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Genetic basis of allopatric differentiation in the seas around Japan: population genomics based on multiple hybridization zones

日本周边海域异源分化的遗传基础：基于多个杂交区的群体基因组学

基本信息

批准号：
22KJ0876
负责人：
加藤柊也
金额：
$ 1.09万
依托单位：
The University of Tokyo
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for JSPS Fellows
财政年份：
2023
资助国家：
日本
起止时间：
2023-03-08 至 2024-03-31
项目状态：
已结题

项目摘要

海洋は物流的障壁に乏しいにもかかわらず、過去の隔離により異所的な分化を遂げた海洋生物が現在でも多く維持されている。本研究では、こうした異所的分化を維持するゲノム基盤を探索するために、分化した系統間の交雑が複数回生じたアゴハゼを対象とした集団ゲノミクス解析を行っている。本年度は、瀬戸内海沿岸に形成されたアゴハゼ日本海系統と太平洋系統の交雑帯について網羅的なサンプリングを行い、当該サンプル200個体以上のlow coverage全ゲノムリシーケンスを行った。その結果、山口県宇部市周辺から防府市にかけて急峻な交雑クラインが形成されていること、各集団はわずか10km単位の距離で互いに遺伝的に分化していることが判明した。現在、この交雑帯サンプルについてクライン解析を行うことで、系統間の融合が妨げられている領域を全ゲノムレベルで探索している。また、アゴハゼ第3の種内系統である東シナ海系統についてもゲノム解析を進めた。デモグラフィックモデリング解析の結果、太平洋系統から古くに分岐した絶滅系統が日本海系統と十万年以上前に交雑したことで東シナ海系統が形成されたというシナリオが支持された。この東シナ海系統において絶滅系統が受け継がれた領域と受け継がれなかった領域(introgression landscape)の特徴を観察したところ、絶滅系統が受け継がれなかったゲノム領域は機能的に重要な領域や低組み換え領域に富んでいるなどの特徴が判明した。これらの結果は、絶滅系統の遺伝子浸透を防いだ選択圧が存在したことを示唆している。さらに、本年度にはアゴハゼの飼育下での人工繁殖に成功し、初めての系統間交配にも成功した。したがって、交雑帯・古代の交雑に起因する東シナ海系統・人工交配といった様々なスケールでの交雑研究をアゴハゼについて展開する基盤を本年度に整えることができたと考えている。

The barriers of ocean logistics are insufficient, the past is isolated, the differentiation of different places is maintained, and the present is maintained. In this study, the differentiation of the system is maintained, and the differentiation of the system is maintained. This year, the coastal areas of Japan and the Pacific Ocean will form a network of low-coverage projects with a total coverage of more than 200 units. As a result, the city of Yamaguchi Ube is surrounded by the city of Fukuoka, and the city of Fukuoka is surrounded by the city of Fukuoka. The city of Fukuoka is surrounded by the city of Fukuoka. Now, this cross-section of information analysis, integration between systems, and other areas of information should be fully explored. The third intraspecific system was analyzed. As a result of the analysis, the Pacific Ocean System has been divided into ancient and extinct systems, and the Sea of Japan System has been formed more than 100 thousand years ago. The characteristics of the introgression landscape are observed in the eastern and extinct systems, and the characteristics of the introgression landscape are identified in the important domain of the function of the introgression landscape. The result of this is that the extinction system has been selected to prevent the infiltration of electrons into the system. This year, we have successfully bred and interbred in our breeding system. This year's survey is conducted on the basis of the study of the causes of ancient cross-breeding in the East Sea System and artificial cross-breeding.