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ラン藻ゲノムの光合成機能遺伝子の体系的解析

蓝藻基因组光合功能基因的系统分析

基本信息

批准号：
12205002
负责人：
杉田護
金额：
--
依托单位：
Nagoya University
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas (C)
财政年份：
2000
资助国家：
日本
起止时间：
2000 至无数据
项目状态：
已结题

项目摘要

ラン藻(シアノバクテリア)の光合成関連遺伝子群の体系的同定をめざし、絶対光依存性(光が無いと生育できない)でゲノムサイズの小さいSynechococcus PCC6301株(旧名Anacystis nidulans6301)の全ゲノム配列を決定することを本年度の研究目的とした。(1)Synechococcus6301のゲノム全域をカバーする200個のλクローンそれぞれの全長をショットガン法で決定し、ゲノム全長の5倍に相当する塩基配列データを得た。現在、ギャップ部分のクロージング作業を行っている。これまでに、1000個余りの遺伝子をannotationした。(2)33kDa核酸結合性蛋白質(Nbp1と命名した)をコードする遺伝子を明らかにした。Nbp1は293アミノ酸からなり、リボソーム蛋白質S1のアミノ酸配列とは80.4%の相同性を持っていた。しかし、Nbp1はリボソーム顆粒の成分でなく、可溶性成分として細胞内に存在していた。in vitroでの核酸結合実験では、RNAとDNAに結合する性質を有していた。機能は未定であるが新規の核酸結合性蛋白質であるとannotationした。(3)塩基配列を決定したゲノム領域の遺伝子密度から推定すると、Synechococcus PCC6301株はおよそ2400個の蛋白質遺伝子が存在すると予想される。これはSynechocystis6803株よりも800個ほど少ない数である。ゲノム上の遺伝子配置を2つの株で比較すると、両者の間では遺伝子配置が大きく異なっていることが明らかになった。このことはラン藻ゲノムの構造が種や株によって多様であることを示している。

The identification and determination of the photosynthetically related gene subset system of the algae, Synechococcus PCC6301 (formerly Anacystis nidulans6301), is the objective of this year's study. (1)Synechococcus6301 has 200 full-length base pairs, which are determined by the method, and 5 times the total length of the base pairs. Now, you can choose the part of the job you want. This is a 1000-page comment. (2)33kDa Nucleic Acid Binding Protein (Nbp1) Nbp1 has 80.4% identity to its 293 amino acid sequence. Nbp1 contains soluble components and soluble components that are present in cells. The binding properties of nucleic acids in vitro, RNA and DNA are different. The function of the new nucleic acid binding protein is uncertain. (3)The gene sequence of Synechococcus PCC6301 was determined by the gene density in the field. It was estimated that 2400 protein genes existed in Synechococcus PCC6301.これはSynechocystis6803株よりも800个ほど少ない数である。2. Comparison between the two types of seed allocation on the top and bottom The structure of the plant is different from that of the plant.