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最尤系統樹探索法の研究

最大似然系统发育树搜索方法研究

基本信息

批准号：
08680339
负责人：
長谷川政美
金额：
$ 1.28万
依托单位：
The Institute of Statistical Mathematics
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
财政年份：
1996
资助国家：
日本
起止时间：
1996 至无数据
项目状态：
已结题

来源：
https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-08680339/
关键词：
最尤系統樹トポロジー探索 DNA 蛋白質配列データ分子系統樹

项目摘要

最尤法による分子系統樹推定法を、生物学の実際問題に適用する際に一番問題になる点は、分子進化過程に関する現実的なモデル化と、膨大な数の可能な系統樹トポロジーの中から尤度最大のトポロジーをいかにして探し出すかという2つである。本研究では、2番目の問題を扱って、実用的な最尤系統樹推定法を開発した。最尤系統樹探索には、2つのやり方を併用することにした。1つは、時間のかかる尤度計算をすべてのトポロジーについて完全に行うのではなく、簡便に計算できる近似尤度によってあらかじめスクリーニングをかけておく方法がある。これにより、10個のグループの間の系統関係を推定する問題ならば、可能なトポロジーおよそ200万通りについて近似尤度の比較から見込みのないトポロジーをあらかじめ取り除いておき、ある程度見込みのありそうな上位1,000個あるいは10,000個のトポロジーについてfullの最尤法で比較検討する。これにより最尤法で扱える分子系統学的問題が大幅に拡大した。しかしながら、これ以上組み合わせが増えると、近似尤度法でも扱うことが困難になってくる。その場合には、ヒューリスティックな方法に頼らざるを得ない。われわれは、近隣結合法や最節約法など簡便な方法によってあらかじめ得られている系統樹のトポロジーの近傍について、局所的再配置によってより尤度の高いトポロジーを探索する方法を用いることを提案した。ドイツのStrimmerとvon Haeselerは、Quartet Puzzlingという別のヒューリスティックな方法を提唱しているが、われわれの方法は、それよりもはるかに効率よく最尤系統樹を探し当てることができることを示した。

The best method is the molecular phylogenetic tree estimation method, the applicable problem of biology is the first problem, the process of molecular evolution is the current problemモデル化と、expanded number of possible phylogenetic tree トポロジーの中からUD Maximum のトポロジーをいかにしてExploring すかという2つである. In this study, the most important phylogenetic tree estimation method was used to solve the problem of Part 2. In particular, the phylogenetic trees are explored using には and 2つのやりsquare を and using することにした. 1つは, time calculation, time calculation, time calculation, time calculation, Simple and easy calculation of the approximate method of calculating the degree of error.これにより, 10 のグループの间のsystem relations を presumed する problem ならば, possible なトポロジーおよそ200000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 for 20000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 for ten for nearly 2 million timesーをあらかじめ出いておき、ある级见込みのありそうなHighest 1,000あるいは10,000 pieces of のトポロジーについてfullのmost special method で comparison 検question する. The most important problem in molecular systematics is that it is of great significance.しかしながら、これ Above combination み合わせが嗗えると、Approximate euphemism method でもうことがdifficulty になってくる. The occasion is the same, and the method is the same as the method.われわれは、nearest neighbor combination method やThe most economical methodなど Simple method によってあらかじめget られているSystem tree のトポロジーのThe approach to the relocation of the office and the relocation of the office is a high-end exploration method and a proposal to use it.ドイツのStrimmerとvon Haeselerは、Quartet Puzzlingというfarewellのヒューリスティックな method を提声しているが、われわれの方Method は, それよりもはるかにefficiency よくmost especially phylogenetic tree をExploration てることができることをshow した.