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最尤法による分子系統樹推定法の研究

基于最大似然法的分子系统发育树估计方法研究

基本信息

批准号：
00F00329
负责人：
長谷川政美
金额：
$ 1.54万
依托单位：
The Institute of Statistical Mathematics
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for JSPS Fellows
财政年份：
2001
资助国家：
日本
起止时间：
2001 至 2002
项目状态：
已结题

项目摘要

木村資生の中立説に代表されるように、進化におけるDNAやたんぱく質の変化の大部分は中立的なものであると考えられているが、なかには正の自然選択による変異も含まれており、そのような変異を検出することは進化生物学にとって重要な問題である。正の自然選択を分子進化的データから検出するのに、最大節約法が用いられることが多いが、この方法による推定には偏りがあることが知られており、最尤法による解析が望ましい。そこでわれわれは、最尤法によって祖先配列を推定するためのアルゴリズムを開発した。また、われわれの開発した独自の方法を、ロドプシン、反芻類とコロブス亜科霊長類のリゾチームなどの配列データに適用して生物学的に興味深い結果を得た。生物の系統関係を明らかにするために、DNAやたんぱく質の配列データをもとに推定された分子系統樹を用いることが一般的になってきたが、個々の遺伝子データのもつ系統に関する情報は限られており、一つの遺伝子だけからははっきりした結論を下せないことが多い。そのため、多くの遺伝子データの解析結果について総合的な評価を行うことが大切である。最尤法による解析は、そのためにも優れている。本研究では、多くの遺伝子データを扱うのに適した最尤法の開発とそれを実装したプログラムの開発を行った。この方法を、真獣類のミトコンドリアにコードされたたんぱく質データに適用し、真獣類の目間レベルの系統関係について多くの新しい知見を得た。

Representatives of Kimura Shisei's Neutrality theory, されるように, evolution におけるDNAやたんぱく性の変化のmostはneutralなものであると卡えられているが、なかには正のnatural selection択による変differentも与まれており、そのような変differentを検出することはEvolutionary biologyにとってimportantなquestionである. Positive natural selection and molecular evolution of the データから検出するのに, maximum economy method いられることが多いが, このmethod による inference には partial りがあることがknow られており, most yo method による ANALYSIS がHope しい.そこでわれわれは, the most special method によってancestor arrangement を presumed するためのアルゴリズムを开発した.また、われわれの开発した unique method を、ロドプシン、ruminant type とコロブス亜科霊The long type of のリゾチームなどのmatching arrangement データに is applicable to biology and has a deep interest and a result. Biological system relationship を明らかにするために、DNA arrangementデータをもとに inferred された molecular phylogenetic tree をいることが general になってきたが、personality々の伝子データのもつSystemに关するInformationはlimitられており, 一つの缝子だけからははっきりした Conclusion を下せないことが多い.そのため、多くの缝子データのanalytic result について総合的な comment価を行うことが大刀である. The best methods are によるanalytic は and そのためにも优れている. In this study, the most common method for this study is the の开発とそれを実装したプログラムの开発を行った.この法を、真獣级のミトコンドリアにコードされたたんぱく性データにIt is applicable to the system relationship between the true beast type and the real animal species.