細胞性粘菌遺伝子の発生分化における発現ネットワーク解明

阐明盘基网柄菌基因在发育和分化过程中的表达网络

• 批准号: 01J60002
• 负责人: 小原 真司
• 金额: $ 2.05万
• 依托单位: University of Tsukuba
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for JSPS Fellows
• 财政年份: 2001
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2001 至 2003
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-01J60002/
• 关键词: 細胞性粘菌; 転写因子; 時間的発現プロファイル; 遺伝子ネットワーク; 発生; 分化; 遺伝子破壊株作製; 空間的発現プロファイル

昨年度までに、細胞性粘菌の日本cDNAプロジェクトおよびゲノムプロジェクトの塩基配列デーダより、他生物の転写因子遺伝子に相同遺伝子55個に注目し、これらの遺伝子破壊株の作製を進めてきた。今年度は、これらのうち36遺伝子について、発生過程における発現パターンをリアルタイム定量PCRにより解析した。その結果を用いて、発生開始後に発現が誘導される遺伝子7個、破壊株作製済の遺伝子2個、計9個の転写因子遺伝子について遺伝子ネットワークの解析を行った。遺伝子ネットワーク解析の第一歩として、三菱スペース・ソフトウェア株式会杜との共同研究でS-systemを用いたネットワークの推定を試みた。現在まで、S-systemを用いた手法では仮想的なタイムコースデータでの有効性が示されているに過ぎず、実験データを用いた例はなかったので、細胞性粘菌の発生過程における転写因子遺伝子の発現パターンをタイムコースデータを用いて行うことにした。タイムコースデータは、野生株と2株の転写因子遺伝子破壊株、計3株における9個の転写因子遺伝子の発生時の発現データを、信頼性の高いリアルタイム定量PCRにより測定した。また、再現性を確認するため、"RNAサンプリング、定量PCRによる発現パターン解析、S-systemによる遺伝子ネットワーク推定"という二連の実験を複数回行った。その結果、複数回のネットワーク推定実験での主な共通箇所は、遺伝子破壊株で影響を受けていてその下流にあることが予想される遺伝子への正の制御関係であったが、それ以外にも遺伝子破壊株以外の遺伝子間での制御関係も推定された。このような遺伝子破壊の影響だけではない制御関係が、異なるタイムコースデータで再現性を持って推定されているのは興味深い。現在、既に得られている別の遺伝子破壊株を用いて、推定されたネットワークの検証を行っている。

In the past year, the Japanese cDNA library of cellular myxomycetes has been successfully constructed with 55 identical genes from the same gene library of other organisms. This year, we have 36 genes in the development process, and we have analyzed them by quantitative PCR. The results showed that there were 7 induced genes, 2 induced genes and 9 induced gene genes after the initiation of growth. The first step in the analysis of genetic diversity is to jointly study the S-system for genetic diversity analysis. Now, the effectiveness of the S-system's imaginative real-time computer data has been demonstrated, and real-time data has been used. The discovery of gene vectors during the development of cellular slime molds can be realized through the use of real-time computer data. The expression of 9 genes in the wild and 2 in the wild was detected by quantitative PCR. "RNA replication, quantitative PCR, detection, analysis, S-system, detection, estimation,""reproducibility, confirmation,""RNA replication, quantitative PCR, detection, analysis, detection, detection, estimation,""RNA replication,""RNA replication," RNA replication,"""RNA replication,""RNA replication,""" RNA replication ",""RNA replication","," RNA replication "," RNA replication ",""" RNA replication "," As a result, multiple loop generation is presumed to be the main common source of the gene, and the gene is affected by the downstream of the gene. The positive control relationship between the gene and the gene is presumed to be the control relationship between the gene and the gene. The influence of this kind of transmission on the reproduction of natural resources is very important. Now, we have the results that we're going to use, we're going to use.

项目成果

Kuwayama H, Obara S, Morio T, Katoh M, Kuhara S, Tanaka Y: "A novel PCR-mediated method for one-tube generation of a gene disruption construct"BIOTECHNOLOGY LETTERS. 24・16. 1307-1312 (2002)

Kuwayama H、Obara S、Morio T、Katoh M、Kuhara S、Tanaka Y：“一种新型 PCR 介导的基因破坏构建体的单管生成方法”《生物技术快报》24・16（2002）。