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大規模分散データの効率的な共有を実現する並列コンピューティング環境の開発

大規模分散データの効率的な共有を実現する並列コンピューティング環境の開発
开发实现大规模分布式数据高效共享的并行计算环境
批准号：
13224029
负责人：
清水 謙多郎
金额：
$0.0万
依托单位：
The University of Tokyo
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas (C)
财政年份：
2001
资助国家：
日本
项目状态：
已结题
起止时间：
2001 至 --
来源：
https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-13224029/
关键词：
並列計算分散共有メモリグリッドコンピューティングミドルウェア資源管理遺伝子クラスタリングバイオインフォマティクス

项目摘要

项目成果

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本研究の目的は、さまざまな並列・分散システムのハードウェア基盤に対し、分散するメモリ資源を有効に利用し、利用者がハードウェア基盤の多様性を意識しないで分散するデータの共有を効率的に行うことのできるコンピューティング環境を開発することにある。本年度は、その基礎となる分散共有配列の機構を開発した。これは、ネットワ-クにまたがる巨大な配列を仮想的に構築し、分散するデータを統一的かつ効率的に共有し操作することができるようにするというものである。科学技術計算では、巨大な配列を扱うアプリケーションは非常に多く、本年度は、とくに遺伝子クラスタリング、分子動力学法、配列のマルチプルアラインメントの3つのアプリケーションに対して、開発した分散共有配列の機構を適用した。1台の計算機のメモリには格納しきれない巨大なデータを、本システムを用いることにより初めて扱うことができるようになることを実際に示した。システムの開発については、本年度は骨格となる部分を完成させ、大域的なメモリ共有を実現するための操作インタフェースおよびメモリ資源の分散配置、位置づけの機構を実現した。また、データの転送の単位を明示する機構、データの転送と計算のオーバラップ処理を可能にする、同期オブジェクトによるデータ非同期読出し/書込み機構により、プログラミングを容易化し、効率を向上させることができることを示した。本システムは、クラスタ型並列計算機上に実装し、その上に上記のアプリケーションを実現した。従来のMPIによって記述されたプログラムも変更することなく、本システムの上で動作させることができることを確認した。
期刊论文(6)
专著(0)
科研奖励(0)
会议论文
池口満徳: "Molecular dynamics study on hydrophobic effects in aqueous urea solutions"Journal of the American Chemical Society. 123,4. 677-682 (2001)
Mitsunori Ikeguchi：“尿素水溶液中疏水效应的分子动力学研究”美国化学会杂志 123,4 (2001)。
DOI： --
发表时间：
期刊：
影响因子： --
作者： []
通讯作者：
繁田聡一: "Access route control by extended key/lock scheme"International Journal of Computer Systems, Science and Engineering. 16,5. 319-325 (2001)
Soichi Shigeta：“通过扩展密钥/锁方案进行访问路由控制”国际计算机系统、科学与工程杂志 16,5 (2001)。
DOI： --
发表时间：
期刊：
影响因子： --
作者： []
通讯作者：
中村周吾: "A new method for parallel computation of Hessian matrix of conformational energy function in internal coordinates"Journal of Computational Chemistry. 23,4. 463-469 (2001)
Shugo Nakamura：“内坐标构象能量函数 Hessian 矩阵的并行计算的新方法”计算化学杂志 23,4（2001）。
DOI： --
发表时间：
期刊：
影响因子： --
作者： []
通讯作者：
清水謙多郎: "コンピュータを用いたタンパク質の立体構造予測"日本農芸化学会シンポジウム「ポストゲノム時代の科学」予稿集. 36-38 (2001)
Kentaro Shimizu：“使用计算机预测蛋白质 3D 结构”日本农业化学学会研讨会论文集“后基因组时代的科学”36-38（2001 年）。
DOI： --
发表时间：
期刊：
影响因子： --
作者： []
通讯作者：
共 6 条
    Docking prediction and design of peptides by molecluar simulation and deep learning
    • 批准号：
      21K12122
    • 项目类别：
      Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
    • 资助金额：
      $2.66万
    • 财政年份：
      2021
    • 负责人：
      清水 謙多郎
    • 依托单位：
      The University of Tokyo
    Prediction and analysis of intrinsically disordered regions in membrane proteins
    • 批准号：
      17F17050
    • 项目类别：
      Grant-in-Aid for JSPS Fellows
    • 资助金额：
      $1.41万
    • 财政年份：
      2017
    • 负责人：
      清水 謙多郎
    • 依托单位：
      The University of Tokyo
    タンパク質間相互作用部位予測手法の開発
    • 批准号：
      07F07417
    • 项目类别：
      Grant-in-Aid for JSPS Fellows
    • 资助金额：
      $1.41万
    • 财政年份：
      2007
    • 负责人：
      清水 謙多郎
    • 依托单位：
      The University of Tokyo
    高精度のドッキング機能を有するタンパク質間相互作用予測システムの開発
    • 批准号：
      18016007
    • 项目类别：
      Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
    • 资助金额：
      $4.67万
    • 财政年份：
      2006
    • 负责人：
      清水 謙多郎
    • 依托单位：
      The University of Tokyo
    海外基金