Theoretical study on transition path search algorithms in complex biomolecular systems

复杂生物分子系统中转移路径搜索算法的理论研究

• 批准号: 16KT0054
• 负责人: TAKADA Shoji
• 金额: $ 11.9万
• 依托单位: Kyoto University
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research (B)
• 财政年份: 2016
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2016-07-19 至 2019-03-31
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-16KT0054/
• 关键词: 計算生物物理; 生体分子シミュレーション; 遷移経路探索; マルコフ状態モデル; マルコフ状態モデリング; ヌクレオソームスライディング; ストリング法

项目成果

細菌DNA複製開始複合体の近原子構造モデルと機能解析

细菌DNA复制起始复合物的近原子结构模型及功能分析

• 发表时间: 2016
• 作者: 清水将裕;野口泰徳;﨑山友香里;川上広宣;片山勉;高田彰二
• 通讯作者: 高田彰二

Flipping mechanisms of bacterial flippase Pg1K studied by all-atom and coarse grained simulations

通过全原子和粗粒度模拟研究细菌翻转酶 Pg1K 的翻转机制

• 发表时间: 2018
• 作者: Yutaka Murata;Toru Niina;Shoji Takad
• 通讯作者: Shoji Takad

Dynamics of nucleosomes and transcription factors studied by molecular simulations

通过分子模拟研究核小体和转录因子的动力学

• 发表时间: 2017
• 作者: Yamashita Takefumi;Okajima Ryo;Miyanabe Kazuhiro;Tsumoto Kouhei;Shoji Takada;蓮見 雄;Shoji Takada
• 通讯作者: Shoji Takada

転写開始前複合体PIC形成とDNA開裂の粗視化分子シミュレーション研究

转录前起始复合物PIC形成和DNA切割的粗粒度分子模拟研究

• 发表时间: 2018
• 作者: 篠元輝;清水将裕;久保進太郎;新稲亮;高田彰二
• 通讯作者: 高田彰二

Mesoscopic Molecular Simulation for Self-assembly of the Postsynaptic Density Proteins

突触后密度蛋白自组装的介观分子模拟

• 发表时间: 2018
• 作者: Slevin Ohama Hana;Ugarte Diego;Shoji Takada
• 通讯作者: Shoji Takada