Innovative genomics and metagenomics of environmental bacteria able to degrade organic pollutants

能够降解有机污染物的环境细菌的创新基因组学和宏基因组学

• 批准号: 17018003
• 负责人: TSUDA Masataka
• 金额: $ 69.89万
• 依托单位: Tohoku University
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
• 财政年份: 2005
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2005 至 2009
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-17018003/
• 关键词: 細菌; 土壌; 環境汚染; 環境修復; ゲノム; メタゲノム; 発現制御; 細菌叢; 環境; 生態

Environmental bacteria able to degrade various recalcitrant and xenobiotic compounds play important roles in the removal of organic pollutants. To know the survival and proliferation strategies of such bacteria in their native niche, the genetic loci very important in the survival and specifically induced in the soil environment were identified at the genomic levels using two phylogentically distant strains. Metagenomic analysis was also conducted to clarify the mode how the bacterial population in the soil responded to the exposure of organic pollutants.

环境细菌能降解各种难降解有机物和异生化合物，在有机污染物的去除中起着重要的作用。为了了解这些细菌在其天然生态位中的生存和增殖策略，使用两个遗传距离远的菌株在基因组水平上鉴定了在土壤环境中对生存非常重要且特异性诱导的遗传位点。宏基因组分析也进行了澄清的模式，如何在土壤中的细菌种群的有机污染物暴露的响应。

项目成果

ゲノム解析ソフトウェアGenomeMatcherの紹介

基因组分析软件GenomeMatcher简介

• 发表时间: 2010
• 期刊: 化学と生物
• 作者: 井上裕介;英知;樋口豪紀;井上博紀;高砂拓志;萩原克郎;丹治保典;永幡肇;田村豊;横田博;大坪嘉行
• 通讯作者: 大坪嘉行

Revised nomenclature for transposable genetic elements.

• DOI: 10.1016/j.plasmid.2008.08.001
• 发表时间: 2008-11
• 期刊: Plasmid
• 影响因子: 2.6
• 作者: Roberts AP;Chandler M;Courvalin P;Guédon G;Mullany P;Pembroke T;Rood JI;Smith CJ;Summers AO;Tsuda M;Berg DE
• 通讯作者: Berg DE

微生物の事典(メタゲノム)

微生物百科全书（宏基因组学）

• 发表时间: 2008
• 作者: Sota;M.;Yano;H.;Tsuda;M;津田雅孝
• 通讯作者: 津田雅孝

比較ゲノム学から読み解く生命システム(土壌環境細菌の比較ゲノム)

通过比较基因组学破译生命系统（土壤环境细菌的比较基因组）

• 发表时间: 2007
• 作者: 津田雅孝;永田裕二;大坪嘉行
• 通讯作者: 大坪嘉行

比較ゲノム解析ツール: GenomeMatcher

比较基因组分析工具：GenomeMatcher