Development of Metabolomics Technology and Its Application to the Prediction of Novel Metabolic Pathways

代谢组学技术发展及其在新代谢途径预测中的应用

• 批准号: 18016028
• 负责人: TOMITA Masaru
• 金额: $ 30.53万
• 依托单位: Keio University
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
• 财政年份: 2006
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2006 至 2009
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-18016028/
• 关键词: メタボローム解析; バイオインフォマティクス; 質量分析; 代謝流束解析; ケモインフォマティクス; MassBank; pH制御合成法; プロテオーム解析; emPAI法; システムバイオロジー; メタボローム; 質量分析計; キャピラリー電気泳動-質量分析計; E-Cell; 赤血球; 解糖系; 大腸菌; エネルギー代謝; 頑強性

We have attained highly reliable identification and highly sensitive quantification in metabolomics based on capillary electrophoresis-mass spectrometry (CE-MS) by developing bioinformatics tools for high-throughput data analysis, flux analysis, modeling metabolism, and finding metabolic pathways. Usefulness of the tools developed were confirmed by their successful applications to the studies on integrative omics analysis of Escherichia coli mutant cells, metabolic pathway analyses using metabolic perturbations by photoperiod in Oryza sativa leaves, and molecular mechanism of non-oxidative phosphorylation energy production in cancer cells.

通过开发用于高通量数据分析、通量分析、代谢建模和寻找代谢途径的生物信息学工具，我们已经实现了基于毛细管电泳-质谱（CE-MS）的代谢组学的高度可靠的鉴定和高度灵敏的定量。这些工具的成功应用证实了其在大肠杆菌突变体细胞的整合组学分析、水稻叶片光周期代谢扰动的代谢途径分析以及癌细胞非氧化磷酸化能量产生的分子机制研究中的实用性。

项目成果

Capillary electrophoresis mass spectrometry-based saliva metabolomics identified oral, breast and pancreatic cancer-specific profiles.

• DOI: 10.1007/s11306-009-0178-y
• 发表时间: 2010-03
• 期刊: METABOLOMICS
• 影响因子: 3.6
• 作者: Sugimoto, Masahiro;Wong, David T.;Hirayama, Akiyoshi;Soga, Tomoyoshi;Tomita, Masaru
• 通讯作者: Tomita, Masaru

Genome Projector: zoomable genome map with multiple views.

• DOI: 10.1186/1471-2105-10-31
• 发表时间: 2009-01-23
• 期刊: BMC bioinformatics
• 影响因子: 3
• 作者: Arakawa K;Tamaki S;Kono N;Kido N;Ikegami K;Ogawa R;Tomita M
• 通讯作者: Tomita M

Differential metabolomics software for capillary electrophoresis-mass spectrometry data analysis

• DOI: 10.1007/s11306-009-0175-1
• 发表时间: 2010-03-01
• 期刊: METABOLOMICS
• 影响因子: 3.6
• 作者: Sugimoto, Masahiro;Hirayama, Akiyoshi;Tomita, Masaru
• 通讯作者: Tomita, Masaru

Automated Phosphoproteome Analysis for Cultured Cancer Cel Is by Two-Dimensional NanoLC-MS Using a Calcined Titania/C18 Biphasic Column

使用煅烧二氧化钛/C18 双相色谱柱通过二维 NanoLC-MS 对培养的癌细胞进行自动磷酸化蛋白质组分析

• 发表时间: 2008
• 期刊: Innovations in Analytical. Sciences 24
• 作者: Imami;K
• 通讯作者: K

システムバイオロジーのためのモデリング・シミュレーション環境

系统生物学建模和仿真环境

• 发表时间: 2007
• 期刊: 情報処理 48
• 作者: Ishii N;Nakahigashi K;Baba T;Robert M;Soga T;Kanai A;Hirasawa T;Naba M;Hirai K;Hoque A;Ho PY;Kakazu Y;Sugawara K;Igarashi S;Harada S;Masuda T;Sugiyama N;Togashi T;Hasegawa M;Takai Y;Yugi K;Arakawa K;Iwata N;Toya Y;Nakayama Y;Nishi;松崎由理;櫻田剛史
• 通讯作者: 櫻田剛史