シロイヌナズナとその近縁種を用いたPgiC遺伝子座のDNA変異の解析

拟南芥及其相关物种 PgiC 基因位点 DNA 变异分析

• 批准号: 01J03406
• 负责人: 河邊 昭
• 金额: $ 1.28万
• 依托单位: National Institute of Genetics (2002)Kyoto University (2001)
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for JSPS Fellows
• 财政年份: 2001
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2001 至 2002
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-01J03406/
• 关键词: シロイヌナズナ; PgiC; ハクサンハタザオ; 種内変異; 分子集団遺伝学

本年度はシロイヌナズナにおけるDNA変異の2型の成立・維持機構の解明を目的としてシロイヌナズナでこれまでにDNA多型が調査された遺伝子座の変異のパターンを2型という観点から解析をした。その結果次の事が明らかになった。1、シロイヌナズナのDNA変異の量は領域内における2型を示す配列間の違いに比例している。2、2型以外のアミノ酸を変えない変異は異なる領域の変異量が遺伝子座ごとに相関を示し、周辺領域の突然変異率の違いや組み換え率の違いが影響を与えていると示唆される。3、シロイヌナズナのDNA変異の2型は変異のパターンにも大きな影響を与え、2型を示さない変異のみを解析することによってシロイヌナズナの最近の種の歴史がより詳細に解析出来る可能性が有る。4、2型を示す系統間の違いを調査した所、全領域では様々な量の違いが存在するが局所的に見るとどの遺伝子座でもほぼ同じ値を示し、2型が過去に一度起こった隔離によるものだと推測されたる。また本年度は新たにキイロショウジョウバエを材料として味覚嗅覚受容体遺伝子座におけるDNA多型を調査した。結果、これまでに他の遺伝子座で報告されているように組み換え率の違いが変異量に大きな影響を与えていることが確認された。その他にも変異量の多少を決定する要因として蛋白質の保存性の高さと遺伝子群のコピー数が大きな影響を持つことが明らかになった。今回調査した遺伝子座の内約5%の遺伝子座が不活性型の対立遺伝子を持っていることが明らかになった。この頻度はショウジョウバエの他の遺伝子座のものよりも大きく味覚嗅覚受容体遺伝子座がより多くの偽遺伝子座を含むことが分かった。

This year, the DNA polymorphism was investigated and analyzed. The result of the incident is clear. 1. The amount of DNA variation in the region is proportional to the amount of DNA variation in the region. 2. Type 2: The change of acid in the field is different. The change of quantity in the field is different. The change of frequency in the peripheral field is different. The change of frequency in the peripheral field is different. The change of frequency in the peripheral field is different. 3. It is possible to analyze in detail the recent history of DNA variation of type 2 and type 2. 4. Type 2 indicates that there is a violation between systems, and that there is a violation in the whole field. Type 2 indicates that there is a violation between systems. This year, we are investigating DNA polymorphism in new species. The results show that the variation in the rate of change is significant and confirmed. The amount of protein in a protein is determined by the amount of protein in the protein. About 5% of the loci in the present study are inactive, and the corresponding loci remain inactive. The frequency of this phenomenon is different from that of other genes.

项目成果

Akira Kawabe: "Characterization of duplicated two cytosolic phosphoglucose isomerase (PgiC) loci in Arabidopsis halleri ssp. gemmifera"Genes and Genetic Systems. 77. 159-165 (2002)

Akira Kawabe：“拟南芥中重复的两个胞质磷酸葡萄糖异构酶 (PgiC) 位点的表征”基因和遗传系统。

Akira Kawabe: "DNA variation in the acidic chitinase locus (ChiA) region in Arabis gemmifera and its related species"Genes and Genetic Systems. 77. 167-175 (2002)

Akira Kawabe：“拟南芥及其相关物种酸性几丁质酶基因座 (ChiA) 区域的 DNA 变异”基因和遗传系统。

Akira Kawabe: "DNA polymorphism in active gene and pseudogene of the cytosolic phosphoglucose isomerase (PgiC) loci in Arabidopsis halleri ssp. gemmifera"Molecular Biology and Evolution. (印刷中). (2003)

Akira Kawabe：“拟南芥胞质磷酸葡萄糖异构酶 (PgiC) 位点的活性基因和假基因的 DNA 多态性”《分子生物学与进化》（出版中）。