ポジショナルクローニング法によるニジマス優性アルビノ遺伝子の単離に関する研究

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ニジマス優性アルビノ形質と連鎖するOmyD-AlbnTUFマーカー(5塩基の繰り返し配列を含み、AFLPマーカーからマイクロサテライトマーカーに変換したもの)を用いて、前年度作成したニジマスBACライブラリーのHDR(high density replica)フィルターをコロニーハイブリダイゼーションによってスクリーニングし、陽性と思われる12個のBACクローンを得た。このHDRフィルターにはBACクローン1つにつき1つのspotのみが配列してある(duplicateではない)ため、得られたクローンが真の陽性であるかをPCR及びサザンハイブリダイゼーションにより確認後、各BACクローンの両末端をシークエンスした。得られたシークエンスをもとに各BACクローンの両末端部分にプライマーを設計し、各BACクローンのDNAを鋳型にしてそれぞれPCRを行い、PCR産物の増幅の有無から12個のBACクローンの並びを決定することができた。この情報をもとに、BACライブラリーの部分contigを作製し、今後の研究展開への足場を確かなものにした。具体的には、整列化したクローンの中でOmyD-AlbnTUFマーカーから最も遠位にあるクローンの末端配列を次のスクリーニングにおけるプローブとし、新たにBACライブラリーをスクリーニングし、陽性クローンの整列化と連鎖解析による進行方向の決定による染色体歩行を行えば、優性アルビノ遺伝子座の特定や同遺伝子の単離ができるものと確信している。