クロスリンク法と質量分析、NMRをインテグレイトした複合体の構造解析法の開発

开发集交联、质谱和核磁共振于一体的复合物结构分析方法

• 批准号: 16048227
• 负责人: 明石 知子
• 金额: $ 2.37万
• 依托单位: Yokohama City University
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
• 财政年份: 2004
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2004 至 无数据
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-16048227/
• 关键词: クロスリンク法; 質量分析; NMR; タンパク質複合体

本課題研究では、(1)微量で迅速に構造情報が得られるという特徴を有する質量分析(MS)をクロスリンク法と組み合わせて用いることにより、ソフトな相互作用からなるタンパク質複合体の分子間相互作用およびその部位について解析する研究手法を構築する。(2)複合体を構成するタンパク質ドメインの構造についてはNMRで原子レベルでの解析を行う。(3)両者の結果を統合することにより、解析できるタンパク質の分子量の上限のない解析系を構築することを目指して研究を行った。この方法論を用いて、ドメインレベルで立体構造解析が進められている転写因子c-Myb DNA結合ドメイン(c-Myb DBD)と熱ショック因子DNA結合ドメイン(HSF3 DBD)の相互作用領域ならびにヒト基本転写因子TFIIEの構造について解析した。1.c-Myb DBDとHSF DBDの相互作用領域の解析NMRで既に構造解析が行われているc-Myb DBDとHSF DBDが1:1のストイキオメトリーで結合することをエレクトロスプレー質量分析(ESI-MS)法で確認した後、クロスリンク法と質量分析を組み合わせて用いることにより、相互作用領域の解析を行った。その結果、c-Myb DBDのRepeat2の領域とHSF3 DBDのDNA認識ヘリックス付近が11.4Å以内に近接しているということが示唆された。2.ヒト基本転写因子TFIIEの構造解析我々は、これまでにTFIIEβコアドメインに加え、TFIIEα Znフィンガードメインの構造を決定することに成功したが、ヒトTFIIE全体の分子構造については明らかにされていない。全長の分子の構造解析に成功していないヒトTFIIEについてクロスリンク法と質量分析を組み合わせて構造解析を行った。

This topic is researched, (1) Micro-volume rapid structural information is obtained and the quality analysis (MS) is carried out using the structural information.ることにより、ソフトなinteractionからなるタンパクPlasmic complex の intermolecular interaction およびそのparts についてanalysisするresearch techniquesをconstructする. (2) The structure of the complex and the structure of the complex and the structure of the complex and the analysis of the atoms and atoms of the NMR. (3) The results of the analysis are the integration of the results and the analysis of the quality. The upper limit of the molecular weight is determined by the analysis system and the construction method.このmethodologyをUsing いて、ドメインレベルでStereostructural analysisが入められている転 to write factors c-Myb DNA binding ドメイン (c-Myb DBD) and the interaction field of the hot factor DNA binding factor (HSF3 DBD) are basically written in the factor TFIIE and are analyzed in the field of interaction. 1.c-Myb DBDとHSF DBD interaction domain analysis NMR structure analysis c-Myb DBDとHSF DBDが1:1のストイキオメトリーで Combined with ESI-MS method After confirming the result, the use of the クロスリンク method and the quality analysis method and the combination of the わせて and the analysis of the interaction field are carried out.そのResults, c-Myb DBDのRepeat2のfield とHSF3 DBDのDNA recognition ヘリックスPay close が 11.4Å or less にNearly close しているということが时憆された. 2. Analysis of the structure of ヒトbasic factor TFIIEの々は、これまでにTFIIEβコアドメインに加え、TFIIEα Znフィンガードメインのstructuralをdeterminationすることにsuccessしたが、ヒThe overall molecular structure of トTFIIE is the same as the molecular structure of TFIIE. The structural analysis of the full-length molecule was successful and the structure analysis of the full-length molecule was successful.

项目成果

Evaluation of protein-DNA binding affinity by electrospray ionization mass spectrometry

• DOI: 10.1016/j.jasms.2004.09.021
• 发表时间: 2005-01-01
• 期刊: JOURNAL OF THE AMERICAN SOCIETY FOR MASS SPECTROMETRY
• 影响因子: 3.2
• 作者: Akashi, S;Osawa, R;Nishimura, Y
• 通讯作者: Nishimura, Y

A Novel zinc finger structure in the large Subunit of human general transcription factor TFIIE.

人类通用转录因子 TFIIE 大亚基中的新型锌指结构。

• 发表时间: 2004
• 期刊: The Journal of Biological Chemistry 279
• 作者: Okuda;M.;Tanaka;A.;Arai;Y.;Satoh;M.;Okamura;H.;Nagadoi;A.;Hanaoka;F.;Ohkuma;Y.;Nishimura;Y.
• 通讯作者: Y.

Comparison between TRF2 and TRF1 of their telomeric DNA-bound structures and DNA-binding activities

• DOI: 10.1110/ps.04983705
• 发表时间: 2005-01-01
• 期刊: PROTEIN SCIENCE
• 影响因子: 8
• 作者: Hanaoka, S;Nagadoi, A;Nishimura, Y
• 通讯作者: Nishimura, Y

Selective dissociation of nocovalent bonds in the biological molecules by laser spray

通过激光喷雾选择性解离生物分子中的非共价键

• 发表时间: 2004
• 期刊: J.Mass Spectrom. 39・9
• 作者: A.Takamizawa;et al.
• 通讯作者: et al.