大規模分散データの効率的な共有を実現する並列コンピューティング環境の開発

开发实现大规模分布式数据高效共享的并行计算环境

• 批准号: 13224029
• 负责人: 清水 謙多郎
• 金额: --
• 依托单位: The University of Tokyo
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas (C)
• 财政年份: 2001
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2001 至 无数据
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-13224029/
• 关键词: 並列計算; 分散共有メモリ; グリッドコンピューティング; ミドルウェア; 資源管理; 遺伝子クラスタリング; バイオインフォマティクス

本研究の目的は、さまざまな並列・分散システムのハードウェア基盤に対し、分散するメモリ資源を有効に利用し、利用者がハードウェア基盤の多様性を意識しないで分散するデータの共有を効率的に行うことのできるコンピューティング環境を開発することにある。本年度は、その基礎となる分散共有配列の機構を開発した。これは、ネットワ-クにまたがる巨大な配列を仮想的に構築し、分散するデータを統一的かつ効率的に共有し操作することができるようにするというものである。科学技術計算では、巨大な配列を扱うアプリケーションは非常に多く、本年度は、とくに遺伝子クラスタリング、分子動力学法、配列のマルチプルアラインメントの3つのアプリケーションに対して、開発した分散共有配列の機構を適用した。1台の計算機のメモリには格納しきれない巨大なデータを、本システムを用いることにより初めて扱うことができるようになることを実際に示した。システムの開発については、本年度は骨格となる部分を完成させ、大域的なメモリ共有を実現するための操作インタフェースおよびメモリ資源の分散配置、位置づけの機構を実現した。また、データの転送の単位を明示する機構、データの転送と計算のオーバラップ処理を可能にする、同期オブジェクトによるデータ非同期読出し/書込み機構により、プログラミングを容易化し、効率を向上させることができることを示した。本システムは、クラスタ型並列計算機上に実装し、その上に上記のアプリケーションを実現した。従来のMPIによって記述されたプログラムも変更することなく、本システムの上で動作させることができることを確認した。

The purpose of this study is to improve the efficiency of resource utilization and utilization by increasing the diversity of resource utilization and resource utilization. This year, the foundation of decentralized public ownership was developed. This is the first time that we have seen such a thing. Scientific and technical calculations are very important for the development of a large number of distributed systems. This year, the application of molecular dynamics, molecular dynamics, and distributed systems is very important. 1. The computer is in the middle of a large number of tasks. The computer is in the middle of a large number of tasks. The development of the project is expected to be completed in the current year, and the operation of the project will be realized in a large area. The decentralized allocation of resources and the implementation of the organization will be realized. For example, if the number of units sent by the user is specified, the number of units sent by the user is calculated, and the number of units sent by the user is calculated. This system is installed on a parallel computer, and the system is implemented on a parallel computer. This is the first time I've ever seen a woman who's been in a relationship with someone else.

项目成果

池口満徳: "Molecular dynamics study on hydrophobic effects in aqueous urea solutions"Journal of the American Chemical Society. 123,4. 677-682 (2001)

Mitsunori Ikeguchi：“尿素水溶液中疏水效应的分子动力学研究”美国化学会杂志 123,4 (2001)。

繁田聡一: "Access route control by extended key/lock scheme"International Journal of Computer Systems, Science and Engineering. 16,5. 319-325 (2001)

Soichi Shigeta：“通过扩展密钥/锁方案进行访问路由控制”国际计算机系统、科学与工程杂志 16,5 (2001)。

中村周吾: "A new method for parallel computation of Hessian matrix of conformational energy function in internal coordinates"Journal of Computational Chemistry. 23,4. 463-469 (2001)

Shugo Nakamura：“内坐标构象能量函数 Hessian 矩阵的并行计算的新方法”计算化学杂志 23,4（2001）。

清水謙多郎: "コンピュータを用いたタンパク質の立体構造予測"日本農芸化学会シンポジウム「ポストゲノム時代の科学」予稿集. 36-38 (2001)

Kentaro Shimizu：“使用计算机预测蛋白质 3D 结构”日本农业化学学会研讨会论文集“后基因组时代的科学”36-38（2001 年）。

繁田聡一: "キー/ロック方式の拡張によるアクセスルートコントロール"情報処理学会論文誌. 42,6. 1545-1556 (2001)

Soichi Shigeta：“通过扩展钥匙/锁系统进行访问路线控制”，日本信息处理学会汇刊 42,6 (2001)。