Rechnergestützte phylogenetische Analyse großer genomischer Abschnitte

大基因组切片的计算机辅助系统发育分析

• 批准号: 5100874
• 负责人: Professor Dr. Arndt von Haeseler
• 金额: --
• 依托单位: Center for Integrative Bioinformatics Vienna (CIBIV)
• 依托单位国家: 德国
• 项目类别: Research Grants
• 财政年份: 1998
• 资助国家: 德国
• 起止时间: 1997-12-31 至 2002-12-31
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://gepris.dfg.de/gepris/projekt/5100874?language=en
• 关键词: Rechnergest; tzte; phylogenetische; Analyse; gro

(Wortlaut des Antrags)In diesem Projekt sollen effiziente computerbasierte Methoden zur phylogenetischen Analyse biologischer Sequenzen entwickelt werden. Hierbei wird auf dem in der ersten Förderperiode entwickelten Programm pPUZZLE, einer parallelen Implementierung des quartettbasierten PUZZLE Verfahrens zur Baumberechnung, aufgebaut. pPUZZLE ermöglicht die Analyse sehr großer Datensätze. Dies soll in Verbindung mit der im Projekt entwickelten 'sliding-window'-Technik zur Analyse von Rekombinationsereignissen in Virusgenomen eingesetzt werden. Die hierbei durchzuführende Stammbaumberechnung für viele Alignments führt auch zu einer neuen Art, unabhängige Alignments zur Rekonstruktion eines gemeinsamen Stammbaums zu nutzen. Wegen des großen Bedarfs an Analyse von Säugetiersequenzen sollen diese mit einer solchen neuen Methode vorrangig studiert werden. Alle in diesem Projekt entwickelten Methoden werden aber trotzdem universell einsetzbar sein, so daß sie zur Analyse anderer biologischer Organismen herangezogen werden können und im Rahmen der allgemein zugänglichen (p)PUZZLE Software verfügbar gemacht werden.

在这个项目中，我们将采用有效的计算机方法进行遗传学分析和生物学测序韦尔登。在第一个Förderperiode中，我们将开发一个pPUZLE，一个并行实现的四层PUZLE Verfahrens zur Baumberechnung，aufgebaut。pPUZZLE ermöglicht die Analyse sehr greßer Datensätze. Dies soll in Verbindung mit der im Projekt entwickelten 'sliding-window'-Technik zur Analyse von Rekombinationsereignissen in Virus genomen eingesetzt韦尔登. Die hierbei durchzufübergde Stammbaumberechnung für viele Alignments führt auch zu einer neuen Art，unabhängige Alignments zur Rekonstruktion eines gemeinsamen Stammbaums zu nutzen.我们用一种新的方法研究了大贝达夫斯，并对它进行了分析，得出了韦尔登的结论。所有的项目都采用了通用的韦尔登，因此很容易分析和生物学有机体的遗传韦尔登，并在所有的遗传学（p）PUZZLE软件中使用韦尔登。