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イネにおけるトウモロコシMuトランスポゾン相同因子の構造・機能解析

水稻玉米Mu转座子同源因子的结构与功能分析

基本信息

批准号：
11876002
负责人：
中村千春
金额：
$ 1.41万
依托单位：
Kobe University
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Exploratory Research
财政年份：
1999
资助国家：
日本
起止时间：
1999 至 2000
项目状态：
已结题

项目摘要

1.OsMuDRをプローブとしたイネゲノミッククローンのスクリーニングを行い、12の独立したクローンを単離した。このうち2クローンについてその塩基配列を決定した。OSMu4-2は、198-bpの末端反復配列(TIR)に挟まれた4.6-kbpの配列を有し、OSMu10-1は同様に198-bpの末端反復配列(TIR)に挟まれた1.1-kbpの配列を有していた。これらの因子は9-bpからなる標的配列を末端に有し、塩基配列と推定アミノ酸配列からトウモロコシMuトランスポゾンのホモローグであることを確認した。OSMu4-2とOSMu10-1は、ともにmudrA様転写産物をコードすると思われる領域を有するが、OSMu10-1では、3'端側の約330-bpのみが確認された。OSMuクローンのTIRの塩基配列について、既知のMuトランスポゾンとの比較では相同性が低く、MuトランスポゾンのTIR間では、遺伝的距離が0.06の範囲であるのに対して、最大で0.19の値を示した。2.OsMuDRをプローブとしたノーザンハイブリダイゼーションの結果から、この転写産物の全長は約2.6-kbpで、mudrAが2.8-kbpであることと符合した。そこで、RT-PCRクローンを基に、cDNAクローンの単離を試みたが、1.1-kbpの部分クローンが得られたのみで、ORFを含む完全鎖長を得ることはできなかった。3.各種イネゲノムを対象にOsMu4-2とOsMu10-1をプローブに用いたサザン解析でゲノム内コピーの分布を調べた。ジャポニカ、インディカ品種とも低コピー数であったが、多くのホモログ持つ野生ゲノムが見つかった。4.以上の結果から、イネのOsMuはトウモロコシMuのorthologueであること、野生イネゲノムには多くのparaloguesを持つものがあることが明らかになった。

1.OsMuDRをプローブとしたイネゲノミッククローンのスクリーニングを行い, 12のINDEPENDENT したクローンを単里した.このうち2クローンについてその塩组组をdeterminationした. OSMu4-2, 198-bp terminal repetitive array (TIR), 4.6-kbp terminal array, OSM u10-1 is the same as the 198-bp Terminal Repeat Arrangement (TIR) and the 1.1-kbp Terminal Repeat Arrangement is there.これらのfactorは9-bpからなるstandard arrangement を terminal arrangement し, base arrangement と inferred アミノAcid coordination system からトウモロコシMuトランスポゾンのホモローグであることをconfirmationした. OSMu4-2 and OSMu10-1は、ともにMUDRA様転WRITTEN PRODUCTS をコードすると思われThere are するが in the field, OSMu10-1 では, 3' end side のapproximately 330-bp のみが confirmed された. OSMuクローンのTIRの塩塩综合について、knownのMuトランスポゾンとの comparisonではidentityがlowく、MuトThe distance between the ランスポゾンのTIR is では, and the distance between the remaining parts is 0.06, the distance is 0.06, and the maximum distance is 0.19. 2.OsMuDR The full length of the written product is about 2.6-kbp, and the mudrA is about 2.8-kbp in length.そこで, RT-PCR クローンをbased に, cDNA クローンの単をtest みたが, 1.1-k bpのpartialクローンがgetsられたのみで, ORFをcontains completely locks longをgetsることはできなかった. 3. Various イネゲノムを対 resembles OsMu4-2 and OsMu10-1 をプローブに using いたサザン analysis and でゲノム内コピーの distribution and adjustment べた.ジャポニカ, インディカvariety ともlow コピーnumber であったが, 多くのホモログ Hold つWild ゲノムが见つかった. 4. The result of the above is the result of the above. , wild イネゲノムには多くのparaloguesをhold つものがあることが明らかになった.