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ゲノム情報学アプリケーションの自己適応的並列化/最適化に関する研究

基因组信息学应用的自适应并行/优化研究

基本信息

批准号：
13208020
负责人：
福田晃
金额：
$ 4.16万
依托单位：
Kyushu University
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas (C)
财政年份：
2001
资助国家：
日本
起止时间：
2001 至无数据
项目状态：
已结题

项目摘要

ゲノム情報アプリケーションを対象として,PCクラスタ群などの分散システム環境,メタコンピューティング環境上で,ユーザに使い勝手のよいプログラミング環境を提供するとともに,対象計算機システムにあわせて自己適応的に並列/分散化,最適化する手法,ならびに汎用性に優れたソフトウェア基盤を構築し,ゲノム情報アプリケーションの高速化を図ることを目的とする.上記の目的を遂行するために,進め方としては,以下の項目を遂行する.・分散環境におけるプログラミングスタイルとして,共有メモリとメッセージパッシングによるものがある.各々利点/欠点があり,アプリケーションの実行形態に依存する.ゲノム情報アプリケーションにおけるプログラミングスタイル,高速実行などのトレードオフを検討し,ゲノム情報アプリケーションに適したプログラミングスタイルを研究するとともに,その実行環境を構築する.・分散/並列ハードウェア環境にゲノム情報アプリケーションを自己適応させて,ハードウェア能力を最大限に引き出し,かつ,異なる並列/分散ハードウェア環境にも容易に移植できる機構を研究/開発する.今年度は,初年度ということで,下記の研究を行った.(1)ゲノム情報学アプリケーションの分析:分析の結果,並列処理としては,データベースとのマッチングをとるデータ並列処理が基本であることが分かった.(2)共通並列プログラミングモデルの設計:共通プログラミングモデルの一つである分散共有メモリシステムの設計を行った.(3)自己適応的並列化/最適化手法の研究・開発:HMMerを対象として,ヘテロな環境において,ノード性能,ネットワーク性能などを考慮したスケジューリング手法を研究し,その基本的スケジューリング手法の有効性を小規模ヘテロ環境において示した.(4)分散共有メモリの研究開発:分散メモリシステムを開発した.

For example, the distributed environment of the PC cluster, the distributed environment, the distributed environment of the PC cluster, the distributed environment The purpose of this project is to improve the quality of the information. The goal is to carry out the following projects. In the case of dispersion environment, there is a total of problems in the distribution environment. Each profit point/deficit point is dependent on the operation mode of the system. For example, the first time in a long time, the second time in a long time, the third time in a long time, the third time in a long time, the fourth time in a long time, the fourth time, the fourth time Decentralized/parallel environment requires information to be available for self-adaptation, maximum capability to be available, and research/development of mechanisms for easy migration to decentralized/parallel environment. This year, the beginning of the year, the next record of research. (1)Analysis of Informatics: Results of Analysis, Parallel Processing, Parallel Processing, Basic Processing, Parallel Processing. (2)The design of the common parallel distribution system: the design of the common distribution system: the distribution system: the design of the distribution system: the design of the distribution system: the distribution system: the design of (3)Development of parallel optimization/optimization methods for self-adaptation:HMMer targets environment, performance, performance, and optimization methods are studied, and basic optimization methods are studied. (4)Research and Development of Dispersion Sharing System: Development of Dispersion Sharing System.