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プロテオーム時代におけるタンパク質立体構造の第一原理的予測

蛋白质组时代蛋白质3D结构的第一性原理预测

基本信息

批准号：
12208031
负责人：
高田彰二
金额：
--
依托单位：
Kobe University
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas (C)
财政年份：
2000
资助国家：
日本
起止时间：
2000 至无数据
项目状态：
已结题

来源：
https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-12208031/
关键词：
構造予測フォールディングレプリカ交換法 βシート CASP 2次構造予測

项目摘要

まず、我々が開発を続けている粗視化モデルのさらなる改良を行った.とくに、a)側鎖が1〜10程度のロータマー間を動くことができるようなモデル、b)2次構造予測サーバーの結果を読み込んで、2次構造形成傾向にバイアスをかける方法、及び、c)タンパク質の既知立体構造データベースを利用したエネルギーパラメータの改良を行った.従来から問題であったβシートの形成について、最終的な解決はいまだ達成していないが、b)の2次構造予測サーバーの利用によって、実用的にはある程度のβシート形成が可能になった.立体構造予測には、効率よい構造サンプリングが不可欠である.本年は、a)レプリカ交換法による高速構造サンプリング、b)高分子鎖の通り抜けをゆるすファントム鎖モデル、c)前2法を組み合わせたファントム鎖レプリカ交換法、を構築しその有効性をテストした.a)のレプリカ法は、並列計算に適しており、構造予測、平衡状態の物理量計算に多大な威力を発揮する.b)c)の方法は、ある程度の手がかりをつかんだものの、いまだに完全に機能するには至っていない.今後の詳細なチューニングが必要である.上記モデルを用いて、アミノ酸配列情報のみから立体構造予測のベンチマークテストを試みた.αヘリックスからなる短いタンパク質(アルブミン結合タンパク質ドメイン、ファージリプレッサーなど)では予測はある程度成功する.従来からの課題であったβシートを多く含むタンパク質(SH3ドメイン、protein Gなど)については、Architectureレベルで立体構造の特徴をつかむことは可能な場合が多いが、目標であるトポロジーレベルの予測は未だ難しいことが分かった.2年に一度行われているタンパク質の立体構造予測コンテストCASP4に参加し、我々の予測プログラムの達成度を他のグループと比較した.我々のプログラムには、局所的な分子の幾何学的パラメータの精度に難があることが判明した.一方、難しいトポロジーをもつタンパク質の大まかな形状では、他者と比べても、よい予測を与える場合があった.このコンテストでは、局所構造の一致が重要な採点基準になるので、ペプチドの幾何的情報のリファインメントが、今後の重要課題である.

We will open a rough training program to improve the quality of business. In the first half of the year, a) in the first half of the year, in the first half of the year, in the first place, and in the first place. In order to solve the problem, the most important problem is that the best solution is to make use of the current situation, and the best solution to the problem is to make the best use of the problem. A three-dimensional system is built, and the rate is very high. This year, a) high-speed high-speed communication method, b) high-molecular weight, high-speed, high-speed, high-speed Balance state physical quantity calculation. B) C) the method, the degree of pressure, the temperature, the balance, the physical quantity, the balance, the balance, the physical quantity, the balance, the physical quantity, the balance, the balance, the physical quantity, the balance, the In the future, we will make sure that we have to make sure that we have to pay for it. In the last part of the paper, we used the equipment to make sure that the three-dimensional system was built in the first place, and that the three-dimensional system was built in the first place. The results show that the degree of success is affected by the degree of success. This is the most important thing in this paper. We need to know that there is a lot of information in the system, such as SH3, protein G, protein G, and so on. In this case, we need to know that it is possible to have a lot of information. In order to improve the quality of your life, please do not know how to do it in the first half of the year. In the past two years, you have to pay attention to your participation in the CASP4 program, and we will tell you that you are not in the market. We need to know how to determine the accuracy of the molecular system of the bureau. On the one hand, there is a difference between the shape and the shape of the other, and the combination of the other and the other. We need to know how important we are, and how important we are in the future.