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ダイコン自然集団におけるS対立遺伝子の新規同定を踏まえたその多様性維持機構の解明

基于日本萝卜自然群体中S等位基因的新鉴定阐明多样性维持机制

基本信息

批准号：
22KJ0299
负责人：
福島和紀
金额：
$ 1.6万
依托单位：
Tohoku University
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for JSPS Fellows
财政年份：
2023
资助国家：
日本
起止时间：
2023-03-08 至 2025-03-31
项目状态：
未结题

来源：
https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-22KJ0299/
关键词：
自家不和合性ハマダイコン S対立遺伝子

项目摘要

既知のプライマーセットによってSRKの増幅が起こらず、S対立遺伝子の同定が不可能であったハマダイコン個体について、ナノポアシーケンサーによるゲノム配列の決定を行なった。既知のSRKの塩基配列を用いたBLASTにより、同定不可能であったSRKの領域を見つけ、塩基配列を決定した。SRKの塩基配列をマルチプルアライメントによって比較すると、既知のプライマーセットで増幅できなかった原因は、リバースプライマーの設計領域に存在した数塩基のミスマッチであることが考えられた。これを修正したプライマーを用いることで、SRKの増幅が改善された。また、class-IIに属するSRKについては、別の遺伝子であるSRK-like遺伝子が同時に増幅されることで、SRKの同定に問題が生じていた。同様にナノポアで決定したゲノム配列からSRK-like遺伝子の配列を見つけ、SRKとの比較からプライマーを再設計することでSRK-like遺伝子の増幅を抑えることができ、この問題は解決された。また、石川県南加賀地方のハマダイコン集団に応用した解析では、新しく設計したプライマーセットの有効性が確認でき、採取地点ごとのS対立遺伝子構成の比較にまで発展させることができた。自然集団における交配のメカニズムを理解するには、受粉後に生じる反応の分子メカニズムの解明も重要であることから、シロイヌナズナを用いた花粉吸水時のライブイメージング系を立ち上げた。花粉吸水に重要であると考えられる乳頭細胞内の液胞膜を可視化し、受粉前後の動態の比較を行なった。

It is known that のプライマーセットによってSRKのincreasing width がrise こらず、S対立伝子の同determined がimpossibleであったハマダイコン Individual について, ナノポアシーケンサーによるゲノムmatching のdetermination を行なった. It is known that the base arrangement of SRK can be used by BLAST, and it is impossible to determine the same as the field of SRK, and the base arrangement of SRK can be determined. SRK's base arrangement をマルチプルアライメントによって comparison すると, known のプライマーセットでincreased width できなかったreason は、リバースプライマーのDesign field に Existence したnumber塩记のミスマッチであることが考えられた.これをCorrection したプライマーを Use いることで, SRK のincrease が Improve された.また, class-II genus するSRK については, don't leave 伝子であるSRK- Like the same time as the remaining child, the widening of the width, SRK's same problem, the birth of the problem.同様ににノポアでdeterminationしたゲノムmatched SRK-like 伝子の配arrayを见つけ、SRKとのComparisonからプライマーをredesignすることでSRK-like 伝子のincreased width を suppressed えることができ、このproblemはsolvedされた.また、Ishikawa Prefecture Minami Kaga local のハマダイコン集団に応用したanalytics では、新しくDesign したプライマーセットのvalidityがconfirmationでき、take placeごとのS対立伝子 Structure Comparison にまで発开させることができた. Natural collection of mating のメカニズムを understanding するには, pollenization に生じるreaction のmolecule メカニズムの解明It is important to use pollen to absorb water when using pollen to absorb water. The importance of water absorption by pollen can be examined by visualizing the tonoplast membrane inside the papilla cells and comparing the dynamics before and after pollination.