Development of a computational peptide-protein interaction prediction method based on their tertiary structures

基于三级结构的计算肽-蛋白质相互作用预测方法的开发

• 批准号: 15K16081
• 负责人: Ohue Masahito
• 金额: $ 2.5万
• 依托单位: Tokyo Institute of Technology
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Young Scientists (B)
• 财政年份: 2015
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2015-04-01 至 2018-03-31
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-15K16081/
• 关键词: ペプチド創薬; タンパク質間相互作用; バイオインフォマティクス; 分子ドッキング; 標的予測; カーネル法; ランク学習; 中分子; アミノ酸配列; 構造インフォマティクス; MEGADOCK-Web; ペプチド分子; MEGADOCK; プロファイル; 中規模ペプチド; アミノ酸相互作用プロファイル

项目成果

タンパク質間相互作用予測統合データベースMEGADOCK-WEBの改良とクラウド計算環境との連携

蛋白质-蛋白质相互作用综合预测数据库MEGADOCK-WEB的改进及与云计算环境的协作

• 发表时间: 2017
• 作者: 林孝紀;山本悠生;松崎由理;大上雅史;秋山泰
• 通讯作者: 秋山泰

Human insight in drug discovery: docking pose selection in protein-ligand docking and hit-compounds selection in structure-based virtual screening

人类对药物发现的洞察：蛋白质-配体对接中的对接姿势选择和基于结构的虚拟筛选中的命中化合物选择

• 发表时间: 2016
• 作者: Kazuki Yamamoto;Yoshitaka Moriwaki;Keita Oda;Masahito Ohue;Itsuo Nakane;Ryunosuke Yoshino;Hayase Hakariya;Tadaaki Mashimo;Mitsuhito Wada;Yoshifumi Fukunishi
• 通讯作者: Yoshifumi Fukunishi

ESPRESSO: An ultrafast compound pre-screening method based on compound segmentation

ESPRESSO：一种基于复合分割的超快复合预筛选方法

• 发表时间: 2016
• 作者: Keisuke Yanagisawa;Shunta Komine;Shogo D. Suzuki;Masahito Ohue;Takashi Ishida;Yutaka Akiyama
• 通讯作者: Yutaka Akiyama

アミノ酸プロファイルによるタンパク質ペプチド複合体のポストドッキング解析

通过氨基酸谱对蛋白质-肽复合物进行对接后分析

• 发表时间: 2015
• 作者: 大上雅史;内古閑伸之，松崎由理，秋山泰
• 通讯作者: 内古閑伸之，松崎由理，秋山泰

剛体アンサンブルドッキングによって得られた候補構造群における相互作用残基ペアの特徴の解析

刚体集成对接获得的候选结构中相互作用残基对的特征分析

• 发表时间: 2015
• 作者: 内古閑伸之，松崎由理，大上雅史;秋山泰
• 通讯作者: 秋山泰