课题基金 / 基金详情

最尤法による分子系統樹推定法の研究

最尤法による分子系統樹推定法の研究
基于最大似然法的分子系统发育树估计方法研究
批准号：
00F00329
负责人：
長谷川 政美
金额：
$1.54万
依托单位：
The Institute of Statistical Mathematics
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for JSPS Fellows
财政年份：
2001
资助国家：
日本
项目状态：
已结题
起止时间：
2001 至 2002
来源：
https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-00F00329/
关键词：
正の自然選択中立説最尤法ロドプシンリゾチーム祖先配列分子系統樹真獣類

项目摘要

项目成果

長谷川 政美的其他基金

相似基金

相关文献

中文摘要
翻译
点击翻译按钮获取中文摘要
英文摘要
木村資生の中立説に代表されるように、進化におけるDNAやたんぱく質の変化の大部分は中立的なものであると考えられているが、なかには正の自然選択による変異も含まれており、そのような変異を検出することは進化生物学にとって重要な問題である。正の自然選択を分子進化的データから検出するのに、最大節約法が用いられることが多いが、この方法による推定には偏りがあることが知られており、最尤法による解析が望ましい。そこでわれわれは、最尤法によって祖先配列を推定するためのアルゴリズムを開発した。また、われわれの開発した独自の方法を、ロドプシン、反芻類とコロブス亜科霊長類のリゾチームなどの配列データに適用して生物学的に興味深い結果を得た。生物の系統関係を明らかにするために、DNAやたんぱく質の配列データをもとに推定された分子系統樹を用いることが一般的になってきたが、個々の遺伝子データのもつ系統に関する情報は限られており、一つの遺伝子だけからははっきりした結論を下せないことが多い。そのため、多くの遺伝子データの解析結果について総合的な評価を行うことが大切である。最尤法による解析は、そのためにも優れている。本研究では、多くの遺伝子データを扱うのに適した最尤法の開発とそれを実装したプログラムの開発を行った。この方法を、真獣類のミトコンドリアにコードされたたんぱく質データに適用し、真獣類の目間レベルの系統関係について多くの新しい知見を得た。
期刊论文(2)
专著(0)
科研奖励(0)
会议论文
T.Pupko, M.Hasegawa et al.: "Combining Multiple Data Sets in a Likelihood Analysis : Which Models are the Best?"Mol.Biol.Evol.. 19. 2294-2307 (2002)
T.Pupko、M.Hasekawa 等人：“在似然分析中组合多个数据集：哪些模型是最好的？”Mol.Biol.Evol.. 19. 2294-2307 (2002)
DOI： --
发表时间：
期刊：
影响因子： --
作者： []
通讯作者：
T.Pupko, M.Hasegawa et al.: "A branch-and-bound algorithm for the inference of ancestral amino-acid sequences when the replacement rate varies among sites : Application to the evolution of five gene families"Bioinformatics. 18. 1116-1123 (2002)
T.Pupko、M.Hasekawa 等人：“当替换率因位点不同而推断祖先氨基酸序列的分支定界算法：在五个基因家族进化中的应用”生物信息学。
DOI： --
发表时间：
期刊：
影响因子： --
作者： []
通讯作者：
真核細胞におけるシャペロン関連分子種の多様化と進化
  • 批准号：
    11153228
  • 项目类别：
    Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas (A)
  • 资助金额：
    $0.77万
  • 财政年份：
    1999
  • 负责人：
    長谷川 政美
  • 依托单位：
    The Institute of Statistical Mathematics
レトロポゾンによる分子系統学的手法の開発と魚類および哺乳類への適用
  • 批准号：
    98F00881
  • 项目类别：
    Grant-in-Aid for JSPS Fellows
  • 资助金额：
    $1.09万
  • 财政年份：
    1999
  • 负责人：
    長谷川 政美
  • 依托单位：
    The Institute of Statistical Mathematics
真核生物の初期進化の解明
  • 批准号：
    96F00264
  • 项目类别：
    Grant-in-Aid for JSPS Fellows
  • 资助金额：
    $0.77万
  • 财政年份：
    1998
  • 负责人：
    長谷川 政美
  • 依托单位：
    The Institute of Statistical Mathematics
脊椎動物の分子進化とその系統関係の解明
  • 批准号：
    98F00117
  • 项目类别：
    Grant-in-Aid for JSPS Fellows
  • 资助金额：
    $1.54万
  • 财政年份：
    1998
  • 负责人：
    長谷川 政美
  • 依托单位：
    The Institute of Statistical Mathematics
海外基金