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培養非依存的手法を用いた自然生態系からの新規プラスミドの取得とその多様性の解明

使用不依赖培养的方法从自然生态系统中获取新质粒并阐明其多样性

基本信息

批准号：
20651050
负责人：
津田雅孝
金额：
$ 2.11万
依托单位：
Tohoku University
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Challenging Exploratory Research
财政年份：
2008
资助国家：
日本
起止时间：
2008 至 2009
项目状态：
已结题

来源：
https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-20651050/
关键词：
プラスミドメタゲノム水平伝播ゲノム進化環境

项目摘要

細菌由来の多種多様な生物機能を支配するプラスミドは、水平伝播能を備えることから、宿主細胞の広範で迅速な環境適応能獲得と進化に極めて大きく貢献する。しかし、未だ培養困難な細菌群が大多数を占める実際の自然生態系に存在するプラスミドに関する系統立てた包括的解析は皆無である。本研究では、宿主細胞の培養を割愛した手法を駆使して、自然生態系から様々な機能を担うプラスミドを網羅的に取得・解析し、また、当該生態系での取得プラスミドの挙動を解析することで、細菌におけるプラスミドの生物学的重要性を包括的に提示することを目的としている。当該年度には、昨年度に宿主細胞の培養を割愛した手法で取得した200kbの多環芳香族化合物分解プラスミドの更なる解析を行い、取得したプラスミドは大腸菌でも複製・維持可能なIncP-9不和合性群伝達性プラスミドであることを明示した。一方、環境汚染物質である複数石油主要成分芳香族系化合物で人工的に汚染化した土壌から経時的に調製したメタゲノムDNA試料の塩基配列を、第2世代シーケンサーを用いて大規模解読した。この結果、汚染物質が効率よく分解されていた時期由来のメタゲノム内には分解酵素遺伝子を担うことが知られていたプラスミド群の複製・分裂装置の遺伝子群と相同性を示す塩基配列の数が、分解酵素遺伝子の数とともに、上昇していた。従って、プラスミド支配の分解酵素遺伝子が汚染物質分解に対して重要な役割を果たしていたことが強く示唆された。

Origin of bacteriaとから、The host cell's environment is fast and the environment is suitable to obtain とevolution and great contribution. Most of the bacterial groups that are difficult to culture are not found in the natural ecosystem, and the analysis included in the system is not included. The purpose of this study is to obtain and analyze the methods of cultivating host cells and the functions of natural ecosystems. Ecological System Acquisition System Analysis System, Bacteria System The importance of ラスミドのbiology includes the に hint and the purpose of としている. When the current year's host cell culture and last year's host cell culture were cut off, the 200kb polycyclic aromatic compound decomposition method was obtained and analyzed.を行い、Acquisition of coliform bacteria でもReplication and maintenance possibleなIncP-9 incompatible group 伝达性プラスミドであることをExplicitly stated した. On the one hand, environmental pollutants include aromatic compounds, which are the main components of petroleum, and are artificially polluted. We prepared the DNA sample base array, and the second generation sterilizer was used for large-scale decomposition of the DNA sample.このRESULTS, pollutants がefficiencyよくbreakdownされていたperiod originのメタゲノム内にはdegradable enzyme legacy㼝子を Danうことが知られていたプThe replication and splitting device of the ラスミドgroup is the same number of the same subgroup, the number of the catalytic enzymes, and the rising number.従って, プラスミド dominated by catalytic enzymes, の decomposition of pollutants, に対して, important, な service cut, fruit たしていたことが强く出攆された.

项目成果

期刊论文数量（0）

专著数量（0）

科研奖励数量（0）

会议论文数量（0）

专利数量（0）

原核生物由来の可動性遺伝因子の命名法

原核生物可移动遗传元件的命名法

DOI：
发表时间：
2009
期刊：
影响因子：
0
作者：
Onda,Y.;Kato;Y.;Abe;Y.;Ito;T.;Ito-Inaba;Y.;Morohashi;M.;Ito;Y.;Ichikawa;M.;Matsukawa;K.;Otsuka;M. Koiwa;H.;and K. Ito.;津田雅孝
通讯作者：
津田雅孝

Identification of Burkholderia multivorans ATCC 17616 genes induced in soil environment by in vivo expression technology

利用体内表达技术鉴定土壤环境中诱导的多食伯克霍尔德氏菌 ATCC 17616 基因