ハードウェア構成に柔軟に適応する資源管理機能を備えた並列プログラミング環境の開発
ハードウェア構成に柔軟に適応する資源管理機能を備えた並列プログラミング環境の開発
批准号:
10139208
负责人:
清水 謙多郎
金额:
$0.96万
依托单位:
依托单位国家:
日本
项目类别:
Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas (A)
财政年份:
1998
资助国家:
日本
项目状态:
已结题
起止时间:
1998 至 --
中文摘要
大規模並列・分散システムにおいて、基盤となるハードウェア構成およびアプリケーションに柔軟に適応できる資源管理機能を備えた並列プログラミング環境を構築した。本システムは、利用者が、アプリケーションプログラムを並列処理可能な部分問題に分割し、それぞれをタスクとして定義するとともに、タスク間の依存関係もあわせて指定する。システムはこの指定をもとに、プロセッサの割当て(スケジューリング)を行う。タスクの定義は、物理的なハードウェア構成とは独立であり、また、タスク間の通信も、実行時にプロセッサ間の通信に変換される。1.タスクを記述するための操作インタフェースおよび本研究の基盤となるタスク構造を設計・実装し、利用者が記述したタスクの依存関係をもとに基本的な負荷分散を行うシステムを実現した。本システムは、現在、大規模並列計算機日立SR2201、Sun Ultra Enterpriseで稼働している。2.実行結果の受渡しを、スケジューリングを行うマスクプロセッサを介さずに、タスクを実行するスレーブプロセッサ間で直接行う機構、複数のタスクを連続して同一プロセッサに割り当て、実行結果を共有メモリで高速に受け渡す機構を開発した。3.従来のCP/MISF法を分散メモリ型並列計算機に適用するため、通信コストを考慮してタスク優先順位を決定する方針を開発した。4.タスクグラフの繰返し構造を利用し、現実のタスク実行時間の計測結果から、次の繰返しにおけるタスク実行時間を予測し、動的にスケジューリング方針を改善する機構を開発した。また、上記の拡張したCP/MISF法に適用して、その効果を調べた結果、従来のCP/MISF法に比べ、10%程度の性能向上が達成された。ただし、この実験を通して、より一層の性能向上を達成するには、負荷分散よりも通信コストの最小化が有効であるとの知見を得ており、現在、新しいスケジューリング方針の検討を行っている。
英文摘要
大規模並列・分散システムにおいて、基盤となるハードウェア構成およびアプリケーションに柔軟に適応できる資源管理機能を備えた並列プログラミング環境を構築した。本システムは、利用者が、アプリケーションプログラムを並列処理可能な部分問題に分割し、それぞれをタスクとして定義するとともに、タスク間の依存関係もあわせて指定する。システムはこの指定をもとに、プロセッサの割当て(スケジューリング)を行う。タスクの定義は、物理的なハードウェア構成とは独立であり、また、タスク間の通信も、実行時にプロセッサ間の通信に変換される。1.タスクを記述するための操作インタフェースおよび本研究の基盤となるタスク構造を設計・実装し、利用者が記述したタスクの依存関係をもとに基本的な負荷分散を行うシステムを実現した。本システムは、現在、大規模並列計算機日立SR2201、Sun Ultra Enterpriseで稼働している。2.実行結果の受渡しを、スケジューリングを行うマスクプロセッサを介さずに、タスクを実行するスレーブプロセッサ間で直接行う機構、複数のタスクを連続して同一プロセッサに割り当て、実行結果を共有メモリで高速に受け渡す機構を開発した。3.従来のCP/MISF法を分散メモリ型並列計算機に適用するため、通信コストを考慮してタスク優先順位を決定する方針を開発した。4.タスクグラフの繰返し構造を利用し、現実のタスク実行時間の計測結果から、次の繰返しにおけるタスク実行時間を予測し、動的にスケジューリング方針を改善する機構を開発した。また、上記の拡張したCP/MISF法に適用して、その効果を調べた結果、従来のCP/MISF法に比べ、10%程度の性能向上が達成された。ただし、この実験を通して、より一層の性能向上を達成するには、負荷分散よりも通信コストの最小化が有効であるとの知見を得ており、現在、新しいスケジューリング方針の検討を行っている。
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村上達也: "Parallel programming environment with dependence-driven subtask scheduling-De-sign and application to molecular dynamics simulations" Proceedings of the 2nd IASTED International Conference on Parallel and Distributed Computing and Networks. 650-653
Tatsuya Murakami:“具有依赖性驱动的子任务调度的并行环境编程 - 分子动力学模拟的设计和应用”第二届 IASTED 国际并行和分布式计算与网络会议记录 650-653。
DOI:
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发表时间:
期刊:
影响因子:
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作者:
[]
通讯作者:
吉川裕: "隠れマルコフモデルによるタンパク質構造クラスの解析" 電子情報通信学会論文誌D-II. J81-D-II,7. 1656-1665 (1998)
Yutaka Yoshikawa:“使用隐马尔可夫模型分析蛋白质结构类别”IEICE Transactions D-II,7 1656-1665 (1998)。
DOI:
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发表时间:
期刊:
影响因子:
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作者:
[]
通讯作者:
中村周吾: "Parallel algorithm for efficient calculations of second derivatives of conformational energy function in internal coordinates" Journal of Computational Chemistry. 19,15. 1716-1723 (1998)
Shugo Nakamura:“高效计算内坐标构象能量函数二阶导数的并行算法”计算化学杂志 19,15(1998)。
DOI:
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发表时间:
期刊:
影响因子:
--
作者:
[]
通讯作者:
久原泰雄: "Time-of-reduction-recovery prediction in neural networks of variable topology to im-prove enzyme classification" Proceedings of the International ICSC/IFAC Symposium on Neural Computation. 23-25 (1998)
Yasuo Kuhara:“可变拓扑神经网络中的时间还原恢复预测,以改进酶分类”国际 ICSC/IFAC 神经计算研讨会论文集 23-25(1998)。
DOI:
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发表时间:
期刊:
影响因子:
--
作者:
[]
通讯作者:
田崎康一: "Molecular dynamics simulations in aqueous splution: Application to free energy cal-culation of oligopeptides" Journal of Physical Chemistry B. 102. 6419-6424 (1998)
Koichi Tasaki:“水溶中的分子动力学模拟:寡肽自由能计算的应用”物理化学杂志 B. 102. 6419-6424 (1998)
DOI:
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发表时间:
期刊:
影响因子:
--
作者:
[]
通讯作者:
共 6 条
Docking prediction and design of peptides by molecluar simulation and deep learning
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批准号:21K12122
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项目类别:Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
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资助金额:$2.66万
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财政年份:2021
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负责人:清水 謙多郎
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依托单位:
Prediction and analysis of intrinsically disordered regions in membrane proteins
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批准号:17F17050
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项目类别:Grant-in-Aid for JSPS Fellows
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资助金额:$1.41万
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财政年份:2017
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负责人:清水 謙多郎
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依托单位:
タンパク質間相互作用部位予測手法の開発
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批准号:07F07417
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项目类别:Grant-in-Aid for JSPS Fellows
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资助金额:$1.41万
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财政年份:2007
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负责人:清水 謙多郎
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依托单位:
高精度のドッキング機能を有するタンパク質間相互作用予測システムの開発
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批准号:18016007
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项目类别:Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
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资助金额:$4.67万
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财政年份:2006
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负责人:清水 謙多郎
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依托单位:
高精度のドッキング機能を有するタンパク質間相互作用予測システムの開発
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批准号:17017014
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项目类别:Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
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资助金额:$2.24万
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财政年份:2005
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负责人:清水 謙多郎
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依托单位:
ホモロジーモデリングとアビニシオ法の統合による高精度タンパク質構造予測手法の開発
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批准号:16014204
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项目类别:Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
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资助金额:$2.43万
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财政年份:2004
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负责人:清水 謙多郎
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依托单位:
大規模分散データの真に透過で効率的な共有を実現する分散共有配列システムの開発
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批准号:16016226
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项目类别:Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
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资助金额:$4.29万
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财政年份:2004
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负责人:清水 謙多郎
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依托单位:
ホモロジーモデリングとアビニシオ法の統合による高精度タンパク質構造予測手法の開発
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批准号:15014207
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项目类别:Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
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资助金额:$3.2万
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财政年份:2003
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负责人:清水 謙多郎
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依托单位:
大規模分散データの効率的な共有を実現する並列コンピューティング環境の開発
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批准号:15017228
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项目类别:Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
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资助金额:$3.46万
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财政年份:2003
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负责人:清水 謙多郎
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依托单位:
大規模分散データの効率的な共有を実現する並列コンピューティング環境の開発
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批准号:14019029
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项目类别:Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
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资助金额:$3.39万
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财政年份:2002
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负责人:清水 謙多郎
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依托单位:
タンパク質の局所構造情報を利用したab initio立体構造・機能予測手法の開発
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批准号:14015208
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项目类别:Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
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资助金额:$2.88万
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财政年份:2002
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负责人:清水 謙多郎
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依托单位:
大規模分散データの効率的な共有を実現する並列コンピューティング環境の開発
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批准号:13224029
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项目类别:Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas (C)
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资助金额:$0.0万
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财政年份:2001
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负责人:清水 謙多郎
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依托单位:
タンパク質の局所構造情報を利用したab initio立体構造・機能予測手法の開発
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批准号:13208003
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项目类别:Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas (C)
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资助金额:$3.2万
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财政年份:2001
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负责人:清水 謙多郎
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依托单位:
タンパク質の局所構造情報を利用したab initio立体構造・機能予測手法の開発
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批准号:12208014
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项目类别:Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas (C)
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资助金额:$0.0万
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财政年份:2000
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负责人:清水 謙多郎
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依托单位:
実時間分散オペレーティング・システムとプログラミング言語インタフェースの研究開発
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批准号:04780029
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项目类别:Grant-in-Aid for Encouragement of Young Scientists (A)
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资助金额:$0.38万
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财政年份:1992
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负责人:清水 謙多郎
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依托单位:
超並列オペレーティングシステムにおける負荷分散および分散記憶管理の研究
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批准号:04235205
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项目类别:Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
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资助金额:$1.92万
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财政年份:1992
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负责人:清水 謙多郎
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依托单位:
実時間分散オペレーティング・システムとプログラミング言語インタフェースの研究開発
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批准号:03780025
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项目类别:Grant-in-Aid for Encouragement of Young Scientists (A)
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资助金额:$0.58万
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财政年份:1991
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负责人:清水 謙多郎
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依托单位:
実時間分散オペレーティング・システムとプログラミング言語インターフェースの研究開
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批准号:02780020
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项目类别:Grant-in-Aid for Encouragement of Young Scientists (A)
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资助金额:$0.58万
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财政年份:1990
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负责人:清水 謙多郎
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依托单位:
ネットワーク透過な分散システムと効率的な並列処理機構の研究開発
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批准号:01780025
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项目类别:Grant-in-Aid for Encouragement of Young Scientists (A)
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资助金额:$0.32万
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财政年份:1989
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负责人:清水 謙多郎
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依托单位:
ネットワーク透過な分散システムと効率的な並列処理機構の研究開発
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批准号:63780023
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项目类别:Grant-in-Aid for Encouragement of Young Scientists (A)
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资助金额:$0.45万
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财政年份:1988
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负责人:清水 謙多郎
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依托单位:
海外基金