イネにおけるトウモロコシMuトランスポゾン相同因子の構造・機能解析

水稻玉米Mu转座子同源因子的结构与功能分析

基本信息

批准号：
11876002
负责人：
中村千春
金额：
$ 1.41万
依托单位：
Kobe University
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Exploratory Research
财政年份：
1999
资助国家：
日本
起止时间：
1999 至 2000
项目状态：
已结题

项目摘要

1.OsMuDRをプローブとしたイネゲノミッククローンのスクリーニングを行い、12の独立したクローンを単離した。このうち2クローンについてその塩基配列を決定した。OSMu4-2は、198-bpの末端反復配列(TIR)に挟まれた4.6-kbpの配列を有し、OSMu10-1は同様に198-bpの末端反復配列(TIR)に挟まれた1.1-kbpの配列を有していた。これらの因子は9-bpからなる標的配列を末端に有し、塩基配列と推定アミノ酸配列からトウモロコシMuトランスポゾンのホモローグであることを確認した。OSMu4-2とOSMu10-1は、ともにmudrA様転写産物をコードすると思われる領域を有するが、OSMu10-1では、3'端側の約330-bpのみが確認された。OSMuクローンのTIRの塩基配列について、既知のMuトランスポゾンとの比較では相同性が低く、MuトランスポゾンのTIR間では、遺伝的距離が0.06の範囲であるのに対して、最大で0.19の値を示した。2.OsMuDRをプローブとしたノーザンハイブリダイゼーションの結果から、この転写産物の全長は約2.6-kbpで、mudrAが2.8-kbpであることと符合した。そこで、RT-PCRクローンを基に、cDNAクローンの単離を試みたが、1.1-kbpの部分クローンが得られたのみで、ORFを含む完全鎖長を得ることはできなかった。3.各種イネゲノムを対象にOsMu4-2とOsMu10-1をプローブに用いたサザン解析でゲノム内コピーの分布を調べた。ジャポニカ、インディカ品種とも低コピー数であったが、多くのホモログ持つ野生ゲノムが見つかった。4.以上の結果から、イネのOsMuはトウモロコシMuのorthologueであること、野生イネゲノムには多くのparaloguesを持つものがあることが明らかになった。

1。使用OSMUDR作为探针进行筛选，分离出12个独立的克隆。确定了两个克隆的基本序列。 OSMU4-2在198 bp末端重复（TIR）之间夹有4.6-KBP序列，而OSMU10-1的序列在198 bp末端重复（TIR）之间夹在1.1-kbp序列（TIR）之间。这些因素具有一个目标序列，该序列由末端的9 bp组成，并基于基本序列和推导的氨基酸序列，证实它们是玉米Mu Transposon的同源物。 OSMU4-2和OSMU10-1都有一个似乎编码类似Mudra的转录本的区域，而在OSMU10-1中证实了3'端的大约330 bp。与已知的MU转座子相比，OSMU克隆TIR的基本序列较低，而MU转座子的TIR之间的遗传距离在0.06范围内，而最大值为0.19。 2。使用OSMUDR作为探针的北部杂交结果表明，该转录本的总长度约为2.6 kbp，与MUDRA一致的是2.8-Kbp。因此，我们试图根据RT-PCR克隆分离cDNA克隆，但仅获得了1.1-KBP的部分克隆，并且未获得包含ORF的完整链长。 3。通过使用OSMU4-2和OSMU10-1作为各种水稻基因组中的探针，通过Southern分析研究了基因组副本的分布。 Japonica和Indica品种均具有低拷贝数，但是发现许多同源野生基因组。 4。上述结果表明，米OSMU是玉米MU的直系同源物，并且野生水稻基因组中有许多副产品。