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オオムギ染色体DNAライブラリーの構築とゲノム解析への利用

大麦染色体DNA文库的构建及其在基因组分析中的应用

基本信息

批准号：
12202036
负责人：
村田稔
金额：
--
依托单位：
Okayama University
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas (C)
财政年份：
2000
资助国家：
日本
起止时间：
2000 至无数据
项目状态：
已结题

项目摘要

オオムギは、ゲノムサイズが極めて大きいため、まだ充分な数のDNAマーカーがマップされておらず、ゲノム全体をカバーできるBAC、YACライブラリーもまだ完全には得られていない。また、ゲノム中に多量に存在する反復配列も、詳細な遺伝地図の作製を困難にしている。本研究ではそれ故、マイクロダイセクション法により、オオムギなどの特定染色体、腕、部位を切り取り、その領域特異的なDNAライブラリーを構築することを目的としている。現在まで、マイクロダイセクションにより切り取った単一の染色体から、そのDNAを増幅することに成功している。しかし、オオムギではその形態から染色体を同定することが困難なため、マイクロサテライトマーカなどによる判別を試みている。増幅したDNAの特異性を検定するために、FISH(蛍光in situハイブリダイゼイション)を行ったが、散在型反復配列が含まれているため、染色体の同定は困難であった。現在、原因となる反復配列の特定と、これら反復配列を増幅したDNAから除去する試みを行っている。コムギなどを用いたこれまでの解析から、増幅したDNA断片には、ESTや既知遺伝子のコーディング領域とホモロジーを示す配列がかなりの割合(〜40%)で含まれていることがわかった。そこで、これら遺伝子に相当するcDNAの直接選抜を試みた。プローブには、マイクロダイセクトした染色体からDOP-PCRで増幅したDNAを用い、これをビオチン化した。cDNAは、幼穂からポリA^+mRNAを抽出した後、SMART(クロンテック)により合成した。cDNAには、マイクロサテライトを含むものがあるため、ゲノミックDNAから調整したCot1 DNAをプレハイブリダイゼイションの段階で加えた。2回の直接選抜を行い、PCRを行ったところ、スメアの中に数本のバンドが観察された。

Please count the full number of DNA, YAC, BAC, YAC, and so on. There are some problems in the large quantity of drugs, such as the anti-alignment, the difficulty and the difficulty. The purpose of this study is to detect specific chromosomes, wrists, sites, DNA, wrists, wrists, and parts of specific chromosomes, wrists, and parts of the body. Now, you can tell me that you have a chromosome, DNA, and that you are successful. The number of chromosomes is the same as that of the chromosome. The chromosome is the same as that of the chromosome. The frame size is different from that of DNA, FISH (light in situ), scattered anti-alignment, chromosome homology, and chromosome homology. Now, the reason for this is to assign a specific, a specific, a frame, a DNA, to remove a specific line. In this paper, we use the data to analyze the data, the DNA fragments, the EST fragments, the fields, the fields, the lines, the cutouts (~ 40%), the fragments, the fragments, the This is equivalent to the direct selection of an attempt by the cDNA. The chromosomes are DOP-PCR, the chromosomes are DNA, the chromosomes are DNA, and the chromosomes are changed. CDNA, infant, A ^ + mRNA, after pulling out the phone, SMART (baby baby) synthesize it. The cDNA, the DNA, the Cot1 DNA, the price, the price. 2. Select the selected line directly, select the PCR line directly, and check the number of books in the database.