ハイブリッドペトリネットによる多細胞動物形態形成の遺伝子発現制御ネットワーク表現

使用混合 Petri 网表达多细胞动物形态发生的基因表达控制网络

• 批准号: 13208023
• 负责人: 松野 浩嗣
• 金额: $ 2.94万
• 依托单位: Yamaguchi University
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas (C)
• 财政年份: 2001
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2001 至 无数据
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-13208023/
• 关键词: ハイブリッド関数ペトリネット; XML技術; 遺伝子制御ネットワーク; バイオシミュレーション; 多細胞動物形態形成

本研究の目的は、遺伝子発現調節の解明に必要不可欠である遺伝子制御ネットワークのモデル化手法やシミュレーション手法を、特に多細胞動物形態形成メカニズムを意識して、ハイブリッドペトリネットを基盤技術に用いて確立することであり、以下の2つの事項を達成目標に掲げた。・遺伝子ネットワークを含むバイオパスウエイのモデル化を、ハイブリッドペトリネットを用いて行う手法を確立すること。・多細胞系を取り扱うために必要なハイブリッドペトリネットの拡張を行うこと。これらの目標に対し、以下の研究成果を得た。・ハイプリッド関数ペトリネットの概念を導入することで、バイオパスウエイのモデル化がより自然に行えるようになった。・ハイブリッド関数ペトリネットを数理的基盤とした生物システムの記述およびシミュレーションツール"Genomic Object Net Assembler"をもちいて、時計遺伝子の制御機構、lacオペロンと解糖経路、Fasたんぱく質によって引き起こされるアポトーシスの経路などのモデル化とシミュレーションをおこない、バイオパスウエイのモデル化手法を確立するための多くの知見を得た。・XML技術を基盤とした"Genomic Object Net Visualizer"を開発し、これを用いて上でモデル化したバイオパスウエイのシミュレーション結果の視覚化を行った。・上記2つのツールを用いて、ショウジョウバエのNotch情報伝達系のモデル化とシミュレーションを行い、生物実験との一致した結果が得られることを確認した。

The purpose of this study is to make sure that it is necessary to do so. Please make sure that you are sure to make sure that you are in a position to make sure that you are in a position to make sure that you are not in a position. The multi-cell line is used in order to obtain the necessary information. The following is the achievement of the research results. This is the first time that the concept has been added to the concept of natural behavior. In this paper, the basic theory of mathematics and mathematics is discussed. In this paper, the computer is recorded, the Genomic Object Net Assembler is used, the control machine is controlled, the lac is used to solve the sugar problem, and the Fas is used to solve the problem. I don't know how to make sure that I have a lot of information. The XML technical training program "Genomic Object Net Visualizer" has been launched, and the operating system has been used to improve the performance of the industry. In the last two days, you need to know that the Notch information is correct, and that the results are consistent with each other.

项目成果

松野浩嗣, 宮野悟: "ゲノムデータからの知識発見と遺伝子オブジェクトのシミュレーション"電子情報通信学会誌. 84・5. 356-358 (2001)

Hirotsugu Matsuno，Satoru Miyano：“从基因组数据中发现知识和基因对象的模拟”电子信息通信工程师学会杂志84・5（2001）。

松野浩嗣, Rainer Drath, 宮野悟: "システムバイオロジーの展開(北野宏明編)"遺伝子制御ネットワークのハイブリッドペトリネットによるシミュレーション. 12 (2001)

Hirotsugu Matsuno、Rainer Drath、Satoru Miyano：“系统生物学的发展（由 Hiroaki Kitano 编辑）”使用混合 Petri 网模拟基因调控网络 12 (2001)。

藤田祥恵, 土井淳, 松野浩嗣, 宮野悟: "ハイブリッド関数ペトリネットによる大腸菌のlacオペロンと解糖系の遺伝子ネットワークのモデル化とシミュレーション"第15回回路とシステム(軽井沢)ワークショップ論文集. (採録決定). (2002)

Yoshie Fujita、Jun Doi、Hirotsugu Matsuno、Satoru Miyano：“使用混合功能 Petri 网对大肠杆菌 lac 操纵子和糖酵解基因网络进行建模和模拟”第 15 届电路与系统（轻井泽）研讨会论文集（2002 年）。

H.Matsuno, A.Doi, Y.Hirata, S.Miyano: "XML documentation of biopathways and their simulations in Genomic Object Net"Genome Informatics. 12. 54-62 (2001)

H.Matsuno、A.Doi、Y.Hirata、S.Miyano：“生物途径的 XML 文档及其在基因组对象网络中的模拟”基因组信息学。

A.Doi, H.Matsuno, M.Matsui, Y.Hirata, S.Miyano: "Simulation of biological systems by hybrid Petri net with an enhancement"Proc. The International Conference on Fundamentals of Electronics, Communications and Computer Sciences. (In Press). (2002)

A.Doi、H.Matsuno、M.Matsui、Y.Hirata、S.Miyano：“通过增强的混合 Petri 网模拟生物系统”Proc。