Modeling and simulation of RNA degradation with particular consideration of RNA secondary structure and gene expression

RNA 降解的建模和模拟，特别考虑 RNA 二级结构和基因表达

• 批准号: 5240150
• 负责人: Professor Dr.-Ing. Matthias Reuss
• 金额: --
• 依托单位: Institut für Bioverfahrenstechnik (IBVT)
• 依托单位国家: 德国
• 项目类别: Research Grants
• 财政年份: 2000
• 资助国家: 德国
• 起止时间: 1999-12-31 至 2002-12-31
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://gepris.dfg.de/gepris/projekt/5240150?language=en
• 关键词: Modeling; simulation; RNA; degradation; particular

Die rasch voranschreitenden Entwicklungen auf den Gebieten der Bioanalytik (zunehmend effiziente Verfahren der DNA-Sequenzierung) und Bioinformatik (exponentielles Wachstum von Datenbanken mit molekularbiologischen Kenndaten des Genoms, Transkriptoms, Proteoms und Metaboloms) bieten eine immense Datenfülle. Quantität und Qualität der Werkzeuge für die dynamische Modellierung biologischer Systeme können mit dem Tempo der Datenerfassung schon längst nicht mehr Schritt halten. Für eine zukunftsorientierte und zielgerichtete Nutzung dieser Datenbanken im Sinne des Metabolic Engineering soll im geplanten Projekt der lineare Informationsgehalt biologischer Sequenzen für die Beschreibung nichtlinearer zellulärer Vorgänge nutzbar gemacht werden. Hierzu bedarf es des Entwurfes neuer Modellierungswerkzeuge, die die Berücksichtigung der Sequenzdaten in hierfür geeigneten Modellbausteinen der Transkription und Translation ermöglichen. Der Schwerpunkt des beantragten Projekts liegt auf der Modellierung des mRNA-Abbaus in Abhängigkeit der Sekundärstruktur der mRNA und im Verbund mit der Genexpression. Für die Modellbildung sind geeignete reaktionskinetische Ansätze zu entwerfen, die den spezifischen strukturellen Eigenschaften des differentiellen mRNA-Abbaus gerecht werden Die Modelle sollen mit Hilfe von experimentellen Beobachtungen verifiziert werden.

生物分析（DNA测序）和生物信息学（包括基因组、转录组、蛋白质组和代谢组的分子生物学数据库的数据量）的快速发展带来了巨大的数据量。Quantität und Qualität der Werkzeuge für die dynamische Modellierung biologischer Systeme können mit dem克里思der Datenerfasung schon längst梅尔Schritt halten. Für eine zukunftsorientierte und zielgerichtete Nutzung dieser Datenbanken im Sinne des Metabolic Engineering soll im geplanten Projekt der lineare Informationgehalt biologischer Sequenzen für die Beschreibung nichtlinearer zellulärer Vorgänge nutzbar gemacht韦尔登。Hierzu bedarf es des Entwurfes neuer Modellierungswerkzeuge，die Berücksichtigung der Sequenzdaten in hierfür geeigneten Modelbausteinen der Transkription und Translation ermöglichen. Der Schwerpunkt des beantragten Projekts liegt auf der Modellierung des mRNA-Abbaus in Abhängigkeit der Sekundärstruktur der mRNA and im Verbund mit der Genexpression.为了使模型的建立成为一个非常重要的反应机制，需要对差异mRNA-Abbaus的特异性结构特征进行研究。