動原体反復配列の構造のDNA変異に対する影響についての研究

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本年度は主に動原体領域に存在する転移因子の比較進化解析をおこなった。共同研究によりシロイヌナズナで初めてのケースとなる転移活性を持つレトロトランスポゾンを複数種見出した。そのうちのCOPIAファミリーに属する1種類が近縁種であるArabidopsis lyrataにおいて顕著に増幅していることを明らかにした。その転移因子は特に動原体領域に特異的に存在し、調査した17コピーのうち13コピーは動原体特異的反復配列に挿入していた。この挿入部位の偏りのせいで有害な効果が少なく自然選択による除去を免れた可能性が考えられる(Tsukahara et al.2009)。この転移因子ファミリーについてさらなる解析をおこなったところ、シロイヌナズナ近縁種において当初発見した数を大きく上回るコピー数を持っていることがわかった。複数の近縁種で同様に非常にコピー数が多いが、パターンは異なっており、おそらく種の分化以前に挿入された古いコピーは少ないと思われる。多くのコピーが非常に似た配列を持っていることから転移時期はごく最近であることが推測される。また、比較的配列は異なるコピーも動原体領域に特異的に局在していることが明らかになった。これまでに知られている動原体近傍に局在する転移因子は動原体の周辺領域におく見られることが多いが、この転移因子ファミリーは動原体の機能的であると思われる中心領域の反復配列に挿入しており、なぜそのような領域に特異的にターゲットされるのかについて現在解析中である。