How fast can E. coli grow? - Investigating the efficiency limit of a proliferation system

大肠杆菌的生长速度有多快？

• 批准号: 20K20301
• 负责人: 北原 圭
• 金额: $ 12.65万
• 依托单位: Okayama University (2020)Hokkaido University (2017-2019)
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Challenging Research (Pioneering)
• 财政年份: 2017
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2017-06-30 至 2021-03-31
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-20K20301/
• 关键词: 自己増殖能; 倍加時間; バクテリア; 培養; 大腸菌; 増殖速度; リボソーム; 分子進化; バクテリアゲノム; 微生物; 細菌; バイオテクノロジー; 進化; 遺伝子; 増殖; 培地

代表者は、生物システムを非生物システムから区別する性質である「自己増殖能」を効率性の観点から徹底的に理解することを試みるために本研究を実施している。特に、生命（＝増殖）システムの本質を理解するためには、その化学的な最大効率を明らかにする必要があると考えた。究極的には２分とか３分とかで倍加するような生物を開発することを目指す研究を通じ、「最も生物らしいひとつのシステム」がどのように構築し得るのかについてアプローチしたいと考えている。今年度は昨年度に続き、申請書記載の研究計画を実施するとともに、異なる観点の研究項目も実施した。まず、自然界から増殖速度が大きい（倍加時間が短い）バクテリアを探索する技術を完成させ、複数の高速増殖（分離）株を入手することに成功した。これらの株の内いくつかについて、次世代シーケンサーを用いたゲノム解析を行った。ゲノムの大きさ（長さ）は増殖速度とは相関せず、因子Xと名付けた別の因子が増殖速度の高速化に寄与していることが推測された。今後の研究では、この仮説を検証するための研究を展開したいと考えている。また、本研究では大腸菌の増殖速度を最大限に高めることができる培養条件を既に構築しているが、こちらについても更なる条件検討を行うことにより効率的に大腸菌を増殖させる条件が明らかになってきた。また、培地添加物として培地中に導入すると効果的であるいくつかの成分を特定することができ、それらの添加量も最適化した。なお、バクテリアの増殖に対する律速となるのは、タンパク質合成装置リボソームの主成分であるリボソームRNA (rRNA)の数であることが古くから指摘されている。高速培養条件、あるいは高速増殖株で翻訳系にどのような変化が起きるのかについても併せて検討していく予定である。

Representatives は, biological シ ス テ ム を non-biological シ ス テ ム か ら difference す る nature で あ る "their rights can yield" を unseen willfulness の 観 point か ら thoroughly understand に す る こ と を try み る た め に を this research be applied し て い る. に, life (= good colonization) シ ス テ ム を understanding of nature of の す る た め に は, そ の chemical な maximum working rate を Ming ら か に す る necessary が あ る と exam え た. The ultimate に は 2 points と か 3 と か で doubly す る よ う な biological を open 発 す る こ と を refers す research を じ, "the most も biological ら し い ひ と つ の シ ス テ ム" が ど の よ う に build し must る の か に つ い て ア プ ロ ー チ し た い と exam え て い る. This year に続 last year に続 に続, the application form records the <s:1> research plan を implementation するとと <s:1> に に, the difference なる観 point <s:1> research project <s:1> implementation た. ま ず, nature か ら raised colonization rate が big き い (doubly が short い) バ ク テ リ ア を explore す を る technique さ せ, plural の high-speed rights colonization (separation) strains of を す る こ と に successful し た. こ れ ら の strains within の い く つ か に つ い て, next generation シ ー ケ ン サ ー を with い た ゲ ノ ム parsing line を っ た. ゲ ノ ム の big き さ (long さ) は raised colonization rate と は phase masato せ ず, factor X と pay け た don't の factor high speed speed の に send が raised colonization and し て い る こ と が speculation さ れ た. Future study で の は, こ の 仮 said を 検 card す る た め の study を started し た い と exam え て い る. ま た, this study で は coliform の raised yield high speed を most time に め る こ と が で き る culture conditions を に build both し て い る が, こ ち ら に つ い て も more な 検 る conditions for line を う こ と に よ り sharper rate に coliform を raised colonization さ せ る conditions が Ming ら か に な っ て き た. ま た, cultivated land additives と し て in petty に import す る と unseen fruited で あ る い く つ か の composition を specific す る こ と が で き, そ れ ら の optimal addition amount も し た. な お, バ ク テ リ ア の raised colonization に す seaborne る law speed と な る の は, タ ン パ ク qualitative synthesis device リ ボ ソ ー ム の principal component で あ る リ ボ ソ ー ム RNA (rRNA) の number で あ る こ と が ancient く か ら blame さ れ て い る. High-speed culture conditions, あ る い は high-speed raised yield strains で turn 訳 department に ど の よ う な variations change since が き る の か に つ い て も and せ て beg し 検 て い く designated で あ る.

项目成果

Complete Genome Sequence of Staphylococcus arlettae Strain P2, Isolated from a Laboratory Environment

• DOI: 10.1128/mra.00696-19
• 发表时间: 2019-11-01
• 期刊: MICROBIOLOGY RESOURCE ANNOUNCEMENTS
• 影响因子: 0.8
• 作者: Yu, Hiroki;Taniguchi, Makoto;Kitahara, Kei
• 通讯作者: Kitahara, Kei

What cultivation medium supports the fastest growth of Escherichia coli?

什么培养基支持大肠杆菌生长最快？

• 发表时间: 2018
• 作者: Yu Hiroki;Taniguchi Makoto;Uesaka Kazuma;Wiseschart Apirak;Pootanakit Kusol;Nishitani Yudai;Murakami Yota;Ishimori Koichiro;Miyazaki Kentaro;Kitahara Kei;Kei Kitahara
• 通讯作者: Kei Kitahara

Complete Genome Sequence of Vibrio rotiferianus Strain AM7

• DOI: 10.1128/mra.01591-19
• 发表时间: 2020-05
• 期刊: Microbiology Resource Announcements
• 影响因子: 0.8
• 作者: K. Miyazaki;Apirak Wiseschart;K. Pootanakit;Kei Kitahara