Rechnergestützte phylogenetische Analyse großer genomischer Abschnitte

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(Wortlaut des Antrags)In diesem Projekt sollen effiziente computerbasierte Methoden zur phylogenetischen Analyse biologischer Sequenzen entwickelt werden. Hierbei wird auf dem in der ersten Förderperiode entwickelten Programm pPUZZLE, einer parallelen Implementierung des quartettbasierten PUZZLE Verfahrens zur Baumberechnung, aufgebaut. pPUZZLE ermöglicht die Analyse sehr großer Datensätze. Dies soll in Verbindung mit der im Projekt entwickelten 'sliding-window'-Technik zur Analyse von Rekombinationsereignissen in Virusgenomen eingesetzt werden. Die hierbei durchzuführende Stammbaumberechnung für viele Alignments führt auch zu einer neuen Art, unabhängige Alignments zur Rekonstruktion eines gemeinsamen Stammbaums zu nutzen. Wegen des großen Bedarfs an Analyse von Säugetiersequenzen sollen diese mit einer solchen neuen Methode vorrangig studiert werden. Alle in diesem Projekt entwickelten Methoden werden aber trotzdem universell einsetzbar sein, so daß sie zur Analyse anderer biologischer Organismen herangezogen werden können und im Rahmen der allgemein zugänglichen (p)PUZZLE Software verfügbar gemacht werden.