ソフトな相互作用からなる複合体のMSとNMRによる統合的な構造解析法の開発

使用 MS 和 NMR 开发由软相互作用组成的复合物的集成结构分析方法

• 批准号: 17048025
• 负责人: 明石 知子
• 金额: $ 4.29万
• 依托单位: Yokohama City University
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
• 财政年份: 2005
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2005 至 2006
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-17048025/
• 关键词: タンパク質複合体; 生体分子; 質量分析; NMR

ソフトな相互作用により形成されるタンパク質複合体の構造機能解析を行うことを目的として以下のような研究を行った。転写因子c-Myb DNA結合ドメイン(c-Myb DBD)と転写因子HSF3 DNA結合ドメイン(HSF3 DBD)の相互作用について解析した。両タンパク質は、強くはないものの特異的に相互作用することを、ESI-MSで確認し、結合のストイキオメトリーを1:1と決定した。続いてアミノ基に対する架橋反応とMSで詳細に解析することにより、架橋された部位を特定し、複合体を形成するタンパク質の相対的位置関係を解析した。リンカーの長さが(CH_2)_2ずつ異なる5種類の架橋試薬を用いることで、架橋を有するペプチドの帰属が行いやすくなること、また、架橋試薬のリンカーの長さから架橋されたアミノ基間の距離情報が得られることがわかった。さらに、15N標識したHSF3 DBDを用いた場合と用いない場合の結果と比較することで、HSF3 DBD由来のペプチドを含むペプチドを明確に見分けられ、これによってもペプチドピークの帰属の確実性を向上できることがわかった。これらの実験からHSF3 DBDとc-Myb DBDの相対的な位置に関して解析するとともに、15N標識したHSF3 DBDを用いて、長土居有隆博士の協力で、c-Myb DBDの存在の有無の2状態で15N一標識HSF3 DBDの1H/15NHSQCスペクトルを測定し、総合的にデータを解析した。その結果、HSF3 DBD第2ヘリックスとc-MybDBD Repeat 2の第2ヘリックス、HSF3のC末端部分とc-Myb DBD Repeat 3の第2ヘリックスが近接していることが示唆され、この手法が、特異性はあるが親和性の低いタンパク質複合体の構造について解析する場合、有効であることがわかった。

ソ フ ト な interaction に よ り form さ れ る タ ン パ ク qualitative complex の structure function analysis line を う こ と を purpose と し て following の よ う な を line っ た. Planning to write factor c - Myb dna-binding ド メ イ ン (c - Myb DBD) と planning write factor HSF3 dna-binding ド メ イ ン HSF3 (DBD) の interaction に つ い て parsing し た. Struck タ ン パ ク は, strong く は な い も の の specific に interaction す る こ と を, ESI - MS で confirm し, combining の ス ト イ キ オ メ ト リ ー を 1:1 と decided し た. 続 い て ア ミ ノ base に す seaborne る bridging the 応 と MS で detailed analytical す に る こ と に よ り, bridging さ れ た parts を し specific, complex を form す る タ ン パ ク qualitative の phase position masato is seaborne を parsing し た. Long リ ン カ ー の さ が (CH_2) _2 ず つ different な る 5 kinds の bridging try 薬 を with い る こ と で, bridging を have す る ペ プ チ ド の 帰 が rows い や す く な る こ と, ま た wires, try 薬 の リ ン カ ー の long さ か ら bridging さ れ た ア ミ ノ の distance between base intelligence が ら れ る こ と が わ か っ た. さ ら に, 15 n logo し た HSF3 DBD を with い と た occasions with い な い occasions の results と す る こ と で, HSF3 DBD origin の ペ プ チ ド を containing む ペ プ チ ド を に see points clear け ら れ, こ れ に よ っ て も ペ プ チ ド ピ ー ク の 帰 is の really be を upward で き る こ と が わ か っ た. こ れ ら の be 験 か ら HSF3 DBD と c - Myb DBD の phase of seaborne な position に masato し て parsing す る と と も に, 15 n logo し た HSF3 DBD を with い て, long in the soil have long の together で, Dr C - Myb DBD の is の presence of の 2 state で 15 n a logo HSF3 DBD <s:1> 1H/15NHSQCスペ ト ト を を を determination of <s:1> and 総 combination にデ タを タを タを タを タを analysis of た た. Youdaoplaceholder0 <s:1> result, HSF3 DBD 2nd ヘリッ スと スとc-MybDBD Repeat 2nd ヘリッ ス ス, HSF3 c-terminal part と c-myb DBD Repeat 3 の 2 ヘ リ ッ ク ス が nearly meet し て い る こ と が in stopping さ れ, こ の gimmick が, specificity は あ る が affinity の low い タ ン パ ク qualitative complex の tectonic に つ い て parsing す る occasions, a sharper で あ る こ と が わ か っ た.

项目成果

Structural Insights into the Asymmetric Effects of Zinc-Ligand Cysteine Mutations in the Novel Zinc Ribbon Domain of Human TFIIEα for Transcription.

人类 TFIIEα 新型锌带结构域中锌配体半胱氨酸突变对转录的不对称影响的结构见解。

• 发表时间: 2005
• 期刊: J.Biochem. 138
• 作者: Okuda;M.;Tanaka;A.;Hanaoka;F.;Ohkuma;Y.;Nishimura;Y.
• 通讯作者: Y.

Stability analysis for double-stranded DNA oligomers and their noncovalent complexes with drugs by laser spray.

通过激光喷雾对双链 DNA 寡聚物及其与药物的非共价复合物进行稳定性分析。

• 发表时间: 2006
• 期刊: J.Mass Spectrom. 41
• 作者: Shi;X.;Takamizawa;A.;Nishimura;Y;Hiraoka;K.;Akashi,S.
• 通讯作者: Akashi,S.

Top-down analysis of basic proteins by microchip capillary electrophoresis mass spectrometry

• DOI: 10.1002/rcm.2541
• 发表时间: 2006-01-01
• 期刊: RAPID COMMUNICATIONS IN MASS SPECTROMETRY
• 影响因子: 2
• 作者: Akashi, Satoko;Suzuki, Koichi;Nishimura, Yoshifumi
• 通讯作者: Nishimura, Yoshifumi

A protein recycling system for nuclear magnetic resonance-based screening of drug candidates.

用于基于核磁共振筛选候选药物的蛋白质回收系统。

• 发表时间: 2006
• 期刊: Analytical Biochem. 353
• 作者: Hirayama;A.;Shirota;O.;Nomura;M;Nagadoi;A.;Nishimura;Y.
• 通讯作者: Y.

The neural repressor NRSF/REST binds the PAH1 domain of the Sin3 corepressor by using its distinct short hydrophobic helix

• DOI: 10.1016/j.jmb.2005.10.008
• 发表时间: 2005-12-09
• 期刊: JOURNAL OF MOLECULAR BIOLOGY
• 影响因子: 5.6
• 作者: Nomura, M;Uda-Tochio, H;Nishimura, Y
• 通讯作者: Nishimura, Y