DNAコンピューティングにおける実験プロセスの評価
DNA 计算实验过程的评估
基本信息
- 批准号:11878056
- 负责人:
- 金额:$ 1.41万
- 依托单位:
- 依托单位国家:日本
- 项目类别:Grant-in-Aid for Exploratory Research
- 财政年份:1999
- 资助国家:日本
- 起止时间:1999 至 2001
- 项目状态:已结题
- 来源:
- 关键词:
项目摘要
本年度は,以下の項目について検討を行い新しい知見を得た.(1)DGGEによる分離手法の確立・・・DGGEは,二本鎖DNAが一本鎖DNAに部分的に解離する性質を利用し,塩基配列の異なるDNAを分離する電気泳動法である.この手法は,主に数塩基が異なる変異DNAの検出のために用いられており,DNAコンピューティングにおいて用いられることはほとんどなかった.しかしながら,DNAコンピューティングで対象とする多種のDNAが混在する状況においてもGCクランプと呼ばれるDNA断片を付加し,その長さを調節することが塩基配列の異なる複数のDNAを分離可能となることを示した.(2)PCR増幅に関する信頼性向上・・・PCRによってDNAを増幅する過程において,多くのパラメタを制御する必要があるが,実験の信頼性(精度と再現性)を向上させるための実験パラメタの設定手法について検討した.実際には,実験計画法に基づく最適パラメタの設定,及び,MTSと呼ばれる多変量解析手法を利用した手法を用いることによって,信頼性の高い実験プロトコルの設定に成功した.今後は,PCR以外の実験においての応用も期待できる.(3)濃度制御型DNAコンピューティングの有効性検証・・・DNAの濃度を利用した新しい計算手法の有効性を示すために,構造が単純である最短経路問題と呼ばれる最適化問題を多数用意し,多くの実験を行った.シミュレーション結果と比較することによって,ハイブリダイゼーションやPCRといった反応が及ぼす影響について検討した.その結果,ハイブリダイゼーションに関しては,ある程度温度を高速に下げることによって望まない反応を防ぐことができること,また,PCRにおいては,反応系の中のあらゆるDNAがプライマーとして働き,望まない増幅が現れることがわかった.
This year, the following projects were reviewed and discussed. (1) Establishment of DGGE separation method: DGGE is a method for the separation of DNA from two DNA strands by electrokinetic method. The method is: the main number of bases is different, the DNA is different. The DNA sequence is different from the DNA sequence. (2)PCR amplification is related to the reliability of DNA amplification. PCR amplification is related to the process of DNA amplification, and many factors are necessary to control it. The reliability of PCR amplification (accuracy and reproducibility) is related to the process of DNA amplification. In fact, the implementation of the program method based on the optimal setting, and MTS call for multi-variable analysis method to use the middle of the method, the high reliability of the set successfully. In the future,PCR will be implemented in the future. (3)DNA concentration control method is used to calculate DNA concentration. The results of the study were compared with those of the control group and the control group. As a result, the DNA in the PCR system was found to have increased in size and amplitude, and the DNA in the PCR system was found to have increased in size and amplitude.
项目成果
期刊论文数量(14)
专著数量(0)
科研奖励数量(0)
会议论文数量(0)
专利数量(0)
山本 雅人: "DNAコンピューティングパラダイム その原理と工学応用への課題"システム/制御/情報. 46・5(予定). (2002)
山本正人:“DNA计算范式:其工程应用的原理和挑战”系统/控制/信息(预定)。
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- 发表时间:
- 期刊:
- 影响因子:0
- 作者:
- 通讯作者:
Masahito Yamamoto: "A Study on the Hybridization Process in DNA Computing"DNA Based Computers 5, DIMACS Series 54 in Discrete Mathematics and Theoretical Computer Science. 101-110 (2000)
Masahito Yamamoto:“DNA 计算中杂交过程的研究”基于 DNA 的计算机 5,离散数学和理论计算机科学中的 DIMACS 系列 54。
- DOI:
- 发表时间:
- 期刊:
- 影响因子:0
- 作者:
- 通讯作者:
T.Hirayama,T.Shiba,M.Yamamoto,K.Tsutsumi,K.Suzuki,S.Takiya,M.Munekata and A.Ohuchi: "Experimental Results in DNA Computation : solution of an HPP with eight vertices"Preliminary Proceedings of DNA Based Computers 5. 249-249 (1999)
T.Hirayama、T.Shiba、M.Yamamoto、K.Tsutsumi、K.Suzuki、S.Takiya、M.Munekata 和 A.Ohuchi:“DNA 计算实验结果:具有八个顶点的 HPP 的解决方案”初步论文集
- DOI:
- 发表时间:
- 期刊:
- 影响因子:0
- 作者:
- 通讯作者:
山本雅人: "DNAコンピューティングによる組合せ最適化"第12回RAMPシンポジウム論文集. 23-30 (2000)
Masato Yamamoto:“DNA 计算的组合优化”第 12 届 RAMP 研讨会论文集 23-30 (2000)。
- DOI:
- 发表时间:
- 期刊:
- 影响因子:0
- 作者:
- 通讯作者:
M.Yamamoto,J.Yamashita,T.Shiba,T.Hirayama,S.Takiya,K.Suzuki,M.Munekata and A.Ohuchi: "A Study on the Hybridization Process in DNA Computing"Preliminary Proceedings of DNA Based Computers 5. 99-108 (1999)
M.Yamamoto、J.Yamashita、T.Shiba、T.Hirayama、S.Takiya、K.Suzuki、M.Munekata 和 A.Ohuchi:“DNA 计算中的混合过程研究”基于 DNA 的计算机的初步论文集 5
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- DOI:
- 发表时间:
2005 - 期刊:
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- 作者:
北 豊;柏村 聡;亀田 充史;山本 雅人;大内 東;山本 雅人 - 通讯作者:
山本 雅人
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- DOI:
- 发表时间:
2005 - 期刊:
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- 作者:
片岡 崇;川村 秀憲;車谷 浩一;大内 東 - 通讯作者:
大内 東
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