Genetic basis of allopatric differentiation in the seas around Japan: population genomics based on multiple hybridization zones

日本周边海域异源分化的遗传基础：基于多个杂交区的群体基因组学

• 批准号: 22KJ0876
• 负责人: 加藤 柊也
• 金额: $ 1.09万
• 依托单位: The University of Tokyo
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for JSPS Fellows
• 财政年份: 2023
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2023-03-08 至 2024-03-31
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-22KJ0876/
• 关键词: 交雑帯; 集団ゲノミクス; 異所的分化; アゴハゼ; 遺伝子浸透; 絶滅系統; introgression landscape; 二次的接触帯

海洋は物流的障壁に乏しいにもかかわらず、過去の隔離により異所的な分化を遂げた海洋生物が現在でも多く維持されている。本研究では、こうした異所的分化を維持するゲノム基盤を探索するために、分化した系統間の交雑が複数回生じたアゴハゼを対象とした集団ゲノミクス解析を行っている。本年度は、瀬戸内海沿岸に形成されたアゴハゼ日本海系統と太平洋系統の交雑帯について網羅的なサンプリングを行い、当該サンプル200個体以上のlow coverage全ゲノムリシーケンスを行った。その結果、山口県宇部市周辺から防府市にかけて急峻な交雑クラインが形成されていること、各集団はわずか10km単位の距離で互いに遺伝的に分化していることが判明した。現在、この交雑帯サンプルについてクライン解析を行うことで、系統間の融合が妨げられている領域を全ゲノムレベルで探索している。また、アゴハゼ第3の種内系統である東シナ海系統についてもゲノム解析を進めた。デモグラフィックモデリング解析の結果、太平洋系統から古くに分岐した絶滅系統が日本海系統と十万年以上前に交雑したことで東シナ海系統が形成されたというシナリオが支持された。この東シナ海系統において絶滅系統が受け継がれた領域と受け継がれなかった領域(introgression landscape)の特徴を観察したところ、絶滅系統が受け継がれなかったゲノム領域は機能的に重要な領域や低組み換え領域に富んでいるなどの特徴が判明した。これらの結果は、絶滅系統の遺伝子浸透を防いだ選択圧が存在したことを示唆している。さらに、本年度にはアゴハゼの飼育下での人工繁殖に成功し、初めての系統間交配にも成功した。したがって、交雑帯・古代の交雑に起因する東シナ海系統・人工交配といった様々なスケールでの交雑研究をアゴハゼについて展開する基盤を本年度に整えることができたと考えている。

Marine は logistics barrier に spent し い に も か か わ ら ず, past の isolation に よ り な differentiation by different を hence げ た Marine biological が now で も く maintain more さ れ て い る. This study で は, こ う し た different differentiation を persist す る ゲ ノ ム base plate を explore す る た め に, differentiation し た system between の pay 雑 が plural anabiosis じ た ア ゴ ハ ゼ を like と seaborne し た set 団 ゲ ノ ミ ク ス parsing line を っ て い る. This year は and neo-ichinose opens the inland sea coast に form さ れ た ア ゴ ハ ゼ と Pacific sea system の pay 雑 帯 に つ い て snare of な サ ン プ リ ン グ を い, when the サ ン プ ル over 200 individual の low coverage all ゲ ノ ム リ シ ー ケ ン ス を line っ た. そ の results, yamaguchi 県 ube city week 辺 か ら the mansion city に か け て urgent topped な pay 雑 ク ラ イ ン が form さ れ て い る こ と, each set 団 は わ ず か 10 km 単 a の distance で mutual い に but 伝 に differentiation し て い る こ と が.at し た. Now, こ の pay 雑 帯 サ ン プ ル に つ い て ク ラ イ ン parsing line を う こ と で, system の fusion between が hinder げ ら れ て い を る field full ゲ ノ ム レ ベ ル で explore し て い る. ま た, ア ゴ ハ ゼ の 3 kinds of system within で あ る east シ ナ sea system に つ い て も ゲ ノ ム parsing を into め た. デ モ グ ラ フ ィ ッ ク モ デ リ ン グ parsing の results, Pacific system か ら ancient く に branching し た extinction system が the sea of Japan と に before more than one hundred thousand 雑 し た こ と で east シ ナ sea system が さ れ た と い う シ ナ リ オ が support さ れ た. こ の east シ ナ sea system に お い て extinction system が け 継 が れ と た field by け 継 が れ な か っ た areas (introgression Landscape) の 徴 を 観 examine し た と こ ろ, extinction system が け 継 が れ な か っ た ゲ ノ ム は function in the field of important な に areas み や low group in え に rich ん で い る な ど の, 徴 が.at し た. こ れ ら の results は, extinction system の heritage 伝 child soak を anti い だ sentaku 圧 が exist し た こ と を in stopping し て い る. Youdaoplaceholder0, in this year, the artificial breeding of で <e:1> under the care of に アゴハゼ アゴハゼ アゴハゼ アゴハゼ <s:1> was successful に, and the initial intersystem mating of めて <e:1> was successful に た. し た が っ て, 雑 帯 · ancient の pay 雑 に cause す る east シ ナ sea system, artificial mating と い っ た others 々 な ス ケ ー ル で の pay 雑 research を ア ゴ ハ ゼ に つ い て expand す る base plate を に this year the whole え る こ と が で き た と exam え て い る.

项目成果

アゴハゼ東シナ海系統ゲノムを形作るゴースト系統由来領域

形成虾虎鱼东海谱系基因组的幽灵谱系衍生区域

• 发表时间: 2022
• 作者: 加藤 柊也;新垣 誠司;永野 惇;菊池 潔;平瀬 祥太朗
• 通讯作者: 平瀬 祥太朗