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PCR法を用いた土壌中の硝酸化成微生物の生態学的研究

PCR法对土壤硝化微生物的生态学研究

基本信息

批准号：
06760061
负责人：
横山和平
金额：
$ 0.64万
依托单位：
Kagawa University
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Encouragement of Young Scientists (A)
财政年份：
1994
资助国家：
日本
起止时间：
1994 至无数据
项目状态：
已结题

项目摘要

アンモニアモノオキシゲナーゼ遺伝子(amo)を持つ、Nitrosomonas europaea、Nitrosolobus multiformis、対照としてメタン酸化菌Methylococcus capslatus(Bath)、亜硝酸生成能を持つ従属栄養細菌Bacillus subtilis、Pseudomonas aeruginosa、及び土壌から単離した細菌(未同定)2株、放線菌(未同定)1株、亜硝酸酸化菌Nitrobacter winogradskyとNitrococcus mobilisを供した。土壌から抽出・精製したDNAについても検討した。PCRに用いたプライマーは、N.europaeaのamoを基に、センス側をamoA前半とし、アンチセンスをamoA後半とamoB前半とした2組を用いた。PCRの結果、N.europaeaからは、amoAからamoBにまたがる領域(852bp)を標的としたときに、。1Kbpと1.5Kbpの増幅産物が得られた。amoA内を標的とした場合には、890bp〜2.5Kbpまでの6本の増幅産物が得られた。増幅産物はドットブロットで陽性だったが、サザンハイブリダイゼーションでは、安定した結果が得られず、目的領域を含むバンドは特定できなかった。N.europaea以外からは増幅産物が得られなかった。土壌から抽出・精製したDNAを鋳型としてPCRしたところ、比較的亜硝酸生成能の高い土壌からN.europaeaと同様に1Kbpの増幅産物を得た。今後は、N.europaeaと土壌から得た1Kbpの増幅産物のクローニングとシークエンスを行う予定である。以上より、amoを標的として、土壌中のN.europaeaを選択的に検出できる可能性が見いだされた。今後、他のアンモニア酸化菌やメタン酸化菌をモノオキシゲナーゼ遺伝子を標的として検出するためには、N.europaea以外のamoの塩基配列を明らかにし、保存領域や変異領域を特定することが必要である。

2 strains of Bacillus subtilis, Pseudomonas aerogenosa, and Pseudomonas spp.(unidentified), 1 strain of actinomycete (unidentified), and 2 strains of Nitrobacter winogradsky and Nitrococcus mobilis were used for the production of nitric acid. DNA extraction and purification The first half of amoA and the second half of amoB are used in PCR. PCR results, N.europaea, amoA 1Kbp and 1.5 Kbp amplitude-increasing products were obtained. In the case of amoA internal targets, 6 amplitude-amplified products from 890bp to 2.5 Kbp were obtained. The results of this study are as follows: N.europaea outside The DNA was extracted and purified, and the PCR products were amplified by 1Kbp. In the future, N.europaea will be able to obtain 1Kbp of amplification products. The possibility of selecting N.europaea as the target of the above is discussed. In the future, it is necessary to specify the distribution of amino acids other than N.europaea and to preserve them in different fields.