高感度プロテオーム解析手法を用いた細胞初期化におけるタンパク質動態の解明

使用高灵敏度蛋白质组分析方法阐明细胞重编程过程中的蛋白质动力学

• 批准号: 13J02403
• 负责人: 岩崎 未央
• 金额: $ 2.53万
• 依托单位: Kyoto University
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for JSPS Fellows
• 财政年份: 2013
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2013-04-01 至 2016-03-31
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-13J02403/
• 关键词: 遺伝子転写後制御; nanoLC-MS/MS; プロテオミクス; プロテオーム解析; iPS細胞; 機能解析; モノリス型カラム; LC-MS/MS; Proteomics; iPS cell; Monolithic column; LC-MS/NS

これまで、本研究者は少ない試料から短時間で網羅的なプロテオーム解析を行うことができる解析手法の開発を行ってきた。昨年度までに、iPS細胞とヒト線維芽細胞（HDF）を試料として用い、ナノ液体クロマトグラフィー-質量分析計(nanoLC-MS/MS)によるプロテオーム解析を行った結果、約10,000遺伝子を同定・定量した。得られたタンパク量とマイクロアレイから得られた転写産物量を比較したところ、HDFと比較してiPS細胞には転写量比は小さくてもタンパク量比が大きい、転写後制御を受けていると考えられる遺伝子群が約800個存在することがわかった。それらの遺伝子群にどのような機能が濃縮されているかを調べたところ、RNA結合タンパク質やヒストン結合タンパク質が有意に濃縮されていた。さらに、iPS細胞における機能を調べるため、high throughput screeningシステムを用いてsiRNAによる約800個の遺伝子ノックダウン実験を行った。その結果、約60%（335個）の遺伝子はノックダウンしてもiPS細胞上での形態変化や増殖能の低下は見られなかった。一方で、約40%(293個)の遺伝子はノックダウンすると細胞のコロニー密度が減少し、iPS細胞の生存に影響がある可能性が示唆された。現在はこれらの遺伝子についてsiRNA実験の確認など詳細な検討を行っており、H28年度内には論文を投稿予定である。

こ れ ま で, less the researchers は な い sample か ら short time で snare な プ ロ テ オ ー ム parsing line を う こ と が で き る parsing technique の open 発 を line っ て き た. Yesterday annual ま で に, iPS cells と ヒ ト line d bud cells (HDF) を sample と し て い, ナ ノ liquid ク ロ マ ト グ ラ フ ィ ー - quality analyzer (nanoLC - MS/MS) に よ る プ ロ テ オ ー ム parsing line を っ た results, about 10000 but 伝 を with fixed, quantitative し た. Amount to ら れ た タ ン パ ク と マ イ ク ロ ア レ イ か ら have ら れ た planning write quantity を compared し た と こ ろ, HDF と comparison し て iPS cells に は planning write quantity is smaller than は さ く て も タ ン パ ク amount is bigger than が き い, planning to write after the royal を by け て い る と exam え ら れ る heritage 伝 subgroup が about 800 existing す る こ と が わ か っ た. そ れ ら の heritage 伝 subgroup に ど の よ う な function が enrichment さ れ て い る か を adjustable べ た と こ ろ, RNA combined タ ン パ ク qualitative や ヒ ス ト ン combining タ ン パ ク qualitative が intentionally に enrichment さ れ て い た. さ ら に, iPS cells に お け る function を adjustable べ る た め, high throughput screening シ ス テ ム を with い て siRNA に よ る about 800 の heritage 伝 son ノ ッ ク ダ ウ ン be 験 を line っ た. そ の results, about 60% (335) の posthumous son 伝 は ノ ッ ク ダ ウ ン し て も iPS cells で の morphology variations や raised colonization can see low の は ら れ な か っ た. Side で, about 40% (293) の heritage 伝 son は ノ ッ ク ダ ウ ン す る と cells の コ ロ ニ ー density が の し, iPS cells survive に influence が あ が る possibility in stopping さ れ た. Now は こ れ ら の posthumous son 伝 に つ い て siRNA be 験 の confirm な ど detailed な 検 line for を っ て お り, H28 year に は paper contribute を designated で あ る.

项目成果

Researchmap

研究地图

メートル長キャピラリーカラムを用いる高深度プロテオーム解析システムに関する研究

米长毛细管柱深度蛋白质组分析系统研究

• 发表时间: 2013
• 作者: 岩崎未央;中川誠人;石濱泰;山中伸弥;藤本大士;岩崎未央
• 通讯作者: 岩崎未央

Challenges Facing Complete Human Proteome Analysis

完整的人类蛋白质组分析面临的挑战

• DOI: 10.15583/jpchrom.2014.013
• 发表时间: 2014
• 期刊: CHROMATOGRAPHY
• 影响因子: 1.7
• 作者: Mio Iwasaki;Yasushi Ishihama
• 通讯作者: Yasushi Ishihama

京都大学iPS細胞研究所ホームページ

京都大学iPS细胞研究所主页

A multi-omic analysis of human naïve CD4+ T cells.

• DOI: 10.1186/s12918-015-0225-4
• 发表时间: 2015-11-06
• 期刊: BMC systems biology
• 作者: Mitchell CJ;Getnet D;Kim MS;Manda SS;Kumar P;Huang TC;Pinto SM;Nirujogi RS;Iwasaki M;Shaw PG;Wu X;Zhong J;Chaerkady R;Marimuthu A;Muthusamy B;Sahasrabuddhe NA;Raju R;Bowman C;Danilova L;Cutler J;Kelkar DS;Drake CG;Prasad TS;Marchionni L;Murakami PN;Scott AF;Shi L;Thierry-Mieg J;Thierry-Mieg D;Irizarry R;Cope L;Ishihama Y;Wang C;Gowda H;Pandey A
• 通讯作者: Pandey A