Comparative analysis of large scale genome data and knowledge discovery

大规模基因组数据比较分析和知识发现

• 批准号: 17018021
• 负责人: YADA Tetsushi
• 金额: $ 44.54万
• 依托单位: Kyoto University
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
• 财政年份: 2005
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2005 至 2009
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-17018021/
• 关键词: バイオインフォマティックス; ゲノム情報処理; ゲノム生物学; バイオインフォマティクス; 配列解析; プロモーター; miRNA; バイオィンフォマティクス; アラインメント; プロファイル; 遺伝子発見; アノテーション

We have accumulated a large amount of knowledge concerning with molecular biology by comparing biological sequences, such as DNA, RNA and amino acid sequences. On the other hand, rapid progress of sequencing technology have brought accumulation of a large amount of sequence data. Then, its quantity is now exceeding the upper limit of application of existing sequence comparison methods. Here, we have developed methods which are capable of comparing such a large amount of sequence data with high accuracy, and have tackled the challenge to biological knowledge discovery by applying the methods. As a result, we have revealed molecular mechanism of transcriptional regulation of microRNA function.

通过对DNA、RNA和氨基酸序列等生物序列的比较，我们积累了大量的分子生物学知识。另一方面，测序技术的快速发展带来了大量序列数据的积累。那么，它的数量现在已经超过了现有序列比较方法的应用上限。在这里，我们已经开发出能够以高精度比较如此大量的序列数据的方法，并通过应用这些方法来应对生物知识发现的挑战。因此，我们揭示了microRNA功能的转录调控的分子机制。

项目成果

A novel method for miRNA target prediction : miRNAs and their targets are frequently coregulated by common transcription factors

一种新的 miRNA 靶标预测方法：miRNA 及其靶标经常受到常见转录因子的共同调控

• 发表时间: 2009
• 作者: Yada;T.
• 通讯作者: T.

Probabilistic Graphical Modeling for Large-scale Combinatorial Regulation of Transcription Factors

转录因子大规模组合调控的概率图形模型

• 发表时间: 2008
• 期刊: Proc. of the workshop on Knowledge, Language, and Learning in Bioinformatics (KLLBI)
• 作者: S. J. Park;N. Ichinose and T. Yada
• 通讯作者: N. Ichinose and T. Yada

Reconstruction of transcription-translation dynamics with a model of gene networks

• DOI: 10.1016/j.jtbi.2008.09.006
• 发表时间: 2008-12-21
• 期刊: JOURNAL OF THEORETICAL BIOLOGY
• 影响因子: 2
• 作者: Ichinose, N.;Yada, T.;Aihara, K.
• 通讯作者: Aihara, K.

(森下真一、阿久津達也編集, 遺伝子発見, 生命研究への応用と開発が進むバイオデータベースとソフトウェア最前線,実験医学増刊, 26(7))

（由森下真一和阿久津达也编辑，基因发现，生物数据库和软件的前沿，其在生命研究中的应用和开发进展，实验医学特刊，26（7））

• 发表时间: 2008
• 作者: Yada;T.;矢田哲士
• 通讯作者: 矢田哲士

A motif-based framework for constructing promoter models

用于构建启动子模型的基于基序的框架

• 发表时间: 2006
• 期刊: In proc.of EABS ＆ BSJ 2006
• 作者: Yada;T
• 通讯作者: T