ラン藻ゲノムの光合成機能遺伝子の体系的解析

蓝藻基因组光合功能基因的系统分析

• 批准号: 12205002
• 负责人: 杉田 護
• 金额: --
• 依托单位: Nagoya University
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas (C)
• 财政年份: 2000
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2000 至 无数据
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-12205002/
• 关键词: ラン藻; SynechococcusPCC6301株; ショットガンシーケンス; ゲノム; 光合成遺伝子; 核酸結合性蛋白質

ラン藻(シアノバクテリア)の光合成関連遺伝子群の体系的同定をめざし、絶対光依存性(光が無いと生育できない)でゲノムサイズの小さいSynechococcus PCC6301株(旧名Anacystis nidulans6301)の全ゲノム配列を決定することを本年度の研究目的とした。(1)Synechococcus6301のゲノム全域をカバーする200個のλクローンそれぞれの全長をショットガン法で決定し、ゲノム全長の5倍に相当する塩基配列データを得た。現在、ギャップ部分のクロージング作業を行っている。これまでに、1000個余りの遺伝子をannotationした。(2)33kDa核酸結合性蛋白質(Nbp1と命名した)をコードする遺伝子を明らかにした。Nbp1は293アミノ酸からなり、リボソーム蛋白質S1のアミノ酸配列とは80.4%の相同性を持っていた。しかし、Nbp1はリボソーム顆粒の成分でなく、可溶性成分として細胞内に存在していた。in vitroでの核酸結合実験では、RNAとDNAに結合する性質を有していた。機能は未定であるが新規の核酸結合性蛋白質であるとannotationした。(3)塩基配列を決定したゲノム領域の遺伝子密度から推定すると、Synechococcus PCC6301株はおよそ2400個の蛋白質遺伝子が存在すると予想される。これはSynechocystis6803株よりも800個ほど少ない数である。ゲノム上の遺伝子配置を2つの株で比較すると、両者の間では遺伝子配置が大きく異なっていることが明らかになった。このことはラン藻ゲノムの構造が種や株によって多様であることを示している。

ラ ン algae (シ ア ノ バ ク テ リ ア) の photosynthetic masato even but 伝 subgroup の system with fixed を め ざ し, unique light seaborne dependency (light が no い と fertility で き な い) で ゲ ノ ム サ イ ズ の small さ い Synechococcus PCC6301 strains (old name Anacystis nidulans6301) the entire ゲノム is matched with を to determine the する とを とを research objectives for this year と た た た. (1) Synechococcus6301 の ゲ ノ ム global を カ バ ー す る 200 の lambda ク ロ ー ン そ れ ぞ れ の span を シ ョ ッ ト ガ ン で decided し, ゲ ノ ム total length of 5 times の に quite す る salt base with column デ ー タ を た. Now, in the ギャップ section, there is a ギャップ ロ ジ ジ グ assignment を lines って る る る. Youdaoplaceholder2 れまでに, over 1,000 cultural relics 伝 sub-を annotation た. (2) 33 kda nucleic acid combined with protein (Nbp1 と named し た) を コ ー ド す る heritage 伝 son を Ming ら か に し た. Nbp1 は 293 ア ミ ノ acid か ら な り, リ ボ ソ ー ム protein S1 の ア ミ ノ acid with column と は 80.4% の identity を hold っ て い た. There are て て た た, Nbp1 リボソ リボソ ム ム granule <s:1> components でなく, soluble components と て and に in て cells に. in vitroで <s:1> nucleic acid binding to laboratory で で, RNAとDNAに binding to する properties を have て て た た た. Function た undetermined であるが New regulations for nucleic acid-binding proteins であるとannotation た た. (3) salt base with column を decided し た ゲ ノ ム field の heritage 伝 child density か ら presumption す る と, Synechococcus PCC6301 strains は お よ そ 2400 の が exist but 伝 protein sequence す る と to think さ れ る. Youdaoplaceholder2 れ よ Synechocystis6803 plants よ <s:1> 800 ほ fewer な な である numbers である. On ゲ ノ ム の heritage 伝 child configuration を 2 つ の strains で compare す る と, struck between の で は heritage 伝 child configuration が big き く different な っ て い る こ と が Ming ら か に な っ た. こ の こ と は ラ ン algal ゲ ノ ム の が kind や strains に よ っ て many others で あ る こ と を shown し て い る.

项目成果

Iwasaki,H.,Williams,S.,Kitayama,Y.Ishiura,M.,Golden,S.S.,Kondo,T.: "A kaiC-interacting sensory histidine kinase, SasA, necessary to sustain robust circadianoscillation in cyanobacteria."Cell. 101. 223-233 (2000)

Iwasaki,H.、Williams,S.、Kitayama,Y.Ishiura,M.、Golden,S.S.、Kondo,T.：“一种与 kaiC 相互作用的感觉组氨酸激酶 SasA，对于维持蓝细菌中强大的昼夜节律振荡是必需的。”细胞。

Nakamura, T., Ohta, M., Sugiura, M., Sugita, M.: "Chloroplast ribonucleoproteins function as a stabilizing factor of ribosome-free mRNAs in the stroma"J. Biol. Chem.. 276. 147-152 (2001)

Nakamura, T.、Ohta, M.、Sugiura, M.、Sugita, M.：“叶绿体核糖核蛋白作为基质中无核糖体 mRNA 的稳定因子”J。

Sugita,C.,Sugiura,M.,Sugita,M.: "A novel nucleic acid-bindingprotein in the cyanobacterium Synechococcus sp.PCC6301 : a 33 kDa soluble polypeptide with high sequencesimilarity to ribosomal protein S1."Mol.Gen.Genet.. 263. 655-663 (2000)

Sugita,C.、Sugiura,M.、Sugita,M.：“蓝细菌聚球藻 PCC6301 中的一种新型核酸结合蛋白：与核糖体蛋白 S1 具有高度序列相似性的 33 kDa 可溶性多肽。”Mol.Gen.Genet。