Response of soil microbial community to exposure of environmental pollutants

土壤微生物群落对环境污染物暴露的响应

• 批准号: 22380176
• 负责人: TSUDA Masataka
• 金额: $ 11.65万
• 依托单位: Tohoku University
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research (B)
• 财政年份: 2010
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2010 至 2012
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-22380176/
• 关键词: 環境汚染; 細菌; メタゲノム; 分解酵素遺伝子

Soil microbial communities play very important role in the bioremediation of chemical pollutants. To investigate how such a community responded to and degrade the pollutants, time series analysis of the community in an artificially polluted and closed soil system was carried out by metagenomic sequencing of the community in conjunction with the isolation and characterization of the genes and bacterial strains able to degrade the pollutants. Our analysis strongly suggested the crucial catabolic genes and their host genera involved in the bioremediation in the polluted soil.

土壤微生物群落在化学污染物的生物修复中起着非常重要的作用。为了研究这样一个社区如何应对和降解污染物，在人工污染和封闭的土壤系统中的社区的时间序列分析进行了宏基因组测序的社会结合的分离和表征的基因和细菌菌株能够降解污染物。我们的分析有力地揭示了参与污染土壤生物修复的关键分解代谢基因及其宿主属。

项目成果

Meta-plasmid : In silico reconstruction of a plasmid-like circular DNA molecule and its possible role in the retrieved environment

后质质粒：类质粒环状 DNA 分子的计算机重建及其在恢复环境中的可能作用

• 发表时间: 2010
• 作者: H. Suenaga;5 人;Y. Ohtsubo;M. Tsuda;and K. Miyazaki;津田雅孝,加藤広海,大坪嘉行,永田裕二;加藤広海;西山依里;木村明音;菅原智詞;千本木淳子;大坪嘉行;宮腰昌利;H.Suenaga
• 通讯作者: H.Suenaga

メタゲノムデータベース,メタゲノム解析技術の最前線

宏基因组数据库，最前沿的宏基因组分析技术

• 发表时间: 2010
• 作者: H. Suenaga;5 人;Y. Ohtsubo;M. Tsuda;and K. Miyazaki;津田雅孝,加藤広海,大坪嘉行,永田裕二;加藤広海;西山依里;木村明音;菅原智詞;千本木淳子;大坪嘉行;宮腰昌利;H.Suenaga;A.Kimura;Y.Ohtsubo;小川直人;加藤広海;Yoshiyuki Ohtsubo;森宙史,丸山史人,黒川顕;森宙史,丸山史人,黒川顕
• 通讯作者: 森宙史,丸山史人,黒川顕

Time series metagenomic analysis of soil microbial community

土壤微生物群落时间序列宏基因组分析

• 发表时间: 2013
• 作者: Iwano;H.;Higuchi;H.;Inoue;H.;Kobayashi;H.;Nagahata;H.;Yokota;H.;Tanji;Y.;Tamura;Y.;M. Morikawa;津田雅孝;岩野英知;Yoshie Kametani;M.Morikawa;岩野英知;M. Tsuda and K. Kurokawa
• 通讯作者: M. Tsuda and K. Kurokawa

Pivotal role of anthranilate dioxygenase genes in the adaptation of Burkholderia multivorans ATCC 17616 in soil

邻氨基苯甲酸双加氧酶基因在多食伯克霍尔德菌 ATCC 17616 适应土壤中的关键作用

• 发表时间: 2012
• 期刊: FEMS Microbiol.Lett.
• 作者: Higuchi;H.;Iwano;H.;Kawai;K.;Ohta;T.;Obayashi;T.;Hirose;K.;Itoh;N.;Yokota;T.;Tamura;Y.;Nagahata;H.;佐伯和利・國頭恭・境雅夫;E.Nishiyama
• 通讯作者: E.Nishiyama

The lin genes for γ-hexachlorocyclohexane degradation in Sphingomonas sp.MM-1 proven to be dispersed across multiple plasmids

鞘氨醇单胞菌 MM-1 中 γ-六氯环己烷降解的 lin 基因被证明分散在多个质粒中

• 发表时间: 2011
• 期刊: Biosci.Biotech.Biochem.
• 作者: Tsuchiya;K.;Kurose;D.;Shaw;R.H.;Djeddour;D.H.;Evans;H.C.;Tsushima;S.;Furuya;N.;M.Tabata
• 通讯作者: M.Tabata