セパシア菌ゲノムの構造と多様化・進化に関する研究

洋葱伯克霍尔德氏菌基因组的结构、多样性和进化研究

• 批准号: 16013203
• 负责人: 津田 雅孝
• 金额: $ 4.48万
• 依托单位: Tohoku University
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
• 财政年份: 2004
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2004 至 无数据
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-16013203/
• 关键词: セパシア菌; ゲノム構造; ゲノムショットガンシーケンス; 複数本染色体; 染色体複製・分配; 鉄レギュロン; カタボライト抑制; 炭素源資化能

ヒトや動植物への病原性、植物病原菌駆除能、環境汚染物質も含む多様な有機化合物資化能をもつセパシア菌ATCC17616株では、ゲノムが3.4Mb,2.5Mb,0.9Mbの3種環状染色体から構成され、生育環境変動により各染色体が大規模な再編成を示す結果、新規形質を容易に獲得する。各染色体の構成原理と構造的動態、そして多様化と染色体進化を司る分子機構の実験的提示をめざし、以下の成果を得た。1.本株ゲノムのrandom shotgunシーケンシングを約10万リード、冗長度8倍で実施し、53のメージャーコンティグを得た。この中に、基本的生命活動に必須な多くの遺伝子とともに、動植物に対する病原因子の遺伝子、炭素源となりうる各種芳香族化合物分解遺伝子等を見出した。2.2.5Mbと0.9Mb染色体の複製・分配関連遺伝子領域は、いずれもプラスミド型のrepA-parB-parAという遺伝子構造を持っていた。repA上流とparA下流には、それぞれ各染色体の複製起点並びに分配にシスに働くと想定される特徴的な繰り返し配列が存在していた。3.高鉄濃度で活性型になる鉄レギュロンの統括的制御因子Furの突然変異体では、活性酸素種への感受性増大の他、最低16種の多様な化合物の分解資化能の消失、活性窒素である亜硝酸イオンへの嫌気条件での感受性の増大を見出した。一方、高鉄濃度で転写量が増大する2種の炭素源分解遺伝子を見出した。また、上記のコンティグのin silico解析から、Furが結合する塩基配列がゲノム上に最低29コピー存在することが示唆された。4.近隣細菌株由来でカタボライト抑制を受けるビフェニル分解遺伝子プロモーターを用いることで、本ATCC17616株にはガラクトースやブドウ糖によるカタボライト抑制が存在し、本抑制には2成分シグナル伝達系が関与することが示唆された。

The pathogenicity of plants and animals, the elimination of plant pathogenic bacteria, and the chemical properties of environmental pollutants containing various organic compounds were studied. Three kinds of ring chromosomes of ATCC17616 strains were obtained. The composition of chromosomes was 3.4 Mb, 2.5 Mb, and 0.9 Mb. The results of large-scale recombination of chromosomes were shown. The new characteristics were easily obtained. The principles of chromosome composition, structural dynamics, diversity, and evolution of chromosomes, as well as the implications of molecular organization, are presented below. 1. The random shotgun of this plant is about 100,000 times longer and 53 times longer. In this regard, the basic life activities must be carried out in a variety of ways, such as the discovery of pathogens, pathogens, carbon sources, and various aromatic compounds. 2. 2.5Mb to 0.9Mb chromosome replication, distribution, and correlation domain. RepA upstream, parA downstream, and so forth, and so forth. 3. The sudden change of the control factor Fur of the active type of iron in the high iron concentration, the increase of the sensitivity of the active acid species, the disappearance of the decomposition ability of the lowest 16 kinds of multi-compound, the increase of the sensitivity of the active element in the nitric acid and the anaerobic condition were also observed. Two kinds of carbon source decomposition products were found when the concentration of iron increased. The minimum number of entries in the list is 29. 4. Neighboring bacterial strains are derived from a variety of bacteria, and the present ATCC17616 strain has two components: one is the presence of a variety of bacteria, the other is the presence of a variety of bacteria, and the other is the presence of a variety of bacteria.

项目成果

Identification of insertion sequence from γ-hexachlorocyclohexane degrading bacterium, Sphingomonas paucimobilis UT26

γ-六氯环己烷降解菌少动鞘氨醇单胞菌 UT26 插入序列的鉴定

• 发表时间: 2005
• 期刊: Bioscience, Biotechnology and Biochemistry 61
• 作者: Higashi;K. et al.;永田裕二;Keisuke Miyauchi
• 通讯作者: Keisuke Miyauchi

メタゲノム的発想に基づいた新規環境汚染物質分解酵素遺伝子へのアプローチ

基于宏基因组思想的新型环境污染物降解酶基因研究

• 发表时间: 2005
• 期刊: 化学と生物 43
• 作者: Higashi;K. et al.;永田裕二
• 通讯作者: 永田裕二

High-temperature-induced transposition of IS elements in Burkholderia multivorans ATCC 17616

高温诱导的多食伯克霍尔德菌 ATCC 17616 中 IS 元件的转位

• 发表时间: 2005
• 期刊: Applied and Environmental Microbiology 71
• 作者: Ote;M.;Mita;K.;Kawasaki;H.;Daimon;T.;Kobayashi;M.;Shimada;T.;Yoshiyuki Ohtsubo
• 通讯作者: Yoshiyuki Ohtsubo

Identification and characterization of genes involved in the downstream degradation pathway of γ-hexachlorocyclohexane in Sphingomonas paucimobilis UT26

• DOI: 10.1128/jb.187.3.847-853.2005
• 发表时间: 2005-02-01
• 期刊: JOURNAL OF BACTERIOLOGY
• 影响因子: 3.2
• 作者: Endo, R;Kamakura, M;Nagata, Y
• 通讯作者: Nagata, Y

環境細菌ゲノムと環境DNA

环境细菌基因组和环境DNA

• 发表时间: 2004
• 期刊: Journal of Environmental Biotechnology 3
• 作者: Higashi;K. et al.;永田裕二;Keisuke Miyauchi;Ryo Endo;Yoshiyuki Ohtsubo;Yoshiyuki Ohtsubo;津田雅孝
• 通讯作者: 津田雅孝