided into four parts: the third part is divided into four parts: the fourth part is divided into four parts: 3. GON HFPN is defined in XML format. A system of life sciences is described in XML format. The system of life sciences is described in the Systems Biology Markup Language(SBML). The system of life sciences is described in the System Biology Markup Language(SBML). The reverse conversion mode is created, and SBML and GON are mutually compatible.

项目成果

松野浩嗣, 宮野悟: "バイオシミュレーションツールGenomic Object Net〜生命システムをわかりやすくモデル化・視覚化できる〜"実験医学. 20・13. 1873-1878 (2002)

Hirotsugu Matsuno，Satoru Miyano：“生物模拟工具基因组对象网络〜易于理解的生物系统建模和可视化〜”实验医学20/13（2002）。

土井淳, 田中由紀子, 長崎正朗, 青島均, 松野浩嗣, 宮野悟: "アポトーシスシグナル伝達経路のGenomic Object Netによるモデル化とシミュレーション"第16回回路とシステム(軽井沢)ワークショップ論文集. (採録決定). (2003)

Jun Doi、Yukiko Tanaka、Masaaki Nagasaki、Hitoshi Aoshima、Hirotsugu Matsuno、Satoru Miyano：“使用基因组对象网络对凋亡信号转导途径进行建模和模拟”第 16 届电路与系统（轻井泽）研讨会论文集（已接受）。 2003）