木確率モデルを用いた知識発見よりのタンパク質の糖鎖認識部位予測

使用树随机模型通过知识发现预测蛋白质上的聚糖识别位点

• 批准号: 20016025
• 负责人: 木下 聖子
• 金额: $ 2.11万
• 依托单位: Soka University
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
• 财政年份: 2008
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2008 至 2009
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-20016025/
• 关键词: 機械学習; 糖鎖構造解析; 確率モデル; 木のマルチプルアラインメント; 糖鎖; 認識部立予測

本研究の目的はレクチンなどのタンパク質の糖鎖構造の認識機構を明らかにするための新しいデータマイニング技術の開発であった。糖鎖結合親和性の高速な測定技術も発展しているため、糖鎖認識パターンを抽出するデータマイニング技術の糖鎖への応用が可能となっている。研究代表者は、これまでProfile PSTMMと呼ぶ木構造中の子の順序を考慮する木確率モデルを開発し、糖鎖構造に応用してきたが、糖鎖の複雑な認識機構の本質を良く理解するために更なる開発が必要であった。そこで、Profile PSTMMの基盤となるState modelの形を確定するために、アミノ酸配列のマルチプルアライメントアルゴリズムCLUSTALWを基に、糖鎖構造のアルゴリズムMCAW(Multiple Carbohydrate Alignment with Weights)を考えた。また、糖鎖構造のマルチプルアライメントを行うため、糖鎖のマルチプルアラインメント形式も決める必要があり、PKCF(Profile KCF)と呼ぶ新しい糖鎖アライメント形式も開発した。そして、この形式を扱うことができるMCAWのプログラムを開発した。

The purpose of this study is to explore the mechanism for understanding the structure of sugar chains and to develop new technology for sugar chains. Development of high-speed assay techniques for glycoconjugate binding affinities, and possible application of glycoconjugate binding affinities The research representatives consider the order of the elements in the Profile PSTMM and the structure of the wood, and the development of the accuracy of the structure, the application of the sugar lock structure, and the understanding of the nature of the sugar lock structure is necessary. The shape of the Profile PSTMM's base plate and State model is determined. The configuration of the Profile PSTMM's base plate and state model is determined. The configuration of the Profile PSTMM's base plate and state model is determined. PKCF(Profile KCF) is a new type of sugar lock. MCAW's launch was launched in 2008.

项目成果

Improvements to profile PSTMM for glycan recognition profile rediction

改进了用于聚糖识别图谱预测的 PSTMM 图谱

• 发表时间: 2009
• 作者: 海谷咲希子;細田正恵;木下聖子
• 通讯作者: 木下聖子

確率木モデルProfaePSTMMの改良

概率树模型ProfaePSTMM的改进

• 发表时间: 2008
• 作者: 海谷咲希子;細田正恵;木下聖子;海谷咲希子・木下聖子
• 通讯作者: 海谷咲希子・木下聖子