ゲノムワイドな構造・機能分類による膜蛋白質の機能理解:G蛋白質共役型受容体

通过全基因组结构和功能分类了解膜蛋白的功能:G 蛋白偶联受体

基本信息

项目摘要

(1)膜貫通ヘリックス部分の極性領域の擬似座標、ループ部分の長さと平均疎水性値、既知の低分子リガンド、ペプチド性リガンドの分子量、疎水性値、電荷、などのGPCRの各ドメインの物理化学的特性と、結合Gタンパク質の種類(Gi/o, Gq/11/12,Gs, Gt等)との相関性を基にして、結合Gタンパク質を予測するプログラムを作成した。予測精度は85%以上になっている。これを用いてヒトの機能未知GPCR、数百配列に対して機能予測を行った。(2)これまで開発済みの、GPCR遺伝子予測自動化システムを用いて、223種の細菌と、7種の真核生物のGPCR遺伝子を同定した。これらに対して、上記プログラムを用いて、機能分類及び予測を行った。また、これらのGPCRのゲノム上でのマップ情報も解析したところ、特にヒトゲノの嗅覚・味覚受容体など感覚器の受容体は、ゲノム配列上で、狭い領域に高密度に集積したクラスター領域を形成することが判り、ゲノム上の分布構造からも機能が予測できる可能性を示した。(3)クラスAファミリーに属するGPCRに関して、比較モデリングで立体構造を予測し、結合リガンド構造を最適化する方法はすでに開発済みであるが、これをヒスタミン受容体や、嗅覚受容体に適用し、変異体実験による機能変化をよく説明できる結果を得た。この結果は、本特定研究で開発した立体構造モデリング、リガンドドッキング計算の妥当性を示している。(4)16年度までの結果を基にして上記の生物種に対して、GPCR配列候補を収めた総合データベースを構築した。また、上記で開発した機能予測プログラム(結合Gタンパク質予測プログラム)をWEBサーバーとして組み込み、公開準備中である。
The main results are as follows: (1) the properties of the membrane are similar to those in the field of temperature, the average hydrophilicity of partial temperature, the molecular weight of low molecular weight, low molecular weight, charge and thermal GPCR, and the physical and chemical properties of these materials, combined with the properties of Gi/o, Gq/11/12,Gs. Gt, etc.) compare the basic information of the system, and combine it with G-mode information to make it possible. The accuracy is more than 85%. If you don't know the GPCR of your computer, you can use several hundred of your phone to tell you how to do it. (2) the GPCR spores were used in the laboratory, 223 strains of bacteria and 7 kinds of eukaryotes GPCR spores were used in the same way. Make sure that you use the equipment, classify the machinery and power, and give it to the bank. In this paper, we analyze the situation in the field of GPCR, especially the smell of the capacitor, the sensor of the capacitor, the sensor of the capacitor, the configuration of the capacitor, the narrow domain of the high-density cluster, the distribution of the sensor, the possibility of the sensor, the sensor, the sensor (3) in general, the system is used in the GPCR system, the system is used in the system, and the system is used in combination with the system. The most efficient method is to make the most effective method to determine the performance of the system, the recipient, the recipient, the receiver, the receiver and the receiver. The results show that the results of this specific study show that the calculation of the appropriateness of the calculation will show the accuracy of the calculation. (4) the results of the year 16 showed that there was a significant increase in the number of biological diseases, such as GPCR and so on. In the last two years, the trading machine will be able to send information (combined with G-mail information to you) that you will be able to WEB your computer system in a public manner.

项目成果

期刊论文数量(6)
专著数量(0)
科研奖励数量(0)
会议论文数量(0)
专利数量(0)
Genome Scale Overview of GPCR Genes detected from Bacteria and Archer and Eukaryote.
从细菌、Archer 和真核生物中检测到的 GPCR 基因的基因组规模概述。
  • DOI:
  • 发表时间:
  • 期刊:
  • 影响因子:
    0
  • 作者:
    Yukiteru Ono;Wataru Fujibuchi;Makiko Suwa
  • 通讯作者:
    Makiko Suwa
Structural Basis for Broad but Selective Ligand Spectrum of a Mouse Olfactory Receptor : Mapping the Odorant Binding Site.
小鼠嗅觉受体广泛但选择性配体谱的结构基础:绘制气味结合位点。
  • DOI:
  • 发表时间:
    2005
  • 期刊:
  • 影响因子:
    0
  • 作者:
    Sayoko Katada;Yuki Oka;Takatsugu Hirokawa;Makiko Suwa
  • 通讯作者:
    Makiko Suwa
GRIFFIN : A System for Predicting GPCR-G-protein Coupling Selectivity using Support Vector Machine based on physicochemical parameters
GRIFFIN:基于理化参数使用支持向量机预测 GPCR-G-蛋白偶联选择性的系统
  • DOI:
  • 发表时间:
  • 期刊:
  • 影响因子:
    0
  • 作者:
    Yukimitsu Yabuki;Hidehito Mukai;Takatsugu Hirokawa;Makiko Suwa
  • 通讯作者:
    Makiko Suwa
{{ item.title }}
{{ item.translation_title }}
  • DOI:
    {{ item.doi }}
  • 发表时间:
    {{ item.publish_year }}
  • 期刊:
  • 影响因子:
    {{ item.factor }}
  • 作者:
    {{ item.authors }}
  • 通讯作者:
    {{ item.author }}

数据更新时间:{{ journalArticles.updateTime }}

{{ item.title }}
  • 作者:
    {{ item.author }}

数据更新时间:{{ monograph.updateTime }}

{{ item.title }}
  • 作者:
    {{ item.author }}

数据更新时间:{{ sciAawards.updateTime }}

{{ item.title }}
  • 作者:
    {{ item.author }}

数据更新时间:{{ conferencePapers.updateTime }}

{{ item.title }}
  • 作者:
    {{ item.author }}

数据更新时间:{{ patent.updateTime }}

諏訪 牧子其他文献

GPCRの細胞内シグナル伝達パスウェイの可視化データベースの構築
GPCR细胞内信号转导通路可视化数据库的构建
  • DOI:
  • 发表时间:
    2016
  • 期刊:
  • 影响因子:
    0
  • 作者:
    藤田 大輔;鈴木 新;劉 和輝;諏訪 牧子
  • 通讯作者:
    諏訪 牧子

諏訪 牧子的其他文献

{{ item.title }}
{{ item.translation_title }}
  • DOI:
    {{ item.doi }}
  • 发表时间:
    {{ item.publish_year }}
  • 期刊:
  • 影响因子:
    {{ item.factor }}
  • 作者:
    {{ item.authors }}
  • 通讯作者:
    {{ item.author }}

{{ truncateString('諏訪 牧子', 18)}}的其他基金

ゲノム比較による、嗅覚受容体の発現機構の解明
通过基因组比较阐明嗅觉受体的表达机制
  • 批准号:
    17018042
  • 财政年份:
    2005
  • 资助金额:
    $ 3.14万
  • 项目类别:
    Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
膜タンパク質中のリガンド結合部位に関するゲノムワイドな解析
膜蛋白配体结合位点的全基因组分析
  • 批准号:
    05F05638
  • 财政年份:
    2005
  • 资助金额:
    $ 3.14万
  • 项目类别:
    Grant-in-Aid for JSPS Fellows
ゲノムワイドな構造・機能分類によるG蛋白質共役型受容体の機能理解
通过全基因组结构和功能分类了解 G 蛋白偶联受体的功能
  • 批准号:
    15014236
  • 财政年份:
    2003
  • 资助金额:
    $ 3.14万
  • 项目类别:
    Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
ゲノムワイドな膜蛋白質の構造、機能分類:G蛋白質共役型受容体への応用
膜蛋白的全基因组结构和功能分类:在 G 蛋白偶联受体中的应用
  • 批准号:
    14015237
  • 财政年份:
    2002
  • 资助金额:
    $ 3.14万
  • 项目类别:
    Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
膜タンパク質のβシート予測法の開発
膜蛋白β-折叠预测方法的开发
  • 批准号:
    07680711
  • 财政年份:
    1995
  • 资助金额:
    $ 3.14万
  • 项目类别:
    Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
分子動力学計算による膜タンパク質立体構造予測
使用分子动力学计算预测膜蛋白 3D 结构
  • 批准号:
    06780529
  • 财政年份:
    1994
  • 资助金额:
    $ 3.14万
  • 项目类别:
    Grant-in-Aid for Encouragement of Young Scientists (A)

相似海外基金

ゲノムワイドな構造・機能分類によるG蛋白質共役型受容体の機能理解
通过全基因组结构和功能分类了解 G 蛋白偶联受体的功能
  • 批准号:
    15014236
  • 财政年份:
    2003
  • 资助金额:
    $ 3.14万
  • 项目类别:
    Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
ゲノムワイドな膜蛋白質の構造、機能分類:G蛋白質共役型受容体への応用
膜蛋白的全基因组结构和功能分类:在 G 蛋白偶联受体中的应用
  • 批准号:
    14015237
  • 财政年份:
    2002
  • 资助金额:
    $ 3.14万
  • 项目类别:
    Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
{{ showInfoDetail.title }}

作者:{{ showInfoDetail.author }}

知道了