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ダイコン自然集団におけるS対立遺伝子の新規同定を踏まえたその多様性維持機構の解明

基于日本萝卜自然群体中S等位基因的新鉴定阐明多样性维持机制

基本信息

批准号：
22KJ0299
负责人：
福島和紀
金额：
$ 1.6万
依托单位：
Tohoku University
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for JSPS Fellows
财政年份：
2023
资助国家：
日本
起止时间：
2023-03-08 至 2025-03-31
项目状态：
未结题

来源：
https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-22KJ0299/
关键词：
自家不和合性ハマダイコン S対立遺伝子

项目摘要

既知のプライマーセットによってSRKの増幅が起こらず、S対立遺伝子の同定が不可能であったハマダイコン個体について、ナノポアシーケンサーによるゲノム配列の決定を行なった。既知のSRKの塩基配列を用いたBLASTにより、同定不可能であったSRKの領域を見つけ、塩基配列を決定した。SRKの塩基配列をマルチプルアライメントによって比較すると、既知のプライマーセットで増幅できなかった原因は、リバースプライマーの設計領域に存在した数塩基のミスマッチであることが考えられた。これを修正したプライマーを用いることで、SRKの増幅が改善された。また、class-IIに属するSRKについては、別の遺伝子であるSRK-like遺伝子が同時に増幅されることで、SRKの同定に問題が生じていた。同様にナノポアで決定したゲノム配列からSRK-like遺伝子の配列を見つけ、SRKとの比較からプライマーを再設計することでSRK-like遺伝子の増幅を抑えることができ、この問題は解決された。また、石川県南加賀地方のハマダイコン集団に応用した解析では、新しく設計したプライマーセットの有効性が確認でき、採取地点ごとのS対立遺伝子構成の比較にまで発展させることができた。自然集団における交配のメカニズムを理解するには、受粉後に生じる反応の分子メカニズムの解明も重要であることから、シロイヌナズナを用いた花粉吸水時のライブイメージング系を立ち上げた。花粉吸水に重要であると考えられる乳頭細胞内の液胞膜を可視化し、受粉前後の動態の比較を行なった。

It is known that it is not possible to determine the size of the SRK and determine that it is not possible to determine the size of the column. It is known that the SRK column uses the BLAST column, but it is not possible to determine the SRK field column and the base column. The SRK system is based on the number of data available in the field of design, such as the number of data in the field of design, the number of data in the field of design, and the number of data in the design field. Please correct the data and use the SRK to improve the size of the image. If you want to check the number of SRK messages, please do not check the SRK-like message. At the same time, you will need to send a message to each other. If you have the same problem, you will find that the SRK is the same. In the same way, you have decided that you need to configure your SRK-like address. You can use your SRK to compare your data, and then you need to design your SRK-like device to reduce the size of the device and solve the problem. There is a confirmation that there are some information available in the local information collection in southern Ishikawa and Ishikawa. The new device is designed to confirm that the location is not available. Natural mating devices are used to understand the importance of pollination. After pollination, the molecules are used to understand the importance of pollination. The importance of pollen water absorption is very important. The cytosol membrane can be changed in milk cells, and the dynamic state is compared before and after pollination.