神経特異的DNAチップの作製と神経発生遺伝子ネットワークの網羅的解析

神经元特异性DNA芯片的创建和神经源基因网络的综合分析

• 批准号: 12204112
• 负责人: 市川 美紀
• 金额: --
• 依托单位: Chiba Cancer Center (Research Institute)
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas (C)
• 财政年份: 2000
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2000 至 无数据
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-12204112/
• 关键词: DNAチップ; 網羅的発現解析; 神経芽腫; オリゴキャップcDNAライブラリー

神経発生に関わる遺伝子ネットワークを大規模に解析することを目指し、神経芽腫に発現する遺伝子の大量クローニングおよびそのDNAチップの作製を進めている。本年度は以下を行った。1)オリゴキャップcDNAライブラリーからのDNAチップに用いる遺伝子の収集予後良好群および予後不良群の神経芽腫オリゴキャップcDNAライブラリーから約2000クローンずつ単離し、両端シーケンシングを終了した。相同性検索の結果、新規の可能性があるクローンは約4割であった。両群の間で出現する既知遺伝子が明らかに異なっており、異なるサブセットを材料として用いることで、神経系の遺伝子をより網羅することができると考えられた。2)テストチップの作製予後良好群ライブラリーからのクローン約2000クローンと、コントロールとして用いる既知遺伝子17個をドットしたテストチップを作製し、ハイブリダイゼーション条件を決定した。このチップを用いて神経芽腫細胞株へのレチノイン酸を用いた分化誘導により8つの遺伝子の発現量の変化(2倍以上)を同定した。同じRNAを用いた半定量RT-PCRの結果、そのうち6つの遺伝子について再現性が見られた。現在さらに予後不良群を加えたチップの作製を進めている。3)予後良好群および不良群の間で発現に差のある遺伝子の同定両群で発現量が有意に異なる遺伝子を各群16症例ずつを用いた半定量RT-PCRにより検索した。予後良好群ライブラリーからの1269種類の遺伝子について検討を行ったところ、207種類の遺伝子において両群における発現量が異なっていた。このうち101種類は未知遺伝子であった。一部については定量real-timePCRにより差を確認した。予後良好群で高く不良群で低い発現を示す遺伝子群には、シナプス小胞輸送に関わる遺伝子(RABなど)や、神経堤由来細胞の分化増殖に関与する転写因子(TFAP2B)などが含まれていたことから、差が見られた新規遺伝子についても神経の分化増殖シグナルの経路に関与してくる可能性があり、今後の解析が必要と考えられた。これらの半定量PCRの結果は、新たな神経分化関連遺伝子の同定に結びつくと共に、今後のチップ実験を行う際に良いコントロールとなり、また、それぞれの方法の比較検討を可能にするため、非常に有用であると考えられる。

God 経 発 raw に masato わ る heritage 伝 son ネ ッ ト ワ ー ク を large-scale に parsing す る こ と を refers し, god 経 buds swell に 発 now す る heritage 伝 son の large ク ロ ー ニ ン グ お よ び そ の DNA チ ッ プ を into the の cropping め て い る. The following を lines った for the current year. 1) オ リ ゴ キ ャ ッ プ cDNA ラ イ ブ ラ リ ー か ら の DNA チ ッ プ に with い る posthumous son 伝 の 収 set to after a good group of お よ び to bad group of の god 経 buds swell after オ リ ゴ キ ャ ッ プ cDNA ラ イ ブ ラ リ ー か ら about 2000 ク ロ ー ン ず つ 単 し, struck end シ ー ケ ン シ ン グ を end し た. The results of the similar 検 cable, the possibility of the new regulation がある <s:1> ロ ロ <s:1> <e:1> であった approximately 4 であった. Struck between the group of の appear で す る son already know but 伝 が Ming ら か に different な っ て お り, different な る サ ブ セ ッ ト を material と し て in い る こ と で, god 経 の heritage 伝 son を よ り snare す る こ と が で き る と exam え ら れ た. 2) テ ス ト チ ッ プ の cropping to after a good group of ラ イ ブ ラ リ ー か ら の ク ロ ー ン about 2000 ク ロ ー ン と, コ ン ト ロ ー ル と し て in い る already know legacy 伝 son 17 を ド ッ ト し た テ ス ト チ ッ プ を as し, ハ イ ブ リ ダ イ ゼ ー シ ョ を ン conditions decide し た. こ の チ ッ プ を with い て god 経 buds swell cell lines へ の レ チ ノ イ を ン acid with い た induction に よ り 8 つ の posthumous son 伝 の 発 amount is の variations change (2 times) with fixed を し た. With じ RNA を い た semi-quantitative rt-pcr の results, そ の う ち 6 つ の posthumous son 伝 に つ い て reproducibility が see ら れ た. Now さらに is given to the post-bad group を plus えたチップ to form を into めて る る る. After 3) for the good of お よ び bad group between の で 発 now poor に の あ る posthumous son 伝 の be struck group で 発 different showing quantity が intentionally に な る posthumous son 伝 を each group of 16 cases ず つ を with い た semi-quantitative rt-pcr に よ り 検 cable し た. To good group after ラ イ ブ ラ リ ー か ら の 1269 kinds の heritage 伝 son に つ い て 検 line for を っ た と こ ろ, 207 species の but 伝 に お い て struck group に お け る 発 different showing quantity が な っ て い た. <s:1> うち101 species 伝 unknown remnant であった. A に に て て て て quantitative real-timePCRによ <s:1> difference を confirmation によ た. To bad after a good group of high で く group で low い 発 を now shown す heritage 伝 subgroup に は, シ ナ プ ス vesicular transport に masato わ る heritage 伝 child (RAB な ど) や, god 経 dike origin cells の rights colonization に masato and す る planning write factor (TFAP2B) な ど が containing ま れ て い た こ と か ら, poor が see ら れ た new rules but 伝 son に つ い て も god 経 の differentiation raised colonization シ グ ナ ル The に relationship of the <s:1> route and the てくる possibility of てくる があ に, and in the future, the <s:1> analysis が is necessary to と test えられた. こ れ ら の は の semi-quantitative PCR results, new た な god 経 differentiation masato even survived 伝 の with fixed に knot び つ く と に, future の チ ッ プ be 験 を line う interstate に good い コ ン ト ロ ー ル と な り, ま た, そ れ ぞ れ の way beg を の is 検 may に す る た め, very useful に で あ る と exam え ら れ る.

项目成果

Hanaoka E, Ohira M, et al.: "Molecular cloning and expression analysis of the human DA41 gene and its mapping to chromosome 9q21.2-q21.3. "J Hum Genet.. 45. 188-191 (2000)

Hanaoka E、Ohira M 等人：“人类 DA41 基因的分子克隆和表达分析及其与染色体 9q21.2-q21.3 的映射。”J Hum Genet.. 45. 188-191 (2000)

Kawamoto T,Ohira M, et al.: "Association between favorable neuroblastoma and high expression of the novel metalloproteinase gene, nbla3145/XCE, cloned by differential screening of the full-length-enriched oligo-capping neuroblastoma cDNA libraries"Med.Ped

Kawamoto T、Ohira M 等人：“有利的神经母细胞瘤与新型金属蛋白酶基因 nbla3145/XCE 高表达之间的关联，该基因通过全长富集寡加帽神经母细胞瘤 cDNA 文库的差异筛选进行克隆”Med.Ped

Ohira M, Shishikura T, et al.: "Hunting the subset-specific genes of neuroblastoma : expression profiling and differential screening of the full-length-enriched oligo-capping cDNA libraries."Med. Pediatr. Oncol.. 35. 547-549 (2000)

Ohira M、Shishikura T 等人：“寻找神经母细胞瘤的子集特异性基因：全长富集寡聚帽 cDNA 文库的表达谱和差异筛选。”Med。

Nagai M, Ohira M, et al.: "Identification of the full-length KIAA0591 gene encoding a novel kinesin-related protein which is mapped to the neuroblastoma suppressor gene locus at 1p36.2."Int. J. Oncol.. 16. 907-916 (2000)

Nagai M、Ohira M 等人：“鉴定了编码新型驱动蛋白相关蛋白的全长 KIAA0591 基因，该蛋白被映射到 1p36.2 处的神经母细胞瘤抑制基因位点。”Int。

Ohira M, Kageyama H, et al.: "Identification and characterization of a 500-kb homozygously deleted region at 1p36.2-p36.3 in a neuroblastoma cell line."Oncogene. 19. 4302-4307 (2000)

Ohira M、Kageyama H 等人：“神经母细胞瘤细胞系中 1p36.2-p36.3 处 500-kb 纯合缺失区域的识别和表征。”癌基因。