仮想遺伝子実験システムの研究

虚拟遗传实验系统的研究

• 批准号: 11149210
• 负责人: 小長谷 明彦
• 金额: $ 1.79万
• 依托单位: Japan Advanced Institute of Science and Technology
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas (A)
• 财政年份: 1999
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 1999 至 无数据
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-11149210/
• 关键词: 2次元電気泳動; データマイニング; 隠山マルコフモデル; 遺伝子発見; 細胞シミュレーション

本研究は、計算機上に「仮想遺伝子実験システム」を構築し、計算機シミュレーションを行うことにより、予測結果を分子生物実験にフィードバックできる環境の実現を目指している。今年度は、仮想遺伝子実験システムの一環として、RLGS二次元電気泳動画像解析システム、DNA断片から遺伝子領域を検出するための遺伝子発見システム、遺伝子とタンパク質の機能および構造との関連を発見するためのデータマイニング支援システム、遺伝子の発現制御作用を解析するための配列解析支援システム、遺伝子間の相互作用を検証するための細胞シミュレーションシステム、等を構築した。より具体的には、RLGS二次元電気泳動画像データベースに関しては、画像の登録、検索およびスポットの自動照合機能を実装し、WWW上での動作を確認した。遺伝子発見システムに関しては、ダイコドンを認識単位とした隠れマルコフモデルを利用した自己学習モデルの評価を行った。データマイニング支援システムに関しては、自然言語による目標遺伝子の検索を精緻化するために配列データベース、タンパク質立体構造データベース、文献データベース等に対してキーワード検索のための全文インデックスを作成すると共に、これらのデータベースの相互参照リンク情報からの相関ルールを抽出するためのデータマイニングシステムを構築した。配列解析システムに関しては、発現調節に関する知見を得るために、転写因子その中でもジンクフィンガータンパク質に注目し、タンパク質の構造とバインディングサイトとの関連を結合部位の多義性の有無から4種類に分類した。細胞シミュレーションに関しては、細胞周期におけるサイクリンの濃度変化に注目し、サイクリンのアロストテリック効果を実現するための連立非線型微分方程式によるモデル化を行った。

In this study, on the computer, the computer is used in the study, the computer, the computer and the computer. This year, I'd like to know that the whole world, RLGS two-dimensional electrophoresis cartoon analysis, DNA fragments in the sub-field to make sure that you can see each other, and that the machine can make sure that you can see the pictures in the field. The current control function of the sub-system, the analysis of the configuration of the sub-system, the support for the interaction between the sub-system and the interaction between the sub-system, the cell cycle, the cell temperature, the temperature, the temperature and the temperature. Please check the details of the video, the RLGS two-dimensional swimming portrait, the registration of the portrait, the registration of the image, the installation of the automatic camera, and the confirmation of the action on WWW. I don't know what to do. I don't know how to make use of my own knowledge. In order to improve the quality of the product, we can use the full text to make it possible to make a complete list of information, such as the production of information, etc. I don't know what to do with each other. I don't know what to do. The distribution and analysis of the information system, the information obtained by the information system, the information received by the information system, and the information in the writing factor are classified into four categories, such as the information, the information and the information. The cell cycle, the differential equation, the differential equation.

项目成果

Kim, C., Konagaya, A., Asai,K.: "A Generic Criterion for Gene Recognition in Genomic Sequences"Proc. of Genome Informatics Workshop. 13-22 (1999)

Kim, C.、Konagaya, A.、Asai,K.：“基因组序列中基因识别的通用标准”Proc。