Charakterisierung der SAF-Box, einer evolutionär konservierten SAR-spezifischen DNA-Bindedomäne

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Unser Labor beschäftigt sich mit der Untersuchung von DNA-bindenden Proteinen, die sehr wahrscheinlich für die Architektur des Zellkerns von Bedeutung sind. Der Schwerpunkt der Arbeit liegt bei den von uns entdeckten und charakterisierten SAF-Proteinen (SAF=Scaffold Attachment Factors), die spezifisch an SAR-DNA (SAR=Scaffold Associated Region) binden. Die beiden von uns untersuchten Proteine SAF-A und SAF-B sind in ihrer Primärstruktur nicht miteinander verwandt, enthalten jedoch in ihren aminoterminalen Abschnitten einen kurzen homologen Bereich. Wie wir inzwischen zeigen konnten, ist dieser Bereich für SAR-spezifische Bindung an DNA verantwortlich. Die Domäne, hier als SAF-Box bezeichnet, findet sich in mindestens 10 weiteren Proteinen von der Hefe bis zum Menschen. Damit ist die SAF-Box die erste bekannte SAR-Bindedomäne, die evolutionär konserviert bei allen Eukaryoten vorkommt, bei denen man auch SAR-DNA Bindungsaktivität gefunden hat. Die SAF-Box zeigt keine Sequenzhomologien zu bekannten DNA-bindenden Domänen. Ziel des hier beantragten Projekts ist eine detaillierte molekulare Charakterisierung der neuentdeckten Domäne, um die Wechselwirkung von SAR-DNA mit den entsprechenden Bindeproteinen besser zu verstehen.