ショウジョウバエ高分子量機能性RNAの網羅的検索

果蝇高分子量功能RNA的综合搜索

• 批准号: 15030234
• 负责人: 影山 裕二
• 金额: $ 3.52万
• 依托单位: Nara Institute of Science and Technology
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
• 财政年份: 2003
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2003 至 2004
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-15030234/
• 关键词: mRNA-like non-coding RNA; ゲノム機能; ショウジョウバエ; in silicoスクリーニング; 進化速度; 胚発生; non-coding RNA; ゲノム

近年の研究から、哺乳類をはじめとした生物のゲノムには、予想をはるかに超える数のmRNA-like non-coding RNA遺伝子が存在することが強く示唆されている。これらRNAのほとんどが新規の分子であり、ゲノムの包括的理解のためにはその機能を明らかにすることが急務であると考えられる。本研究課題ではショウジョウバエをモデル系とし、1)ショウジョウバエゲノム中にいくつのmRNA-like non-coding RNA遺伝子が存在するのか、2)これらnon-coding RNA遺伝子の生体内の機能は何かを明らかにすることを目標とした。1)全長の塩基配列が明らかにされている10,165のショウジョウバエcDNAを対象にin silicoスクリーニングを行い、287個の非翻訳RNA候補を見い出した。これらのうち、既知のタンパク質遺伝子の相同性が低く、かつ直近に遺伝子が存在しないものを選別し、136個のmRNA-like ncRNAを得た。これらncRNAを近縁種のゲノム配列と比較したところ、mRNA-like ncRNAの進化速度が非常に速いことが示唆された。2)in situハイブリダイゼーション法により、136個のmRNA-like ncRNAのうち、126個について発現解析を行った。これらnon-coding RNAの約5分の1(32個)が胚発生期に発現しており、特に神経系において特異的に発現するものが多く見られた(18個)。これらの組織特異的なnon-coding RNAについて、RNAiによる機能阻害を行ったところ、2個について特定の表現型が得られた。これら遺伝子の表現型の詳細については現在解析を進めているところである。

In recent years, research on mammals has been carried out in order to show the existence of a number of mRNA-like non-coding RNA genes. This is the first time that we've had a chance to learn about RNA, and we've had a chance to learn about RNA. This research topic includes: 1) the existence of mRNA-like non-coding RNA genes in the genome; 2) the function of non-coding RNA genes in vivo. 1)The full-length cDNA sequence consists of 10,165 cDNA fragments and 287 non-cDNA fragments. 136 mRNA-like ncRNAs were identified. The evolution rate of mRNA-like ncRNA is very fast. 2)In situ analysis, 136 mRNA-like ncRNAs were detected, and 126 mRNA-like ncRNAs were detected. Of these non-coding RNAs, 1(32) out of 5 were found during embryonic development, and 18 (18) out of 18 were found during neurogenesis. These are tissue-specific non-coding RNA, RNAi, functional inhibition, and two specific phenotypes. The phenotype of the gene is analyzed in detail.