全mRNAおよびタンパク質の絶対量計測のための基盤技術開発

开发总mRNA和蛋白质绝对量测定基础技术

• 批准号: 19021013
• 负责人: 紀藤 圭治
• 金额: $ 2.18万
• 依托单位: The University of Tokyo
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
• 财政年份: 2007
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2007 至 2008
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-19021013/
• 关键词: 絶対定量; トランスクリプトーム; GATC-PCR法; プロテオーム; PCS-MS法

1、出芽酵母におけるGATC-PCR法によるトランスクリプトームの定量解析出芽酵母のトランスクリプトームについて、完全培地または最小培地で培養した出芽酵母におけるmRNA量コピー数を、GATC-PCR法により定量し、全遺伝子の約8割(約5000種類)についてコピー数の計測に成功した。計測間の系統的誤差は10%以下であり、非常に再現性の高い絶対量計測を実現することができた。両培養条件間で発現量の異なるmRNA群を抽出すると、リボゾームタンパク質の遺伝子群などについては、相対的な量比より絶対量の差分が顕著であった。差分での解析は個々の分子のコピー数データに基づくものであり、細胞内分子の絶対量を包括的に計測することが、より意味のある生物学的情報を感度良く抽出するのに重要であることが示された。2、PCS-MS法によるタンパク質の絶対定量計測技術の開発大規模な絶対定量解析を可能にするためにPCS-MS法の改良を行った。具体的には定量のための標準であるPCSを階層的に用いることで、定量可能なタンパク質数とダイナミックレンジのスケールアップを可能にする戦略を開発した。本戦略により、約70種類のタンパク質について約100倍のダイナミックレンジでの絶対量計測が可能となった。また、解糖系酵素群のなかでは律速酵素と位置づけられたタンパク質の絶対量が最も少なかった。生体内パスウェイの全体像を捉え意味のある生物学的知見を導き出するために、絶対定計測が欠かせないものであるといえる。

1. Quantitative analysis of budding yeasts by GATC-PCR method. The number of mRNA in budding yeasts was measured by GATC-PCR method. The number of mRNA in budding yeasts was measured by GATC-PCR method. The number of mRNA in budding yeasts was measured by GATC-PCR method. The system error between measurements is less than 10%, and the reproducibility is very high. The difference in mRNA expression between different culture conditions was detected, and the difference in mRNA expression between different culture conditions was detected. The differential analysis of the number of molecules in the cell, including the measurement of the number of molecules in the cell, indicates that the biological information is well extracted. 2. The development of PCS-MS method for quantitative analysis on a large scale Specific quantitative criteria for PCS hierarchy use, quantitative possibilities for prime numbers, and quantitative possibilities for PCS hierarchy development. This strategy is about 70 kinds of quality control, about 100 times more than the quality control, and it is possible to measure the quality control. The most important part of the enzyme group is its position and quality. The whole picture of the organism is captured and the biological knowledge is introduced.

项目成果

Absolute quantification of the budding yeast transcriptome by means of competitive PCR between genomic and complementary DNAs.

• DOI: 10.1186/1471-2164-9-574
• 发表时间: 2008-11-29
• 期刊: BMC GENOMICS
• 影响因子: 4.4
• 作者: Miura, Fumihito;Kawaguchi, Noriko;Yoshida, Mikio;Uematsu, Chihiro;Kito, Keiji;Sakaki, Yoshiyuki;Ito, Takashi
• 通讯作者: Ito, Takashi

ペプチド連結型標準物質と質量分析(PCS-MS法)を用いたタンパク質の絶対定量解析

使用肽连接标准物质和质谱法对蛋白质进行绝对定量分析（PCS-MS 方法）

• 发表时间: 2008
• 作者: 紀藤圭治;他
• 通讯作者: 他

プチド連結型標準物質と質量分析(PCS-MS法)を用いたタンパク質の化学量論的定量解析

使用肽连接标准品和质谱法对蛋白质进行化学计量定量分析（PCS-MS 方法）

• 发表时间: 2007
• 作者: 紀藤圭治;他;紀藤 圭治
• 通讯作者: 紀藤 圭治