ダイコン自然集団におけるS対立遺伝子の新規同定を踏まえたその多様性維持機構の解明

既知のプライマーセットによってSRKの増幅が起こらず、S対立遺伝子の同定が不可能であったハマダイコン個体について、ナノポアシーケンサーによるゲノム配列の決定を行なった。既知のSRKの塩基配列を用いたBLASTにより、同定不可能であったSRKの領域を見つけ、塩基配列を決定した。SRKの塩基配列をマルチプルアライメントによって比較すると、既知のプライマーセットで増幅できなかった原因は、リバースプライマーの設計領域に存在した数塩基のミスマッチであることが考えられた。これを修正したプライマーを用いることで、SRKの増幅が改善された。また、class-IIに属するSRKについては、別の遺伝子であるSRK-like遺伝子が同時に増幅されることで、SRKの同定に問題が生じていた。同様にナノポアで決定したゲノム配列からSRK-like遺伝子の配列を見つけ、SRKとの比較からプライマーを再設計することでSRK-like遺伝子の増幅を抑えることができ、この問題は解決された。また、石川県南加賀地方のハマダイコン集団に応用した解析では、新しく設計したプライマーセットの有効性が確認でき、採取地点ごとのS対立遺伝子構成の比較にまで発展させることができた。自然集団における交配のメカニズムを理解するには、受粉後に生じる反応の分子メカニズムの解明も重要であることから、シロイヌナズナを用いた花粉吸水時のライブイメージング系を立ち上げた。花粉吸水に重要であると考えられる乳頭細胞内の液胞膜を可視化し、受粉前後の動態の比較を行なった。

既知のプライマーセットによってSRKの増幅が起こらず、S対立遺伝子の同定が不可能であったハマダイコン個体について、ナノポアシーケンサーによるゲノム配列の決定を行なった。既知のSRKの塩基配列を用いたBLASTにより、同定不可能であったSRKの領域を見つけ、塩基配列を決定した。SRKの塩基配列をマルチプルアライメントによって比較すると、既知のプライマーセットで増幅できなかった原因は、リバースプライマーの設計領域に存在した数塩基のミスマッチであることが考えられた。これを修正したプライマーを用いることで、SRKの増幅が改善された。また、class-IIに属するSRKについては、別の遺伝子であるSRK-like遺伝子が同時に増幅されることで、SRKの同定に問題が生じていた。同様にナノポアで決定したゲノム配列からSRK-like遺伝子の配列を見つけ、SRKとの比較からプライマーを再設計することでSRK-like遺伝子の増幅を抑えることができ、この問題は解決された。また、石川県南加賀地方のハマダイコン集団に応用した解析では、新しく設計したプライマーセットの有効性が確認でき、採取地点ごとのS対立遺伝子構成の比較にまで発展させることができた。自然集団における交配のメカニズムを理解するには、受粉後に生じる反応の分子メカニズムの解明も重要であることから、シロイヌナズナを用いた花粉吸水時のライブイメージング系を立ち上げた。花粉吸水に重要であると考えられる乳頭細胞内の液胞膜を可視化し、受粉前後の動態の比較を行なった。