Genome Projector: zoomable genome map with multiple views.
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DOI：
10.1186/1471-2105-10-31
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发表时间：
2009-01-23
影响因子：
3
通讯作者：
Tomita M
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Arakawa K;Tamaki S;Kono N;Kido N;Ikegami K;Ogawa R;Tomita M
分子生物学数据存在于不同的尺度上，从分子水平到组学。同时，每个尺度上的数据可以分为多个层次，如基因组、转录组、蛋白质组、代谢组和生化途径。由于生物信息具有高度多层次和多维度的性质，用于数据库浏览的软件界面应该提供一个直观的界面，允许在不同的视图和比例之间进行快速迁移。可缩放用户界面(ZUI)和选项卡式浏览在其他领域已被证明是成功的，特别是在浏览万维网上的大量信息时。本文介绍了Genome Projector，这是一个基于Web的基因组信息门户，使用Google Maps API提供可缩放的用户界面，配备了四个无缝访问和搜索的视图：环形基因组图、传统基因组图、生化途径图和DNA行走图。320个细菌基因组的Web应用程序可在。所有数据和软件，包括源代码、文档和开发API，都可以在GNU通用公共许可证下免费获得。使用开发API可以很容易地从任何图像文件创建可缩放地图，我们的网站上还提供了Genome Projector的在线数据地图服务。Genome Projector是一个用于浏览基因组学信息的直观Web应用程序，它使用可缩放的用户界面和利用Google Maps API和Achronous JavaScript and XML(AJAX)技术实现的选项卡式浏览。
Molecular biology data exist on diverse scales, from the level of molecules to -omics. At the same time, the data at each scale can be categorised into multiple layers, such as the genome, transcriptome, proteome, metabolome, and biochemical pathways. Due to the highly multi-layer and multi-dimensional nature of biological information, software interfaces for database browsing should provide an intuitive interface that allows for rapid migration across different views and scales. The Zoomable User Interface (ZUI) and tabbed browsing have proven successful for this purpose in other areas, especially to navigate the vast information in the World Wide Web. This paper presents Genome Projector, a Web-based gateway for genomics information with a zoomable user interface using Google Maps API, equipped with four seamlessly accessible and searchable views: a circular genome map, a traditional genome map, a biochemical pathways map, and a DNA walk map. The Web application for 320 bacterial genomes is available at . All data and software including the source code, documentations, and development API are freely available under the GNU General Public License. Zoomable maps can be easily created from any image file using the development API, and an online data mapping service for Genome Projector is also available at our Web site. Genome Projector is an intuitive Web application for browsing genomics information, implemented with a zoomable user interface and tabbed browsing utilising Google Maps API and Asynchronous JavaScript and XML (AJAX) technology.
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