転写因子のターゲット部位予側からのゲノム機能推定

从转录因子靶位点预测估计基因组功能

基本信息

  • 批准号:
    15014232
  • 负责人:
  • 金额:
    $ 1.92万
  • 依托单位:
  • 依托单位国家:
    日本
  • 项目类别:
    Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
  • 财政年份:
    2003
  • 资助国家:
    日本
  • 起止时间:
    2003 至 无数据
  • 项目状态:
    已结题

项目摘要

ゲノム機能の解明の一端を担うため1)計算科学的なアブローチから、転写因子それぞれの結合部位を予測する、2)共通の転写因子をもつ遺伝子をクラスタリングすることによって遺伝子間の相互作用を推定すること、この二つを目的として本研究を行った。今年度は、1)に関して進展した。本研究では、DNA結合蛋白質とDNAの複合体から統計ポテンシャルを求め、そのポテンシャルを用いてゲノム上からDNA結合蛋白質のターゲット部位を探す。そのため、まず、年々増加しつづけている蛋白質-DNA複合体の立体構造に対応して、自動的に導出し、定期的にアップデートするシステムを構築した。その結果、冗長性のない複合体を150得た。その複合体の解析を行い、統計ポテンシャルを更新した。また、DNA結合蛋白質は、ゲノムのORFの上流・下流に結合して、転写を制御していることが知られている。そこで、任意の長さの上流・下流のDNA配列を抽出することを行った。その抽出した配列に対して、更新したポテンシャルを用いて、蛋白質のフォールドタイプを探すスレッディングのアナロジーにより、DNA結合蛋白質のターゲット部位を探すことを行った。どの蛋白質がどの遺伝子を制御しているか、現在解析中である。また、更新した統計ポテンシャルを用いて、さまざまなDNA結合蛋白質とそのターゲット配列の認識機構の違いを定量的に評価することができた。
ゲ ノ ム function の interpret の end を bear う た め 1) computational science な ア ブ ロ ー チ か ら, planning to write factor そ れ ぞ れ の combining site を be す る, 2) common の planning write factor を も つ heritage 伝 son を ク ラ ス タ リ ン グ す る こ と に よ っ て heritage の interaction between 伝 son を presumption す る こ と, こ の two つ を purpose と し て this research line を っ た. This year, に, 1)に progress on て た. This study で は, DNA binding protein と の DNA complex か ら statistical ポ テ ン シ ャ ル を め, そ の ポ テ ン シ ャ ル を with い て ゲ ノ ム on か ら DNA binding protein の タ ー ゲ ッ ト parts を す. そ の た め, ま ず, years 々 raised し つ づ け て い る - DNA protein complex の three-dimensional structure に 応 seaborne し て, automatic に export し, regular に ア ッ プ デ ー ト す る シ ス テ ム を build し た. Youdaoplaceholder0 そ results, verbodivity な the を complex を150 results in た. The そ <s:1> complex <e:1> resolves を rows を, statistics ポテ シャ を を updates た た. ま た, DNA binding protein は, ゲ ノ ム の ORF の upstream, downstream に combining し て, planning to write を royal し て い る こ と が know ら れ て い る. Youdaoplaceholder0 とを で で, for any <s:1> length さ of upstream and downstream <s:1> DNA sequences, を extract する とを とを とを った rows った. そ の spare し た match column に し seaborne て, update し た ポ テ ン シ ャ ル を with い て, protein の フ ォ ー ル ド タ イ プ を agent す ス レ ッ デ ィ ン グ の ア ナ ロ ジ ー に よ り, DNA binding protein の タ ー ゲ ッ ト parts を agent す こ と を line っ た. <s:1> <s:1> protein が 伝 the 伝 seed を is used to control <s:1> て る る る, currently in the process of analysis である. ま た, update し た statistical ポ テ ン シ ャ ル を with い て, さ ま ざ ま な DNA binding protein と そ の タ ー ゲ ッ ト match column の know institutions の violations い を に of quantitative evaluation of 価 す る こ と が で き た.

项目成果

期刊论文数量(6)
专著数量(0)
科研奖励数量(0)
会议论文数量(0)
专利数量(0)
Gromiha, M.M.: "Intermolecular and Intramolecular Readout Mechanisms in Protein-DNA Recognition"J.Mol.Biol.. 337. 285-294 (2004)
Gromiha, M.M.:“蛋白质-DNA 识别中的分子间和分子内读出机制”J.Mol.Biol.. 337. 285-294 (2004)
  • DOI:
  • 发表时间:
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  • 影响因子:
    0
  • 作者:
  • 通讯作者:
Oobatake, M.: "Anatomy of specific interactions between lambda repressor and operator DNA by energy-component analysis"PROTEINS : Stuct.Funct.Genet.. 52. 33-43 (2003)
Oobatake,M.:“通过能量成分分析对 lambda 阻遏物和操纵基因 DNA 之间的特定相互作用进行解剖”蛋白质:Stuct.Funct.Genet.. 52. 33-43 (2003)
  • DOI:
  • 发表时间:
  • 期刊:
  • 影响因子:
    0
  • 作者:
  • 通讯作者:
Sarai, A.: "Structure-Function Relationship in DNA Sequence Recognition by Transcription Factors"Bioinformatics 2004,Second Asia Pacific Bioinformatics Conference (APBC2004). 233-238 (2004)
Sarai, A.:“转录因子 DNA 序列识别中的结构-功能关系”生物信息学 2004 年,第二届亚太生物信息学会议 (APBC2004)。
  • DOI:
  • 发表时间:
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