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Genetic basis of allopatric differentiation in the seas around Japan: population genomics based on multiple hybridization zones

日本周边海域异源分化的遗传基础：基于多个杂交区的群体基因组学

基本信息

批准号：
22KJ0876
负责人：
加藤柊也
金额：
$ 1.09万
依托单位：
The University of Tokyo
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for JSPS Fellows
财政年份：
2023
资助国家：
日本
起止时间：
2023-03-08 至 2024-03-31
项目状态：
已结题

项目摘要

海洋は物流的障壁に乏しいにもかかわらず、過去の隔離により異所的な分化を遂げた海洋生物が現在でも多く維持されている。本研究では、こうした異所的分化を維持するゲノム基盤を探索するために、分化した系統間の交雑が複数回生じたアゴハゼを対象とした集団ゲノミクス解析を行っている。本年度は、瀬戸内海沿岸に形成されたアゴハゼ日本海系統と太平洋系統の交雑帯について網羅的なサンプリングを行い、当該サンプル200個体以上のlow coverage全ゲノムリシーケンスを行った。その結果、山口県宇部市周辺から防府市にかけて急峻な交雑クラインが形成されていること、各集団はわずか10km単位の距離で互いに遺伝的に分化していることが判明した。現在、この交雑帯サンプルについてクライン解析を行うことで、系統間の融合が妨げられている領域を全ゲノムレベルで探索している。また、アゴハゼ第3の種内系統である東シナ海系統についてもゲノム解析を進めた。デモグラフィックモデリング解析の結果、太平洋系統から古くに分岐した絶滅系統が日本海系統と十万年以上前に交雑したことで東シナ海系統が形成されたというシナリオが支持された。この東シナ海系統において絶滅系統が受け継がれた領域と受け継がれなかった領域(introgression landscape)の特徴を観察したところ、絶滅系統が受け継がれなかったゲノム領域は機能的に重要な領域や低組み換え領域に富んでいるなどの特徴が判明した。これらの結果は、絶滅系統の遺伝子浸透を防いだ選択圧が存在したことを示唆している。さらに、本年度にはアゴハゼの飼育下での人工繁殖に成功し、初めての系統間交配にも成功した。したがって、交雑帯・古代の交雑に起因する東シナ海系統・人工交配といった様々なスケールでの交雑研究をアゴハゼについて展開する基盤を本年度に整えることができたと考えている。

There is a lack of barriers to marine logistics, and the differentiation of marine life in the past quarantined places has led to the maintenance of marine life. The purpose of this study is to maintain the differentiation of the hospital in this study, to explore the basis for the exploration of the system, to generate the complex data between the two systems, and to analyze the cluster data. This year, the coastal area along the inland coast of Japan will form a global economic network for the Japanese maritime system, the Pacific system, and the Pacific system. This year, more than 200 bodies will be covered by the low coverage. The results show that the Yamaguchi city, Yubu city, Yamaguchi city, Fangfu city, Yamaguchi city At present, it is not necessary for the analysis of the financial system and the integration of the system to facilitate the exploration of the global financial system in the field. In the third century, the analysis and analysis of the sea system and the marine system has been carried out. The Pacific system, the Pacific system, the Japanese Marine system, the Japanese Marine system, the Pacific system, the Pacific system, the Japanese Marine system, the Pacific system, the The system of the marine system is affected by the sea system. The field of the system (introgression landscape) is specially monitored. The system of the system is affected by the important domain of the system, the low group of the field of security, the rich group of the system, and the machine of the field. The results of the test results and the penetration of the system system crash prevention subsystems show that there is an instigation of failure in the election of the health check. The success of artificial breeding and intersystematic mating in early childhood has been successfully developed this year. The cause of intercourse in ancient times was due to the artificial mating of the marine system. The study of intercourse was carried out in the first half of this year.