分子系統樹推定における最適化手法の研究

分子系统发育树估计优化方法研究

• 批准号: 06680296
• 负责人: 長谷川 政美
• 金额: $ 1.34万
• 依托单位: The Institute of Statistical Mathematics
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for General Scientific Research (C)
• 财政年份: 1994
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 1994 至 无数据
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-06680296/
• 关键词: 最適化手法; 分子系統樹; 最尤法; トポロジー探索; データ構造; 分岐限定法

われわれは、配列データから分子系統樹を推定するための最尤法を開発してきたが、最尤法による系統樹推定はほかの方法に比べて計算時間がかかるという欠点がある。特に、種の数が増えると可能なトポロジーの数が爆発的に増えるので、膨大な数のトポロジーを探索しなければならないという困難な問題が生じる。今年度本研究では、組合せ的最適化の手法を最尤系統樹の探索に適用することにより、部分的ではあるがこの問題をある程度まで解決した。更に、効率的なデータ構造の開発、下限値を得るための関数に関する工夫、分岐限定法を適用するための様々な工夫をおこなった。このような工夫により、従来よりもはるかに多くの種からのデータを扱えるようになり、この分野における最尤法の適用範囲が格段に広がった。

The method of molecular phylogenetic tree estimation is based on the calculation time of molecular phylogenetic tree estimation. The number of species is increasing, and the number of species is increasing. This year's study is to explore the optimization method of combination, especially the application of system tree, and to solve the problem. The development and lower limit of the structure of the more effective, the more effective. This is the first time that a person has ever been involved in a crime, and the most important thing is that he or she has been involved in a crime.

项目成果

土谷隆: "アフィンスケーリング法の理論的解析" 統計数理. 42. 277-296 (1994)

Takashi Tsuchiya：“仿射标度法的理论分析”统计数学42。277-296（1994）。

Adachi,J.: "Phylogeny of whales" Molecular Biology and Evolution. 12. 177-179 (1995)

Adachi,J.：“鲸鱼的系统发育”分子生物学和进化。

Hashimoto,T.: "Protein phylogeny gives a robust estimation for early divergences" Molecular Biology and Evolution. 11. 65-71 (1994)

Hashimoto,T.：“蛋白质系统发育为早期分歧提供了强有力的估计”《分子生物学与进化》。

Hasegawa,M.: "Accuracies of the simple methods for estimating the bootstrap probability" Molecular Biology and Evolution. 11. 142-145 (1994)

Hasekawa,M.：“估计引导概率的简单方法的准确性”分子生物学和进化。

Cao,Y.: "Phylogenetic place of guinea-pigs" Molecular Biology and Evolution. 11. 593-604 (1994)

曹Y.：“豚鼠的系统发育位置”分子生物学与进化。